陈毅在1929年10月1日离开上海，4日到香港，6日过汕头，11日到达中共东江特委所在地，与特委开会研究中央指示红四军进入东江的工作。
　　他继续北行，走梅县南部山区，绕过梅县，一路了解敌军兵力的分布，当他意外地在梅县到蕉岭的路上与正向南开进的红四军第一纵队相遇时，才知军部现在松源。陈毅立刻赶去松源与朱德见面。
　　陈毅首先询问毛泽东的近况。朱德告诉他养病尚未回来。10月初召开的中共红四军第八次代表大会上，有许多个支部提议请毛泽东回来主持前委工作，由彭枯、郭化若起草了一信请毛回来。毛回信说不能回来。他反对敷衍调和、模棱两可的“陈毅主义”，不打倒“陈毅主义”他不回来。
　　这消息对陈毅当然震动很大。但此时的陈毅已是党中央“训练班”毕业了的，他已真诚地承认自己有调和折中的错误倾向，“陈毅主义”虽然主观上是为了维护党内团结，但没有支持正确主张，实际上压抑了正确主张。他这次回来，就是为了纠正这种错误倾向所造成的、“没有从政治上指出正确路线”的不良后果。因而，陈毅表示：毛泽东所说的“陈毅主义”是非无产阶级的东西，他自己也要和同志们一起打倒这个“陈毅主义”。后来他在11月4日给中共中央的报告中也明确地如此写了。
　　陈毅这样说，也这样做。他当即向朱德原原本本地详尽地介绍了在党中央所见所闻所感受所讨论所决定的一切。当天夜里，前委召集会议，由陈毅正式传达中央“九月来信”，并详细作了解释谈了具体办法。会后，陈毅派专人把中央“九月来信”送去蚊洋给毛泽东，并附自己一信，促请毛泽东回前委工作。陈毅和好几位前委委员谈话，他还直接向红军官兵广为宣传中央指示的精神。他曾不止一次地表示：自己在主持前委工作期间有缺点错误，“七大”没有开好需要公开检讨的话，“这个检讨我来作”。
　　前委及军部机关即随部队向梅县前进，陈毅随军南下。在此以前的10月初，陈铭枢、陈济棠争夺广东地盘的战争爆发了，赣敌乘机向闽西进逼。
　　中共中央指示红四军进军东江（陈毅此时离上海在归途中）。红四军前委就决定到东江。当时有两种意见，一种主张兵贵神速，立即挺进到梅县一带；另一种主张逐渐推进，先在闽粤边界分兵做群众工作。前委采取了第二种主张，于是“迟迟不前”。后来第二纵队在峰市炉下坝击溃敌军两个营（但是二纵队长刘安恭在此战中牺牲），一纵队在松源打败敌军1个营，气势很壮，纷纷要求到梅县。事实上梅县敌兵甚少。陈毅从上海回来，10月中旬过梅县时，也了解到松口敌只有2营兵，梅县1营兵，蕉岭1营兵，大埔1营兵，兴宁1营兵。据傅柏翠、肖克等人回忆，陈毅当时认为：敌人如此分散，红四军若能及时集中直扫，以长驱之势，速下东江数要地，东江势必震动。东江群众必大大振奋。然而，部队南下既惊动了敌人，又分兵做群众工作，不能迅速前进，到10月24日前委和军部随大部队到达蕉岭时，实际上大好时机已失，敌人的大队援兵已在向东江地区开进了。陈毅是能辩证地考虑问题的，他决不因为在上海进一步提高了红军做群众工作的觉悟就片面突出，就忽略作战胜利的决定性作用，他对于在战机稍纵即逝的情况下还要分兵做群众工作感到激愤。
　　到蕉岭，当即探明梅县无正规敌军，仅县警备队相当于1个营的兵守备，乃决定直取梅县。10月25日，红四军主力进占梅县，县警备队纷纷缴枪溃逃。陈毅作为前委和政治部的负责人，立即投入紧张工作，与东江特委、梅县、蕉岭县委筹划成立各种群众组织和东江革命委员会。
　　26日下午正准备召开群众大会成立东江革命委员会，突然发现粤敌蒋光鼐率3个团的正规部队于3天前启程，现已抵达梅县附近，其先头部队已向梅县猛扑。战火突起，全城惊乱。一部分敌军仗着人地熟悉竟突入城厢。梅县两面临水难以机动。陈毅当机立断，乘敌人未及插到南门江边，迅速指挥前委和军部人员抢渡南门河，随战斗部队退入梅南山区。全军在朱德军长沉着指挥下适时避开恶战，安全转移，仅亡2、伤4，毙敌50余人。
　　红四军再次讨论行动方案，有些人主张3个纵队分开到3个地区发动群众。讨论结果多数人认为在强敌面前分兵易遭各个击破，而且中央也已指示了红四军不应深入东江的政策；同时，又探得梅县只留驻敌军1个教导团。
　　就一致主张再打梅县。这在战略方针上是正确的。但实际上梅县敌人不只1个团；而且广东军有巷战训练，而巷战却是红军所生疏的。因此，红军黑夜运动凌晨突袭虽然得手，前锋冲入大街，却在巷战中抵挡不住敌军用手提机关枪、手榴弹等优势火力的反击而被迫撤到城外。当晚包围攻城，战至清晨4时仍打不下，而梅县城内150名共产党员和共青团员又没有接应配合的动静。若继续攻击，粤敌增援会使红军陷于被动。前委研究，根据粤军顽强抵抗和大量增援的情况判断，广东战局恐己出现不利于红军的发展，于是决心主动撤围，向敌兵力薄弱的赣南转移。后来查明战局确已发生变化。红军原拟趁张发奎入粤作战，粤敌自顾不暇的时机，在广东东江地区发展，因张发奎迟迟不肯入粤，使得粤敌可以全力对付红军，继续留在广东极为不利。
　　红四军经平远到寻邬，在寻部赤色区域大田乡安置了伤病兵。此次梅县作战，伤亡200余人，而上杭补充的俘虏兵逃亡甚多。在寻邬，陈毅又去信请毛泽东回前委，并开始筹备中共红四军第九次代表大会。
　　11月中旬，朱德、陈毅率红四军回闽西。11月18日，在上杭官庄的前委会议上，决定扩大闽西苏区，确定了建立闽西政权的有关政策。11月23日，红四军再次攻克汀州。
　　在占领汀州的第四天，11月26日，毛泽东在中共福建省委巡视员谢汉秋陪同下，心情舒畅地从蛟洋到达汀州。毛泽东向朱德、陈毅等前委委员表示诚恳地接受中央的批评（“九月来信”除对前委有批评外，对朱、毛个人的工作方式等也有批评），表示愿意遵照中央指示回前委工作。陈毅也诚恳地向毛泽东当面作了检讨，详细介绍了上海之行，并转达了李立三对毛泽东的问候。毛泽东也说“八大”时他因为身体不好，情绪不佳，写了一些伤感情的话。这样，“不能一朝之慨”就消除了。
　　11月28日，在毛、朱、陈出席的前委扩大会上，气氛融洽而热烈。这是半年多来第一次团结民主的会议。一致通过三项决议：一、召集中共红四军第九次代表大会；二、用各种方法建立红四军的政治领导；三、纠正党内各种错误倾向，扫除红军内部的封建残余制度（废止肉刑、禁止枪毙逃兵等）。
　　这些积极的变化，在同一天毛泽东写给中共中央和李立三的两封信中跃然纸上。“我病已好??遵照中央指示，在前委工作。”“四军党内的团结，在中央正确指导之下，完全不成问题。陈毅同志已到，中央的意思已完全达到。”
　　在致李立三的信中更是充满友情地写道：“多久不和你通讯了，陈毅同志来才知道你的情形。我大病三月，现全好了，但精神未全复元。”从信中也可看出毛泽东对陈毅的感情已经和好如初。
　　但是，陈毅要和大家一起纠正错误的决心却不因此而减弱。他从12月3日随军到达新泉的当天即协助毛泽东对部队进行深入的调查研究，重点在于应该纠正的错误思想和如何加强与改进党对部队的领导。移驻古田后，工作更紧张，白天开调查会，夜间整理材料写意见。隆冬寒夜，他和毛泽东房里的灯光经常彻夜不灭。
　　1929年12月28日，在福建上杭古田的廖氏宗祠召开中共红四军第九次代表大会。大会由陈毅主持。
　　陈毅传达了中共中央9月28日给红军第四军前委的指示信，并作了详细的解释和说明。毛泽东、朱德分别作了政治报告和军事报告。到会代表展开热烈讨论，发言中提出了许多切合实际的意见。陈毅还在大会上作了反对肉刑、反对枪毙逃兵的专题发言。
　　经过讨论和充实，一致通过《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》（即《古田会议决议》）。
　　“九大”决议是在中央“九月来信”的指导下联系红四军的实际形成的，它和“九月来信”的精神一致，同时又大大地丰富和具体化了许多重要内容，在“关于纠正党内错误思想”方面则根据实际情况作了必要的调整和强调，内容有了很大不同，从而弥补了“七大”决议在这方面的严重不足。
　　“七大”决议虽然肯定毛泽东给林彪的信中政治观点和军事观点的问题是对的，虽然在地方武装、宣传兵等问题上有正确的规定，但整个说来，对于单纯军事观点的批评很不够。“九月来信”贯穿着对红军根本任务的阐述，强调做群众工作，深入土地革命，建立革命根据地和苏维埃政权，武装群众，因而从根本上反对了单纯军事观点和流寇思想；但是把“纠正一切不正确的倾向”只列为“红军中党的工作”中的第六点，其中根本没有指出单纯军事观点和流寇思想。“九大”决议就不同，第一个大问题便是“纠正党内非无产阶级意识的不正确倾向的问题”，其中的第一条就是“关于单纯军事观点”。
　　“九大”决议把八个错误思想倾向作为建设无产阶级军队必须纠正的主要错误，在“党内教育问题”中又列为经常进行教育的材料，这充分体现了“九大”决议的无产阶级的战斗性。
　　对于流寇思想，“七大”决议意在调和，说“不见得这意见就是流寇思想”（按：二十九团要回湘南确不是流寇思想），但是，打进郴州后二十八团官兵的表现却理应引起陈毅的注意。周恩来起草的8月21日信说得尖锐：忽视红军发动群众，实行土地革命，建立苏维埃政权的使命，就会“将红军带向流寇土匪的行径。”但“九月来信”便只有正面阐述红军的根本任务而没有对流寇思想的批评了。“九大”决议把“关于流寇思想”列入“八个错误思想”之一，是对“七大”决议的纠正，是对“九月来信”的补正。
　　“九大”决议在党对军队的领导上下再为中央已明确否定了的“党管一切”、“家长制”、“书记专政”等作分析讨论，而是在“党的组织问题”、“党内教育问题”、“红军宣传工作问题”、“士兵的政治训练问题”等方面具体详细地定出章程作出规定，从而使从旧军队转变过来不是太久而文盲占绝大多数的中国工农红军有了一个贯彻无产阶级及其政党领导的切实可行的法规。虽还没有写定党对军队的绝对领导的文字，但是这部法规中无论在政治上、组织上、思想上，红四军都在党的绝对领导之下，而党委又不包办代替军政机关的工作。这显然和“九月来信”的精神是一致的。
　　“九月来信”最有决定性的“精神”，还在于由毛泽东仍力前委书记。
　　选定毛泽东为红四军党的核心，这是中央指示最英明之点。这一点，中央政治局8月13日、27日讨论中都没有，只说“组织问题要解决”，8月21日信当然也不会有，只有“九月来信”才作了这一明确的认定。“九大”决议和“九月来信”最根本的一致正在这里。
　　“九大”选举毛泽东、朱德、陈毅、李任予、黄益善、罗荣桓、林彪、伍中豪、谭震林、宋裕和，田桂祥为前委委员，杨岳彬、熊寿祺、李长寿为候补委员，毛泽东为前委书记。
　　毛泽东已回前委任书记，与错误思想作不调和斗争的决议也已通过，陈毅回四军的任务完成了。今后怎么办呢？在上海时，鉴于他卷入矛盾很深，中央组织部曾征求他的意见，是否到鄂豫皖或广西正在酝酿组建的红七军工作。他回答说：还有一件事没办好，没有把毛泽东请回来，等办好这件事再考虑工作问题。如今，他向前委书记毛泽东谈起自己的工作问题了，毛泽东不假思索他说：你哪里也不用去，就在这里。
　　陈毅便继续留在朱毛红军工作，至于干什么，他向来是不介意的。
　　二十五年后，谭震林在1954年4月2日的华东局扩大会议上发言说：“我觉得陈毅同志在我们党内对党有三次贡献。一次是三河坝。假如那个时候没有陈毅同志作核心，保持力量，后来回到井冈山，而井冈山只有秋收暴动那一点力量，很难存在。这个功劳除了朱德就是陈毅同志。第二，七次大会到九次大会之间是中国革命很重要的关键，虽然犯了囗囗路线的错误，但是如果没有他到上海把中央的精神带了回去，中国今天究竟怎么样就很难说。从七次大会到九次大会的开始，除了毛主席之外主要是他。”（按：第三是黄桥战役打开华中抗日局面）1959年8月陈毅曾向来访者谈起红四军“九大”以后他的经历，谈得太简略，事实上，有几点是应该记载的。
　　回江西，他和毛泽东同行。翻越雄伟的武夷山时，毛泽东接到黄公略派人送来的信，报告说正筹建工农红军第六军。毛泽东征询陈毅的意见：为了实现争取江西兼及闽西浙西的割据计划，需要更多红军，毛泽东初步设想请陈毅去负责红六军。不需要立即回答，考虑成熟再谈。陈毅却当即表示愿意受命。
　　陈毅虽没有参加“二七”会议，但被选为前委的委员。“二七”会议是红四军前委，五军、六军的军委和赣西南特委的联席会议。选出的前委委员有毛泽东、郭贞（赣南）、曾山（赣西）、王怀（湘赣）、方志敏（赣东北）、朱德、潘心源（中央巡视员）、黄公略（六军）、刘士奇（赣西南）、彭德怀、谭震林、陈毅、邓子恢、张鼎丞（二人为闽西）、袁国平（五军）、李文林（赣西南、红二团）、滕代远（五军）。从这阵容就可看出，这个以毛泽东为书记的前委所领导和管辖的部队和地区，己为后来中央苏区勾划出轮廓。
　　“二六”会议以后，前委决定陈毅力红六军政治委员，红六军军委书记。
　　红六军辖三个纵队。一纵队长何武东，政委李韶九；二纵队长罗炳辉，政委王如痴；三纵队长徐彦刚，政委刘作述。每纵有八九百条枪。在黄公略、陈毅率领下，六军二纵队曾配合红四军主力粉碎了国民党军队的一次围攻。先在富田以北之水南全歼独立十五旅两个营；次日又与独立十五旅激战竟日，将其击溃，俘敌1600余人，残敌仓皇逃往赣州。至此，陈毅在新的岗位上开创了新的局面。他和黄公略、罗炳辉相处特别融洽。