早在距今5000年以前，区境已有人类居住。夏商至春秋前期，为濮人居住区。春秋中后期至战国中期为巴国地（曾为巴国国都，巴先王陵墓所在地）。因乌江古名涪水，巴国陵墓多葬于此而得名。
　　春秋中后期属巴国南疆地。战国中期为楚地，后期为秦巴郡地。秦昭王30年（公元前277年）置枳县，为区境置县之始。东汉时，分枳县置平都县。三国蜀汉时，增置汉平县，隶涪陵郡（郡治彭水郁山镇）。东晋穆帝永和3年（公元347年）置涪郡（又名梓城郡）。隋置涪陵县。唐武德元年（公元618年）置涪州，辖武隆县、涪陵县、隆化县。北宋改隆化县为宾化县，建置同唐。南宋置涪州，辖涪陵县、武隆县。元置涪州，辖武龙县。明置涪州，辖武龙县（后改为武隆县）。清置涪州，不领县。民国初（1913年），改涪州为涪陵县，先后隶属川东道（东川道）四川省，民国17年直属四川省。
　　1950年1月置川东行署涪陵专区，辖涪陵、南川、丰都、石柱、武隆、彭水、长寿7县。1952年9月酉阳专区及所辖黔江、酉阳、秀山3县并入涪陵专区。1953年垫江县划入涪陵专区。1958年长寿县划归重庆市。1958年酆都县更名丰都县。1968年涪陵专区改为涪陵地区。1983年撤销涪陵县设立涪陵市（县级）。1988年分黔江、酉阳、石柱、秀山、彭水5县，设立黔江地区。
　　经国务院批准（国函1995］106号，1995年11月5日），1996年1月，撤销涪陵地区和县级涪陵市，设立地级涪陵市，辖垫江、武隆、丰都、南川3县1市和新设立的枳城区、李渡区2区。
　　1996年9月15日涪陵市划归重庆市代管。
　　1997年3月14日，全国人民代表大会五届五次会议审议通过国务院关于提请审议设立重庆直辖市的议案，涪陵市正式改隶重庆直辖市。1997年12月20日，经中共中央办公厅和国务院办公厅批准，撤销原地级涪陵市和枳城区、李渡区，设立重庆市涪陵区，重庆市涪陵区辖原枳城区、李渡区的行政区域。原涪陵市所辖（代管）的南川市、武隆县、丰都县、垫江县改归重庆市直接管辖。
　　1998年6月撤销涪陵市及所辖枳城、李渡两区，改设重庆市涪陵区，辖原枳城、李渡区域。垫江、南川、丰都、武隆划归重庆直接管辖。
　　1998年3月23日，涪陵市枳城区江北街道办事处驻地从黄旗口迁移到点易村（渝府[1998]37号）。
　　2000年，涪陵区辖5个街道、18个镇、22个乡。根据第五次人口普查数据：全区总人口1134080人，其中各乡镇人口（人）：敦仁街道 49280，崇义街道 44645，荔枝街道 97239，江北街道 44406，江东街道 39677，百胜镇 40464，珍溪镇 26460，清溪镇 22567，南沱镇 35450，焦石镇 22996，白涛镇 32433，马武镇 18995，青羊镇 26966，龙潭镇 32436，堡子镇 26905，龙桥镇 26934，蔺市镇 25011，新妙镇 31269，石沱镇 22925，镇安镇 26982，义和镇 36692，李渡镇 53413，致韩镇 24013，丛林乡 14021，中峰乡 22538，仁义乡 24227，土地坡乡 10695，罗云乡 17271，卷洞乡 6827，大木乡 3818，山窝乡 15659，龙塘乡 6930，天台乡 12296，梓里乡 11693，酒店乡 14951，太和乡 5992，同乐乡 16365，聚宝乡 8284，新村乡 13429，明家乡 24348，增福乡 21359，惠民乡 16428，两汇乡 15862，石和乡 11154，石龙乡 12805，桥南开发区虚拟街道 18970。
　　2002年4月30日，涪陵区龙塘乡更名为武陵山乡（渝府[2002]50号）。2002年底，涪陵区辖5个街道办事处（敦仁、崇义、江东、江北、荔枝）、18个镇（珍溪、百胜、清溪、南沱、白涛、焦石、李渡、镇安、义和、致韩、马武、龙潭、青羊、新妙、石沱、蔺市、堡子、龙桥）、22个乡（仁义、中峰、丛林、山窝、武陵山、卷洞、罗云、酒店、石龙、惠民、明家、同乐、两汇、增福、石和、新村、聚宝、太和、梓里、天台、大木、土地坡），63个居委会、356个村委会。2002年末户籍总人口111.46万人，其中非农业人口27.61万人。
　　2003年10月21日，将涪陵区丛林乡杉树湾村5组划归珍溪镇管辖。调整后，丛林乡面积75.813平方千米，总人口13928人；珍溪镇面积52.128平方千米，总人口26551人（渝府[2003]233号）。