明朝在四川的统治
　　明王朝平蜀后，置四川承宣布政使司，又置四川都指挥使司和提刑按察使司，合称“三司”，分掌行政、军事、司法。各地府、州、县地方政府相继建立起来。在县以下，普遍建立里甲机构，在城市建立坊厢机构，使王朝的赋役征调得到保障。为了统治多民族的四川地区，明朝在四川大力推行土司制度，先后在川建立15个土司地区。由于条件不成熟，时常引起少数民族的反抗。1450年，高（县）、珙（县）、筠（连）、戎（兴文县）的夷人反抗汉官“下砦征粮害我”，进攻县城。正德年间，都掌蛮发动起义，明军14万人围剿，镇压了起义。而万历年间苗族土官杨应龙和天启年间奢崇明、安邦彦的举事，则属有割据野心的世袭土官的反叛。
　　明朝中叶，四川人民赋税沉重，地主兼并土地日益严重，不断引起农民起义，并波及陕、湖、贵等省。

晚明民变与张献忠大西政权
　　明末阶级矛盾十分尖锐，社会危机十分严重。四川爆发多起民变和兵变，阶级冲突向着白热化发展。明末农民战争爆发后，张献忠于1633年首次率师入川，1644年初由湖广第五次入川，号称有众60万，以“澄清川岳”为旗帜，溯江而上，节节胜利。6月克重庆，8月克成都，明蜀王朱至澍投井自杀，结束了明王朝在四川的统治。1644-11-16日，张献忠在成都即帝位，国号大西，建元大顺，自称西王。大西农民政权建立了中央机构和地方各级政权组织，并开科取士，补充官员。大西政权没收明地方政府的库金和王朝宗藩的财产，向富民大贾征收赋税，发放金银赈济贫民。又铸货币“大顺通宝”以供流通。
　　1644年清军入关后，于1646年攻入四川，张献忠率军迎击，不胜，在西充县凤凰山多宝寺前太阳河畔遭清军突袭，中箭牺牲，时年仅41岁。大西农民政权归于失败。

明清时期四川的农业
　　都江堰工程在明代经过两次大修，眉州、新津、中江、彰明、峨眉等地，相继修复或建成一批水利工程，对发展农业起了积极的推动作用。明代四川都司及行都司大力推行屯田，1578年四川各卫所屯田共4.8万多亩。明政府鼓励农民种植棉桑，万历年间四川的棉花种植达到29万多亩，占全省总耕地面积的2.7%。1578年，四川耕地面积达到13.4万多顷（100市亩为1顷）。明清之际的战乱以后，四川仅余耕地1万多顷。清王朝实行与民休息政策，多次蠲免四川应征钱粮。到雍正七年（1729年），仅什邡一县耕地便扩大到3,200多顷。

明清时期四川的手工业
　　明初，四川盐井为元代的3倍，到景泰时，增至1380眼。嘉靖年间盐产量增至3,000多万斤。明代四川钢铁产量居全国第四，银产量居全国第三，成都琉璃厂窑所产瓷器亦颇有名气。清代四川产盐州县增至40个，盐井增至6116眼，雍正时年产盐9227万多斤，乾隆时增至1.6亿多斤。乾隆时，四川制茶业由最初的10.6万多引增至11.6万多引，产量高于明代3倍。明末创办的泸州老窖曲酒，乾隆时由1个窖扩大到4个窖，获得较大发展。其他如矿冶业、制瓷业、雕板印刷业等，均取得不少成就。

明清时期四川的商业与区域性市场
　　明代四川商业有所发展，外省商人常将四川的绸缎、布匹、药材运往东北，把阆中市的丝运往山西、江苏、福建，同时又将那里的货物运至四川交易。不少陕西商人到自流井落户，经营井盐。汉藏贸易则以雅安和打箭炉（今康定县）为中心，进行互市。清初四川生产凋敝，大规模商业活动很少。但到乾隆时，商家即能以奢侈相尚，贸易已十分活跃发达。其中食盐、粮食等大宗商品的买卖非常兴盛，而内地与边区的茶、丝等交易也十分繁忙。大、中、小城市与农村，在商品贸易上结成一个巨大的层次网络，相互依存，彼此衔接。仅彭县场镇数，康熙时仅1个，乾隆时就增至10个。大部分场镇立有市期，定期交易。这样，在四川这个大的区域性市场内，就形成了若干互相依存的中、小区域市场。

明清时期四川的哲学
　　明清时期四川涌现出不少思想家，其中最杰出的是明朝的杨慎和明末清初的唐甄。杨慎（1488～1559年）字用修，号升庵，新都人。授翰林院修撰，后谪戍云南永昌卫，死于戍所。杨慎著述宏富，传世的有150余种。其哲学思想主张“元气者，天地之极”，反对程朱空谈心性，认为客观事物无不相互联系，主张用发展演变眼光认识事物。唐甄（1630～1704年）字铸万，号圃亭，达州市人。29岁中举人，任过县官，后革职。晚年穷途潦倒，流寓江南。著《潜书》97篇。唐甄的哲学思想具有鲜明的唯物主义特征，强调事物变化是“精”、“气”变化所导致。其政治思想具有鲜明的激进色彩和人民性。他的著作尖锐地揭露了封建君主专制的罪恶，充满了战斗的激情。

明清时期四川的教育
　　明清是四川书院发展的高峰期，清代尤盛。据嘉庆《四川通志》统计，自唐以来四川书院共277所，明代54所，清代198所，可见教育事业兴旺发达。明代四川书院多属私办，著名的有长宁县文明书院、嘉定东坡书院、丰都平山书院等。清代四川官办书院增多，乾隆时官办书院占居统治地位。
　　清代四川的府、州、县学发展较快。1703年四川府、州、县学达到57所。私塾几乎遍及城乡，一般分专馆、散馆，讲习内容多为语文、算学基础知识。义学也较普遍，多由地方官员、乡绅等捐资兴办，是一种初级教育组织。

明清时期四川的文学和戏剧
　　明末清初，遂宁吕大器、吕潜父子，费锡宗、锡璜父子，都是比较有名的诗歌作者。康熙时期，通江县的李蕃、李钟璧、钟峨父子，也以诗文扬名于世。

明清时期四川的科技
　　乾隆时，资州知县张文岗辑《农书》，对选种、育种、播种、锄耘、粪壤等详加论列。什邡知县史进爵编著《耕作之法》，针对土地的不同特点，介绍相宜的农作物品种及耕作技术。什邡张宗法的《三农纪》是一种农学专著，24卷，对农事的方方面面条分缕析。乾隆大足知县沈潜的《蚕桑说》，对蚕桑的有关技术问题作了详细论述。
　　这一时期四川的制盐技术有了明显提高，在钻井方面，总结出一套科学开采方法，木制导管被广为利用。治井技术上，解决了井筒剥落等井下故障的出路问题。清代还创制了“泥孩儿”、“财神锉”等打捞井下落物的工具。在采卤技术方面，采取升高天车的方法，以解决卤筒加长的问题。1835年在自贡市的自流井区凿成的燊海井，深度达1,001.4m，是世界上第一口超千米的深井。这些成就，标志着我国盐井开凿技术进入了新的历史阶段。