据文献记载，若尔盖地区古时属西戎范围，先秦时，为析支河曲羌戎辖地，西汉时期，若尔盖地区属白马范围。北周时，于今县域东部求吉、下包座地区建通轨县，属罩州荣乡郡。南北朝属吐谷浑，隋代，通轨县属汶山郡，唐代初年为松州羁縻，贞观十二年为吐蕃所据，元朝时于今求吉乡境内设潘州，明代并松州，取二州首字定名松潘卫。清代于今县治置作革土司部，受松潘厅漳腊营管辖，清代雍正三年（ 1725年）四川提督岳钟琪因青海罗藏丹津之乱，由松潘出黄胜关招抚草地班佑等十二部落，清廷授班佑部落为土千户，余为土百户。民国属松潘县。

　　 民国24年（1935年）8月，中国工农红军长征时在包座歼灭了国民党守军，取得了“包座战役”的全胜。1989-1-29日，阿坝州人民政府将包座战役遗址列为州级文物保护单位。民国24年9月，中共中央在县东部的巴西乡境内班佑寺召开了政治局会议，这是中共党史上具有重大历史意义的一次会议，党史称“巴西会议”。
　　1950年8月，茂县地委、松潘县派出工作组进入包座地区开作。1951年，松潘县政府派工作组到郎木寺，召开若尔盖十二部落土官会议开展工作。1953年，中国人民解放军进军草地，消灭国民党军马良残部，6月将若尔盖十二部落、包座七房合建若尔盖包座行政委员会。
　　1956年7月正式建县，隶属于阿坝藏族自治州。县名来自一个西藏派来的大管家的名字。管家名叫若耿，方言译写作若尔盖。一说同若尔盖部族为名。1958年民主改革前有若尔盖十二部落之称，包座地区有包座七房之称。若尔盖因人名得部落名，清代记“佐革”。相传四十代藏王赤祖德赞(815～838)时期，派大臣噶·益西达吉征伐边境留守今若尔盖地区，其后裔若巴盖登主管钱粮赋税，百姓简称其名为“若盖”，后遂得名若尔盖，随后又发展为若尔盖嫩哇、若尔盖多玛等部落。
　　2000年，若尔盖县辖1个镇、16个乡：达扎寺镇、班佑乡、阿西乡、辖曼乡、唐克乡、红星乡、麦溪乡、嫩洼乡、崇尔乡、热尔乡、占哇乡、降扎乡、巴西乡、阿西茸乡、求吉乡、包座乡、冻列乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口65413人，其中各乡镇人口（人）：达扎寺镇：7910、班佑乡：5421、阿西乡：3825、唐克乡：5777、辖曼乡：6272、红星乡：5816、麦溪乡：3242、嫩哇乡：3714、冻列乡：2616、崇尔乡：2557、热尔乡：2270、占哇乡：2190、降扎乡：2881、巴西乡：1612、阿西茸乡：2891、求吉乡：3326、包座乡：3093。
　　2004年，若尔盖县辖1个镇（达扎寺）、16个乡（班佑、阿西、唐克、辖曼、红星、麦溪、嫩哇、冻列、崇尔、热尔、占哇、降扎、巴西、求吉、阿西茸、包座）。