巫山县历史悠久。战国间，巫属楚国之巫郡。秦昭襄王三十年『公元前二百七十七年』建巫县。东汉建安十五年『公元二百一十年』，刘备主荆州，析巫县置北井县。蜀汉章武二年『公元二百二十二年』，县境属吴，隶属宜都郡。吴孙休永安三年『公元二百六十年』分宜都郡置建平郡，治巫县。西晋秦始四年『公元二百六十八年』隶属巴东郡。隋开皇三年『公元五百八十三年』置建平郡，巫县更名为巫山县。
　　巫山县历史文化厚重，距今二百零四万年前的龙骨坡“巫山人遗址”，是亚洲古人类起源地之一；距今五千年的“大溪文化”则是新石器文化的杰出代表；汉墓群出土的大量文物证明，农业、手工业自汉代始即具一定规模。
　　巫山人杰地灵，在革命战争年代，无数优秀巫山儿女为革命抛头颅，洒热血，献出了宝贵的生命。他们当中以李季达烈士为杰出代表，他是中共早期革命活动家，一九二一年赴法国留学，与先期赴法的赵世炎、周恩来、李立三、邓小平、陈毅等一起学习马克思主义。回国后历任中共天津地方执行委员会书记、天津市委书记。一九二七年八月被军阀褚玉璞杀害，终年二十七岁。
　　董必武1921年8月来巫联络川军援鄂，是共产党人最早涉足巫山的一次革命活动；1932年12月19日，贺龙率领红三军转战川鄂边途经巫山，红军沿途宣传，为民除害，在群众中留下深远影响；1949年10月2日中国人民解放军一二四师三七０团政委陈鹏率部入城，巫山解放；1949年12月17日，四川省巫山县人民政府成立。
　　1997年6月28日，巫山县划归重庆直辖市。
　　2000年，巫山县辖巫峡、福田、龙溪、大昌、庙宇、双龙、官阳、骡坪、抱龙、官渡、铜鼓11个镇；五龙、白云、白果、红椿、大山、龙井、两坪、望霞、建平、南陵、曲尺、大溪、金坪、龙雾、钱家、何土尚、起阳、平河、庙堂、当阳、鸳鸯、三溪、田家、月池、楚阳、竹贤、石碑、青峰、洛阳、邓家、雪花、笃坪、培石、新花、双庙、新营、平南37个乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口571959人，其中各乡镇人口（人）：巫峡镇 68620、庙宇镇 41658、大昌镇 31992、福田镇 33143、龙溪镇 22758、双龙镇 10315、官阳镇 8863、骡坪镇 13433、抱龙镇 8857、官渡镇 23377、铜鼓镇 15152、红椿乡 6132、五龙乡 6748、白云乡 4826、白果乡 13149、大山乡 3783、龙井乡 10781、望霞乡 4077、两坪乡 15127、曲尺乡 17659、南陵乡 6743、建平乡 7201、大溪乡 12109、钱家乡 9880、龙雾乡 11632、金坪乡 4414、何淌乡 6798、平河乡 7402、起阳乡 7112、庙堂乡 2502、当阳乡 6756、鸳鸯乡 5015、楚阳乡 9050、竹贤乡 5060、月池乡 5999、田家乡 6624、三溪乡 9987、洛阳乡 4646、培石乡 7955、石碑乡 9805、笃坪乡 11288、雪花乡 3878、邓家乡 4161、青峰乡 3674、双庙乡 12735、平南乡 10808、新花乡 9248、新营乡 9027。
　　2002年12月31日，撤销邓家乡、红椿乡，设立邓家土家族乡和红椿土家族乡，其行政管辖区域和政府驻地不变（渝府[2002]230号）。
　　2002年，巫山县辖11个镇、37个乡，22个居委会、567个村委会。年末户籍总人口58.87万人，其中非农业人口5.34万人。　　
　　2003年12月12日，重庆市人民政府《关于同意巫山县行政区划调整方案的批复》（渝府[2003]267号）同意巫山县将48个乡镇调整为41个乡镇。
　　一、撤销7个乡：撤销洛阳乡、雪花乡、大山乡、鸳鸯乡、望霞乡、五龙乡、何淌乡。
　　二、扩大5个镇、2个乡的行政区域
　　（1）抱龙镇：政府驻抱龙河，辖原抱龙镇、洛阳乡所辖行政区域，面积72.89平方千米，人口14387人。
　　（2）庙宇镇：政府驻庙宇槽，辖原庙宇镇、大山乡所辖行政区域，面积142.88平方千米，人口47908人。
　　（3）骡坪镇：政府驻骡坪，辖原骡坪镇、鸳鸯乡所辖行政区域，面积101.62平方千米，人口19318人。
　　（4）福田镇：政府驻桥头溪，辖原福田镇、五龙乡所辖行政区域，面积123.78平方千米，人口42285人。
　　（5）官阳镇：政府驻八树坪，辖原官阳镇、何淌乡所辖行政区域，面积111.75平方千米，人口17340人。
　　（6）笃坪乡：政府驻墓林包，辖原笃坪乡、雪花乡所辖行政区域，面积123.25平方千米，人口16105人。
　　（7）两坪乡：政府驻花栗树，辖原两坪乡、望霞乡所辖行政区域，面积130.90平方千米，人口19708人。
　　三、保留6个镇、28个乡的行政区域和政府驻地不变：保留巫峡镇、官渡镇、铜鼓镇、龙溪镇、大昌镇、双龙镇、龙井乡、曲尺乡、大溪乡、南陵乡、建坪乡、坪南乡、新花乡、双庙乡、新营乡、石碑乡、培石乡、青峰乡、白果乡、白云乡、龙雾乡、钱家乡、金坪乡、平河乡、起阳乡、当阳乡、庙堂乡、竹贤乡、楚阳乡、三溪乡、月池乡、田家乡、红椿土家族乡、邓家土家族乡的行政区域和政府驻地不变。
　　2005年3月25日，重庆市人民政府《关于巫山县行政区划调整方案的批复》（渝府[2005]52号）同意巫山县将41个乡镇调整为26个乡镇。
　　一、撤销15个乡：撤销青峰乡、石碑乡、平南乡、新营乡、新花乡、双庙乡、南陵乡、田家乡、月池乡、楚阳乡、龙雾乡、钱家乡、白果乡、白云乡、起阳乡。
　　二、调整8个镇、4个乡行政辖区范围
　　（1）抱龙镇：管辖原抱龙镇、石碑乡和青峰乡所属行政区域，辖1个居委会，17个村委会，幅员面积148.13平方千米。镇政府驻抱龙河。
　　（2）官渡镇：管辖原官渡镇、新营乡、平南乡、双庙乡的庙坪村和新花乡的水库、杨坝村所属行政区域，辖1个居委会，27个村委会，幅员面积202.58平方千米。镇政府驻官渡河。
　　（3）铜鼓镇：管辖原铜鼓镇和双庙乡的双庙、柳池、观阁、鲍田村所属行政区域，辖1个居委会，11个村委会，幅员面积90.14平方千米。镇政府驻铜鼓包。
　　（4）巫峡镇：管辖原巫峡镇12个居委会及龙江、西坪、柳树村和南陵乡的南陵居委会、平安村、东岗村、跳石村所属行政区域，辖13个居委会，6个村委会，幅员面积66.82平方千米。镇政府驻巫峡镇广东路。
　　（5）骡坪镇：管辖原骡坪镇、楚阳乡所属行政区域，辖1个居委会，17个村委会，幅员面积159.4平方千米。镇政府驻骡坪。
　　（6）大昌镇：管辖原大昌镇、白果乡、白云乡所属行政区域，辖1个居委会，30个村委会，幅员面积188.33平方千米。镇政府驻邓家岭。
　　（7）双龙镇：管辖原双龙镇、龙雾乡和钱家乡所属行政区域，辖1个居委会，20个村委会，幅员面积141.99平方千米。镇政府驻双龙。
　　（8）官阳镇：管辖原官阳镇和起阳乡的金龙村所属行政区域，1个居委会，13个村委会，幅员面积118.47平方千米。镇政府驻八树坪。
　　（9）建平乡：管辖原建平乡、南陵乡的春晓村和新花乡的瓜瓢、云台村所属行政区域，辖8个村委会，幅员面积104.94平方千米。乡政府驻建平。
　　（10）龙井乡：管辖原龙井乡和巫峡镇的文峰、龙水、七星、黎早、桂花、新路、陈家村所属行政区域，辖15个村委会，幅员面积127.07平方千米。乡政府驻老堰塘。
　　（11）三溪乡：管辖原三溪乡、月池乡和田家乡所属行政区域，辖18个村委会，幅员面积106.96平方千米。乡政府驻三溪河。
　　（12）平河乡：管辖原平河乡和起阳乡的起阳、龙潭、大峡村所属行政区域，辖8个村委会，幅员面积84.65平方千米。乡政府驻燕翅膀。
　　三、保留3个镇、11个乡行政辖区和政府驻地不变：庙宇镇、福田镇、龙溪镇、邓家乡、笃坪乡、培石乡、红椿乡、大溪乡、曲尺乡、两坪乡、竹贤乡、金坪乡、当阳乡、庙堂乡。