1999年7月9日，潼南县委、人大、政府、政协机关驻地由梓潼镇正兴街27号、23号、34号、59号迁至梓潼镇莲花村拟新建的行政中心内（渝府[1999]123号）。
　　2000年，潼南县辖22个镇、9个乡：梓潼、双江、花岩、桂林、柏梓、崇龛、古溪、宝龙、飞跃、新华、玉溪、群力、米心、上和、龙形、塘坝、太安、永胜、新胜、小渡、卧佛、五桂22个镇；田家、永安、文明、红花、安兴、龙项、檬子、别口、寿桥9个乡。根据第五次人口普查数据：总人口860016人，其中各乡镇人口（人）： 梓潼镇 118646 上和镇 30323 龙形镇 24883 古溪镇 35298 宝龙镇 27341 飞跃镇 15999 新华镇 12947 玉溪镇 23928 米心镇 15849 群力镇 20781 双江镇 47814 桂林镇 31149 花岩镇 12782 柏梓镇 46867 崇龛镇 43348 塘坝镇 62765 新胜镇 27034 太安镇 35755 永胜镇 8086 小渡镇 47035 卧佛镇 39944 五桂镇 13688 田家乡 14323 龙项乡 11576 檬子乡 13071 别口乡 11959 红花乡 15707 安兴乡 11313 文明乡 13623 永安乡 15137 寿桥乡 11045。
　　2002年，潼南县辖22个镇、9个乡，21个居委会、283个村委会。年末户籍总人口90.43万人，其中非农业人口9.46万人。
　　2006年6月16日，重庆市人民政府《关于潼南县行政区划调整方案的批复》（渝府[2006]126）：同意潼南县将现有的31个乡镇调整为22个乡镇和街道。具体调整如下：
　　（一）撤销5个镇、6个乡：梓潼镇、桂林镇、新华镇、飞跃镇、永胜镇、文明乡、龙项乡、檬子乡、红花乡、安兴乡、永安乡。
　　（二）设立2个街道办事处
　　1．梓潼街道办事处管辖原梓潼镇的东升、哨楼、四方、大佛4个办事处和李家祠、豆芽湾、纪念碑、碉楼坡、接龙桥、岩湾、大桥7个社区居委会，幅员面积127.873平方公里。街道办事处驻凉风垭（原梓潼镇政府驻地）。
　　2．桂林街道办事处管辖原桂林镇、原梓潼镇的东风办事处及井田、莲花2个社区居委会，幅员面积80.387平方公里。街道办事处驻原梓潼镇东风片区。
　　（三）调整6个镇、2个乡行政区域范围
　　1．双江镇管辖原双江镇、原安兴乡九道村和白云村所属行政区域，幅员面积119.306平方公里。镇政府驻金龙街（原址）。
　　2．柏梓镇管辖原柏梓镇、原文明乡、原永安乡所属行政区域，幅员面积134.75平方公里。镇政府驻柏梓镇正街（原址）。
　　3．龙形镇管辖原龙形镇、原檬子乡所属行政地域，幅员面积80.63平方公里。镇政府驻茶店子（原址）。
　　4．古溪镇管辖原古溪镇、原飞跃镇、原红花乡所属行政区域，幅员面积116.06平方公里。镇政府驻古溪镇正街（原址）。
　　5．玉溪镇管辖原玉溪镇、原安兴乡大龙村和曹家村所属行政区域，幅员面积54.414平方公里。镇政府驻迎龙街（原址）。
　　6．米心镇管辖原米心镇、原新华镇所属行政地域，幅员面积51.9平方公里。镇政府驻米心场（原址）。
　　7．田家乡管辖原田家乡、原永胜镇、原龙项乡小石村、桂圆村、老庙村所属行政区域，幅员面积63.13平方公里。乡政府驻罗汉村。
　　8．别口乡管辖原别口乡及原龙项乡花院村、老君村所属行政区域，幅员面积41.34平方公里。乡政府驻别口沱（原址）。
　　（四）保留11个镇、1个乡行政区域政府和驻地不变：小渡镇、塘坝镇、崇龛镇、卧佛镇、太安镇、上和镇、宝龙镇、新胜镇、群力镇、花岩镇、五桂镇、寿桥乡。