8月中旬起，陈毅经历了党内斗争的考验。陈毅心情沉重。下山前后对比鲜明。下山前红军4个团，如今只剩3个团了。下山前武装割据3城数县，土地革命蓬蓬勃勃，如今只占住几个山头，县城与平坝尽被敌占，群众遭受血洗和摧残。陈毅痛感自己的责任。更使陈毅焦虑的是统一思想、加强团结的问题。对有些问题看法不一致，本来就有。有些人倾向于巩固井冈山根据地；有些人倾向于远道大规模游击。有些人主张把缴获的枪更多地发给农民武装，有些主张大力扩大红军。湘南之行造成了“边界与湘南同归失败”的大损失，大家意见更多。主张远出游击的人被称为“逃跑主义”，相反，主张巩固井冈山根据地的人被称为“保守主义”。思想上的隔阂增加了。其实，要搞武装斗争，要搞土地革命和苏维埃政权，大家还是一致的，坚定的。为了大局，陈毅深感必须沟通思想。他的办法首先是用自己的认真检讨来承担责任，同时，还在行委的会议上开展批评与自我批评。毛泽东在两军重会时也曾对部队说过：湘南的问题让二十八团自己讲，三十一团不要讲。这时毛泽东召集部队讲话，说明了朱军长本人是反对去湘南的。这一来，团结的气氛就大为增强。军事胜利与政治团结相互促进。10月1日，在宁冈击溃周浑元旅一部（第十四旅第二十七团），歼其1个营，收复宁冈全县。同时，湘敌驻桂东的部队有126人携械投入红军。陈毅负责收编工作，编为特务营。
　　1928年10月4日至6日，中共湘赣边界第二次代表大会在宁冈茅坪召开。这是一次坚持原则、坚持团结的会议，通过了《政治问题和边界党的任务》等决议，对“八月失败”作出了相应的结论。陈毅在这大会上与毛泽东、朱德、谭震林、何挺颖、袁文才、王佐农、陈正人、杨开明等一起当选为第二届特委委员。11月2日，四军收到中共中央6月4日来信。尽管时隔5个月，这对长期得不到中央指示的湘赣边界和红四军来说，是破天荒的大事。
　　11月6日，特地推迟向遂川出动的日期，召集特委、军委和地方负责人30多人参加的中共湘赣边界特委扩大会讨论贯彻。陈毅参加了讨论。来信涉及边界党和红军在割据地区的军事、土地、政权和党的组织等许多重大问题。
　　中央指定朱德为军委书记。中央更指示特委与军委统辖于前委，指定由毛泽东、朱德、地方党部书记、一工人同志、一农民同志5人组成中共红四军前委，毛泽东为书记。前委当即在11月6日成立，除毛泽东、朱德外，推选谭震林（特委书记）、宋乔生（工人）、毛科文（农民）为前委委员。11月14日至15日，在宁冈新城召开了红四军第六次代表大会。陈毅作为上届军委书记和现任前委秘书长，直接参与了提案审查和决议起草工作。11月初，周浑元旅再次来犯。朱德率部下山迎击。陈毅同去。11月9日，红军击破周旅1个团于宁冈城与龙源口；10日再占永新城。因为敌增援部队向侧后迂回，红军主动撤回宁冈。这时，南自遂川的井冈山南麓，北至莲花边界，包括宁冈全县，遂川、酃县、永新各一部，成了南北狭长的整块。各级政府、群众武装又恢复，按人口分配土地的工作蓬勃展开。井冈山进入了复兴和发展时期。
　　陈毅先是担任前委秘书长，后调任红四军士兵委员会秘书长。当时敌人的军事进攻与经济封锁给红军的物质生活造成很大的困难。陈毅跟随着朱德，和大家一样穿单衣单裤，吃红米南瓜，并和朱德一样经常加入运粮的行列背粮上山。陈毅不用扁担，他使用的工具是自己的裤子，裤脚一扎，粮食灌在裤管里，然后扛在肩上。那时的裤管肥大，一次能装上七八十斤。
　　不久，彭德怀、膝代远率领平江起义的红五军一部来到井冈山。12月12日，在宁冈新城召开了红四军、红五军会师庆祝大会。井冈山革命根据地的声威更大了。
　　中国共产党第六次代表大会的决议给井冈山的革命实践者们注入了新的血液，引发了许多人对理论的兴趣。
　　“六大”决议是中共中央派专人从上海送来的。毛泽东主持召开前委扩大会学习，并以对马克思主义和中国实际的深刻认识作了精心的传达，引导与会者把理论和当前的斗争实践结合起来。陈毅怀着浓厚的兴趣参加了学习，从对中国革命的性质、任务、特点、策略的研讨中深感自己跟着朱德、毛泽东走着的是一条正确的道路。他们紧紧把握住了中国革命必须进行武装斗争的重要特点，坚持反帝反封建的民主革命，把武装斗争和土地革命紧密结合起来。通过学习，他们更有决心沿着这条道路走下去。陈毅从南昌赶队开始，走这条路是比较自觉的，粤、闽、赣、湘千里转战、湘南暴动、八月失败、重上井冈山，成功和失误的丰富经验教训如今得到理论的提高，他更加坚定也更为清醒了。这在他1951年《学习毛主席的马克思列宁主义的创造作风》一文中表达得很明确：“因为毛主席的领导是以井冈山的革命实践为基础，很自然地在许多问题上又超过‘六大’决议而更深入实际地去解决问题。”
　　但是，虽然身在井冈山，身在红军，有一些极为重要的理论和实践问题在陈毅思想上以及其他领导人的思想上并没有得到很好的解决。其中最突出的是共产党对军队的领导问题和建军的政治路线问题。这需要在新的实践中思考、争论、总结，共同探索，来确立和认清正确的路线。