1929年重庆建市，拓展市区范围，在玄坛庙设南岸市政管理处，管理由巴县划入的南城坪、海棠溪、龙门浩、弹子石四坊。1935年2月，正式设立重庆第四区，下半年改为第六区。1929年6月，改第六区为重庆市第十一区、二十区。1941年从巴县划入崇文、大兴两乡，设重庆市第十一区。1944年7月，第十一区分建为重庆市第十一区、十八区。其时，重庆市长江南岸并设4个区。1950年6月，南岸4个区合并建立重庆市第五区、第六区。次年，郭家沱由江北县划入第六区，增建为乡。1952年10月，两区合并为重庆市第五区，并由巴县划入文峰乡。1955年10月，第五区更名为重庆市南岸区。
　　1995年3月，重庆市进行行政区划调整，郭家沱街道和峡口镇的郭家沱村划归江北区，巴县的长生桥、迎龙、广阳三镇及九龙坡区花溪镇的二塘村划入南岸区。调整后，南岸区辖南坪、龙门浩、海棠溪、玄坛庙、弹子石、大佛段、铜元局、花园路8个街道办事处和南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷垭6个镇，以及从巴县划入的长生桥、迎龙、广阳3个镇。区人民政府驻南坪万寿桥。
　　1999年底，撤销玄坛庙街道，并入涂山镇，2000年按照新建制运行。
　　2000年，南岸区辖7个街道、9个镇：南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、大佛段、铜元局、花园路7个街道办事处；南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。根据第五次人口普查数据：全区总人口592566人，其中各街镇人口（人）：、铜元局街道：30907、花园路街道：68130、南坪街道：100692、海棠溪街道：67068、龙门浩街道：34112、弹子石街道：27675、大佛段街道：27574、黄桷垭镇：40184、南坪镇：36015、涂山镇：40517、鸡冠石镇：1381E、南山镇：5957、峡口镇：17706、长生桥镇：39882、迎龙镇：20178、广阳镇：22153。
　　2001年，将原大佛段街道并入涂山镇。2001年底，南岸区辖6个街道、9个镇：南坪、龙门浩、海棠溪、弹子石、铜元局、花园路7个街道办事处；南坪、南山、峡口、涂山、鸡冠石、黄桷桠、长生桥、迎龙、广阳9个镇。
　　2002年，南岸区辖6个街道办事处（铜元局、南坪、花园路、海棠溪、龙门浩、弹子石）、9个镇（南坪、黄桷垭、南山、涂山、鸡冠石、峡口、长生桥、迎龙、广阳），69个居委会、69个村委会。2002年末户籍总人口48.97万人，其中非农业人口35.99万人。
　　2006年7月27日，重庆市人民政府《关于南岸区行政区划调整方案的批复》（渝府[2006]152号）同意南岸区将现有的6个街道、9个镇调整为7个街道、7个镇。具体调整如下：
　　（一）撤销南山镇、黄桷垭镇。
　　（二）设立南山街道。管辖原南山镇、黄桷垭镇的行政区域，辖6个社区、9个村委会，幅员面积33平方公里。街道办事处驻崇文路138号（原黄桷垭镇政府驻地）。
　　（三）保留铜元局街道、花园路街道、南坪街道、海棠溪街道、龙门浩街道、弹子石街道等6个街道；南坪镇、涂山镇、峡口镇、鸡冠石镇、长生桥镇、迎龙镇、广阳镇等7个镇。其行政区域和驻地不变。