西汉于现在的安乐乡建古扶州，今县城所在的平坝因在其南部，故称南坪坝。
　　西汉置甸氏道。三国蜀汉改为甸氐县。后废。
　　西魏置同昌县。
　　唐代广德年间入吐蕃。
　　明代为松潘卫辖地。
　　清代雍正七年筑城于古扶州城南的南坪坝『即今县城所在地』，并将安乐地区治所迁至南坪坝，始称南坪，为松潘县厅南坪营。
　　民国1936年属松潘县。
　　1953年在南坪坝设县，故名。1997年12月15日，民政部（民行批[1997]27号）批复同意南坪县更名为九寨沟县；1998年2月13日四川省人民政府（川府民政[1998]2号）批复同意更名。
　　2000年，九寨沟县辖2个镇、15个乡：永乐镇、九寨沟镇、安乐乡、永丰乡、永和乡、玉瓦乡、大录乡、黑河乡、陵江乡、白河乡、双河乡、保华乡、罗依乡、马家乡、勿角乡、郭元乡、草地乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口62157人，其中各乡镇人口（人）：永乐镇：12740、漳扎镇：11270、永丰乡：4305、永和乡：3067、安乐乡：2834、白河乡：2198、双河乡：3828、保华乡：2268、罗依乡：2536、勿角乡：2168、马家乡：1119、郭元乡：3620、草地乡：1153、陵江乡：1609、黑河乡：2923、玉瓦乡：2051、大录乡：2468。
　　2004年，九寨沟县辖2个镇（永乐、漳扎）、15个乡（永丰、安乐、永和、白河、陵江、黑河、玉瓦、大录、双河、保华、罗依、勿角、马家、郭元、草地）。