齐置巴州，明为巴县，地居三巴之中，有中巴之号，故名。巴江源出大巴山，经县东南。一说巴江（今南江）环绕，县在其中，故名。或谓取古巴国为名。1993年设市。
　　2000年6月14日，国务院批准：（1）撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。（2）巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。　　
　　2000年，巴州区辖21个镇、55个乡。根据第五次人口普查数据：全区总人口1185862人，其中各乡镇人口（人）：巴州镇：146684、清江镇：21620、兴文镇：21056、水宁寺镇：21944、恩阳镇：46282、曾口镇：17471、梁永镇：22772、渔溪镇：15862、三河场镇：15194、青木镇：20452、鼎山镇：16541、大罗镇：16995、玉山镇：15318、茶坝镇：19483、观音井镇：11101、花丛镇：20230、柳林镇：18636、下八庙镇：12719、化成镇：17434、三汇镇：15219、上八庙镇：17429、玉堂乡：11730、光辉乡：14903、花溪乡：12857、大和乡：12074、中兴乡：11988、白庙乡：9177、关渡乡：9023、奇章乡：11322、三江乡：17979、白云乡：8840、金碑乡：11429、店子乡：11211、甘泉乡：11186、芦山乡：8359、果敢乡：12719、羊风乡：11813、风溪乡：17495、龙背乡：9020、独柏乡：5855、三星乡：12060、同乐乡：9251、天官乡：9930、关公乡：13178、舞凤乡：7767、双凤乡：11099、金山乡：8013、双胜乡：18682、群乐乡：14774、万安乡：13964、乐丰乡：11702、来龙乡：13620、镇庙乡：15262、尹家乡：12004、磨子乡：8999、和平场乡：10833、九镇乡：11920、酒店乡：12765、明扬乡：13373、兴隆场乡：16742、石城乡：18358、司城乡：13876、福星乡：10532、青山乡：11411、枣林乡：15884、平粱乡：13686、东兴场乡：10846、凌云乡：10596、寺岭乡：6928、南阳乡：4661、柳岗乡：7552、石门乡：8348、金光乡：9524、梓桐庙乡：7843、玉井乡：10176、义兴乡：13131、江北管蚕会虚拟镇：17150。
　　2004年，巴州区辖23个镇（巴州、清江、曾口、渔溪、恩阳、化成、梁永、鼎山、大罗、玉山、茶坝、花丛、柳林、青木、三汇、兴文、三江、枣林、水宁寺、观音井、下八庙、三河场、上八庙）、53个乡（石城、光辉、花溪、中兴、白庙、关渡、金碑、店子、甘泉、果敢、羊凤、三星、同乐、天官、凤溪、龙背、关公、来龙、镇庙、尹家、双胜、群乐、万安、大和、福星、青山、凌云、寺岭、南阳、柳岗、玉井、独柏、乐丰、九镇、磨子、双凤、明扬、舞凤、玉堂、奇章、芦山、金山、酒店、司城、金光、石门、义兴、平梁、白云、兴隆场、和平场、梓橦庙、东兴场）。
　　2005年3月25日，四川省人民政府（川府民政[2005]4号）批复：
　　一、原由巴中市巴州区批准设置的清江、曾口、鼎山、玉山、茶坝、花丛、渔溪、恩阳、平梁、化成、雪山11个片区工委办事处及巴州镇东城、西城、宕梁、江北、城守5个办事处应予以撤销。
　　二、巴州区撤销玉堂、奇章、中兴、白云、甘泉、店子、芦山、果敢、金山、独柏、同乐、天官、双凤、乐丰、镇庙、来龙、磨子、和平场、酒店、司城、明扬、青山、福星、东兴场、金光、柳岗、石门、南阳28个乡镇。
　　三、巴州区扩大17个乡镇的行政区域。
　　将巴州镇所辖的大东、鼓楼、北门、南龛、白马井、草坝、回风、南坝、佛阳、龙泉、江北、北云台、红岩河13个社区居委会和西华、大溪、大佛寺、西龛、龙蛇坝、插旗山、杨坝、中坝、北龛寺、后河10个村的行政区域划出，成立4个街道办事处，由巴中市人民政府按程序自行审批；巴州镇所辖剩余部分行政区域，并将原石门、白云和玉堂3个乡所属的行政区域并入，镇人民政府驻檬子河。
　　将原奇章、中兴2个乡所属的行政区域并入清江镇，镇人民政府驻清江渡。
　　将原店子、芦山、甘泉3个乡所属的行政区域并入曾口镇，镇人民政府驻曾口场。
　　将原独柏乡所属的行政区域并入梁永镇，镇人民政府驻梁永河。
　　将原果敢乡所属的行政区域并入鼎山镇，镇人民政府驻鼎山场。
　　将原同乐、金山、双凤3个乡所属的行政区域并入玉山镇，镇人民政府驻玉山场。
　　将原天官乡所属的行政区域并入关公乡，乡人民政府驻关公场。
　　将原乐丰乡所属的行政区域并入观音井镇，镇人民政府驻观音井。
　　将原镇庙乡所属的行政区域并入花丛镇，镇人民政府驻花丛场。
　　将原来龙乡所属的的行政区域并入柳林镇，镇人民政府驻柳林铺。
　　将原磨子乡所属的行政区域并入下八庙镇，镇人民政府驻下八庙场。
　　将原和平场、酒店2个乡所属的行政区域并入渔溪镇，镇人民政府驻渔溪寺。
　　将原明扬、司城2个乡所属的行政区域并入恩阳镇，镇人民政府驻恩阳场。
　　将原青山、福星、东兴场3个乡所属的行政区域并入平梁乡，乡人民政府驻断垭场。
　　将原金光乡所属的行政区域并入化成镇，镇人民政府驻化成场。
　　将南阳乡所属的行政区域并入寺岭乡，乡人民政府驻寺岭场。
　　将原柳岗乡所属的行政区域并入梓橦庙乡，乡人民政府驻梓橦庙。