云阳夏属梁州，商、周属庸国；以后先后属巴国和楚国；战国后期属秦国，始置县名朐忍，县治旧县坪（今双江镇建民村）。北周天和三年(568)，陆腾将县址从旧县坪迁至汤口（今云阳镇），更县名为云安。宋开宝六年(973)升县为军，宋末，云安军废。元至元十五年（1278），复立云安军，至元二十年(1283)改军为州，名云阳州（因县址地处云安盐场之南和五峰山南麓,南为阳,故名云阳）。明洪武六年（1373）降州为县，名云阳县，属夔州府。民国早期属川军20军防区，民国后期属第九专员督察区。1949年12月6日，云阳解放，先后属万县专区、万县地区、万县市、重庆市。
　　1992年1月，民政部批复同意云阳县城迁至双江镇青龙嘴。云阳新县城位于长江北岸双江镇，是由云阳镇、云安镇、双江镇三镇合一搬迁的县城。1999年9月28日，县直机关搬迁到新县城办公。
　　2000年6月21日，长洪镇政府驻地由长棚子迁至新桥湾（渝府[2000]118号）。
　　2000年，云阳县辖25个镇、40个乡。根据第五次人口普查数据：全县总人口1219647人，其中各乡镇人口：云阳镇 46834人、云安镇 13768人、双江镇 41822人、凤鸣镇 17900人、盘石镇 28328人、龙角镇 19645人、宝坪镇 26593人、故陵镇 29123人、红狮镇 31132人、南溪镇 30757人、长洪镇 28273人、双土镇 28001人、桑坪镇 18477人、江口镇：35746人、盛堡镇 20388人、路阳镇 31986人、农坝镇 24475人、高阳镇 24604人、渠马镇 17628人、关市镇 14775人、人和镇 21357人、黄石镇 14661人、巴阳镇 16977人、沙市镇 20761人、鱼泉镇 25667人、硐村乡 15446人、毛坝乡 20684人、栖霞乡 21191人、宝塔乡 14646人、水磨乡 15368人、里市乡 12073人、凤桥乡 12038人、院庄乡 16283人、外郎乡 10473人、泥溪乡 16058人、耀灵乡 12234人、云峰乡 10939人、清水乡 5937人、蔈草乡 22084人、堰坪乡 12816人、新津乡 14142人、普安乡 16468人、龙洞乡 24496人、洞鹿乡 13335人、石门乡 8311人、大阳乡 14696人、青山乡 13657人、富家乡 11360人、新阳乡 18986人、塔棚乡 8825人、团坝乡 13452人、千丘乡 13441人、帆水乡 11032人、文龙乡 16617人、后叶乡 19190人、向阳乡 13830人、建全乡 17192人、双水乡 17481人、白龙乡 16779人、龙塘乡 8236人、养鹿乡 22108人、水口乡 13812人、莲花乡 15104人、九龙乡 17878人、上坝乡 11271人。
　　2002年2月22日，外郎乡政府驻地由外郎村2组迁至竹林村3组大桥头（渝府[2002]14号）。2002年2月26日，撤销清水乡，设立清水土家族乡（渝府[2002]15号）。2002年9月25日，毛坝乡政府驻地由该乡毛坝村6组迁至白水村2组（渝府[2002]158号）。2002年7月30日，栖霞乡政府驻地从洪湖村8组邓家老屋迁至同安村13组小丫口（渝府[2002]118号）。
　　2002年，云阳县辖25个镇、40个乡，57个居委会、827个村委会。年末户籍总人口125.93万人，其中非农业人口12.35万人。
　　2003年8月5日，将原规划渠马集镇迁建新址由渠马镇促进村一组（依托旧镇后靠）变更到渠马镇土岩村三组燕子窝（渝府[2003]178号）。2003年10月21日，宝塔乡政府驻地由蔬菜村2组迁至庙中村12组（小地名三溪口）（渝府[2003]234号）。
　　2004年9月24日，凤鸣镇政府驻地由凤鸣街莲花路31号迁至凤鸣村9组；江口镇政府驻地由江口镇大河街迁至江口村10组（渝府[2004]236号）。
　　2005年1月11日，农坝镇人民政府驻地由农坝居委会迁至龙堰村5组（渝府[2005]9号）。年底，全县辖25个镇、39个乡、1个民族乡：云阳镇、云安镇、双江镇、凤鸣镇、盘石镇、龙角镇、宝坪镇、故陵镇、红狮镇、南溪镇、长洪镇、双土镇、桑坪镇、江口镇、盛堡镇、路阳镇、农坝镇、高阳镇、渠马镇、关市镇、人和镇、黄石镇、巴阳镇、沙市镇、鱼泉镇、硐村乡、毛坝乡、栖霞乡、宝塔乡、水磨乡、里市乡、凤桥乡、院庄乡、外郎乡、泥溪乡、耀灵乡、云峰乡、清水土家族乡、票草乡、堰坪乡、新津乡、普安乡、龙洞乡、洞鹿乡、石门乡、大阳乡、青山乡、富家乡、新阳乡、塔棚乡、团坝乡、千丘乡、帆水乡、文龙乡、后叶乡、向阳乡、建全乡、双水乡、白龙乡、龙塘乡、养鹿乡、水口乡、莲花乡、九龙乡、上坝乡。共有568个村委会和66个社区居委会，总人口129万，其中非农业人口16万，农业人口113万。
　　2006年，《重庆市人民政府关于云阳县乡镇行政区划调整方案的批复（渝府[2006]191号）：同意云阳县将现有的40个乡、25个镇调整为20个乡、22个镇、2个街道。具体调整方案如下：
　　（一）撤销20个乡、3个镇
　　莲花乡、九龙乡、宝塔乡、凤桥乡、里市乡、院庄乡、水磨乡、云峰乡、新阳乡、青山乡、富家乡、塔棚乡、团坝乡、千丘乡、帆水乡、向阳乡、建全乡、文龙乡、龙塘乡、白龙乡、长洪镇、盛堡镇、双江镇。
　　（二）设立2个街道
　　1．青龙街道管辖原双江镇的天鹅、青龙嘴、磨子岭、白鹤、白云、柏杨湾、张家坝、民德、滨江、复兴、道湾、杨沙等12个社区和马沱、建民、龙溪、黄岭等4个村所属行政区域，面积38平方千米。街道办事处驻地设在原双江镇人民政府驻地青龙嘴。
　　2．双江街道管辖原双江镇的黄金包、杏家湾、大雁、莲花池、桂湾、梨园、稻场等7个社区和爱国、东风、石云、双江、蜀光等5个村所属行政区域，面积31平方千米。街道办事处驻地设在原双江镇桂湾社区上纸槽。
　　（三）扩大2个乡、8个镇的行政区域
　　1．清水土家族乡管辖原清水土家族乡、云峰乡所属行政区域，共17个村，幅员面积102.16平方千米。乡人民政府驻原云峰乡钢厂村火埠塘（原云峰乡人民政府驻地）。
　　2．毛坝乡管辖原毛坝乡和原南溪镇翠田村所属行政区域，共6个村、1个社区，幅员面积62.2平方千米。乡人民政府驻黄桷丫（原毛坝乡人民政府驻地）。
　　3．人和镇管辖原人和镇、莲花乡及原白龙乡牌坊村所属行政区域，共25个村、2个社区，幅员面积96.42平方千米。镇人民政府驻木古坝（原人和镇人民政府驻地）。
　　4．凤鸣镇管辖原凤鸣镇、凤桥乡、里市乡、院庄乡所属行政区域，共22个村、3个社区，幅员面积129.47平方千米。镇人民政府驻凤凰岭（原凤鸣镇人民政府驻地）。
　　5．宝坪镇管辖原宝坪镇、水磨乡所属行政区域，共23个村、1个社区，幅员面积123.5平方千米。镇人民政府驻新场（原宝坪镇人民政府驻地）。
　　6．南溪镇管辖原新阳乡、长洪镇、青山乡、富家乡和原南溪镇的将军村、天河村、卫星村、火脉村、水市村、金银村、花果村以及原塔棚乡的塔棚村、南木村所属行政区域，共39个村、4个社区，幅员面积281.2平方千米。镇人民政府驻长冬水（原南溪镇人民政府驻地）。
　　7．江口镇管辖原江口镇、盛堡镇、千丘乡、帆水乡、向阳乡所属行政区域，共39个村、4个社区，幅员面积241.42平方千米。镇人民政府驻江口场（原江口镇人民政府驻地）。
　　8．桑坪镇管辖原桑坪镇、团坝乡所属行政区域，共19个村、1个社区，幅员面积113平方千米。镇人民政府驻桑坪坝（原桑坪镇人民政府驻地）。
　　9．高阳镇管辖原高阳镇、建全乡和原白龙乡白元村所属行政区域，共21个村、2个社区，幅员面积135.12平方千米。镇人民政府驻红庙子（原高阳镇人民政府驻地）。
　　10．双土镇管辖原双土镇和原塔棚乡的坪东村、营鹤村所属行政区域，共18个村、1个社区，幅员面积90.4平方千米。镇人民政府驻大石包（原双土镇人民政府驻地）。
　　（四）更名2个乡、2个镇，并扩大其行政区域
　　1．将硐村乡更名为云硐乡。管辖原硐村乡、宝塔乡所属行政区域，共10个村、1个社区，幅员面积120.76平方千米。乡人民政府驻原硐村乡硐村街道社区居委会河同坝（原硐村乡人民政府驻地）。
　　2．将双水乡更名为双龙乡。管辖原双水乡、文龙乡所属行政区域，共10个村、2个社区，幅员面积76.38平方千米。乡人民政府驻原双水乡双河口社区居委会双河口（原双水乡人民政府驻地）。
　　3．将盘石镇更名为盘龙镇。管辖原盘石镇、九龙乡所属行政区域，共22个村、2个社区，幅员面积92.71平方千米。镇人民政府驻原盘石镇盘石街道社区居委会盘石（原盘石镇人民政府驻地）。
　　4．将关市镇更名为平安镇。管辖原关市镇、龙塘乡和原白龙乡双花村、石墙村、牛门村、民安村、诚兴村、向前村、太和村、白合村、黄木村、七一村、莲花村所属行政区域，共22个村、2个社区，幅员面积120.34平方千米。镇人民政府驻原关市镇平安社区居委会茨菇坝（原关市镇人民政府驻地）。
　　（五）保留16个乡、12个镇的行政区域和政府驻地不变
　　水口乡、栖霞乡、外郎乡、票草乡、耀灵乡、泥溪乡、新津乡、普安乡、堰坪乡、石门乡、大阳乡、洞鹿乡、龙洞乡、后叶乡、上坝乡、养鹿乡、云阳镇、云安镇、巴阳镇、黄石镇、龙角镇、故陵镇、红狮镇、路阳镇、农坝镇、沙市镇、鱼泉镇、渠马镇。
　　2006年10月27日，《云阳县人民政府转发重庆市人民政府关于云阳县乡镇行政区划调整方案的批复的通知》（云阳府发[2006]78号）：……双江镇行政区划仍按原建制运行。