1934年10月10日下午，陈毅手术后醒来，立即让警卫员找来担架，抬他去中央机关，与即将撤出中央苏区的周恩来等人告别。兴国老营盘一仗，陈毅负重伤。经过一段时间的治疗保养，烧退了，大腿总是红肿疼痛、不能伸直，不能下床。陈毅十分心焦。听说中央机关和红军主力就要撤出中央革命根据地了，但是还没有哪一位中央领导人找他谈过话。他应该动手术，但因为云石山国家医院没有电源，不能拍X光片，动手术的事被搁置下来。10月9日，医院各科室的医疗器械、药品都装箱了，看样子一两天就要行动，陈毅赶快给中央革命军事委员会副主席周恩来写了封信反映情况。
　　周恩来接到陈毅的信，当即派人把电台的汽油发电机送来医院，并在百忙之中到医院来探望陈毅。这样，陈毅才得知中央机关明天黄昏时就要出动。
　　中央因陈毅腿伤、不能远征，决定他和项英等领导人留下来，坚持中央革命根据地的斗争。陈毅知军善战，负责军事。周恩来还告诉陈毅，中央革命根据地设立中共中央分局、中华苏维埃共和国中央政府的办事处。中央分局以项英为书记；陈毅担任中央政府办事处主任，梁柏台为副主任。周恩来还说：党中央和中革军委准备建立中央军区，统一指挥江西、福建等省军区和红二十四师等部队。命令因为李德患病，尚未草写。
　　X光片显示陈毅右胯骨被打碎一角，于是立即开刀，取出了作祟已久的一些碎骨。
　　手术后第二天下午，陈毅忍着伤痛睡担架到中革军委驻地。中共中央总负责人博古也在。他见陈毅到来，立刻上前握手，表示歉意：因工作太忙，一直未能去看望。接着就解释：此次撤出本想把他抬走，但因他在江西搞了七八年，有名望，党内军内群众中都活动得开，项英到中央苏区两三年，又没有打过游击，所以留下他负责军事，帮助项英工作。
　　陈毅是反对“王、博路线”的。他当然懂得，不把他“抬走”，并不仅仅因为需要他在江西坚持，还包括宗派主义的排挤。当时人们议论，这样重伤的高级干部留下来，是凶多吉少。
　　留下来坚持斗争，陈毅倒并无意见。革命本来就是艰险的事。自己对中央革命根据地确实比较熟悉，留下他负责军事，可以有所作为，也可以使大家觉得共产党并没有放弃中央苏区。陈毅急等着与项英会面。
　　项英在10月12日送别了最后一批撤离的队伍，第二天就到医院看望陈毅，并向他传达中央的有关部署。
　　当时，留在中央苏区的红军部队有：中央军区直接指挥的第二十四师及其所辖的第七十、第七十一、第七十二团，独立第三、第七、第十一、第十五、第十六团；江西省军区的独立第一、第二、第三、第四团；赣南省军区的独立第六、第十、第十二、第十四团；福建省军区的独立第八、第九、第十九、第二十团；闽赣省军区的独立第十二、第十七、第十八、第二十四团；加上登贤独立团和各县独立营，共有武装力量1.6万人（另有伤员3万多人）。
　　中央划定瑞金、会昌、于都、宁都4个县城之间的“三角地区”为基本游击区和最后坚守的阵地。这些留下的部队的任务是：保卫中央革命根据地，保卫土地革命的胜利成果，在中央革命根据地及其周围进行游击战争，使侵占中央革命根据地的敌人无法稳定其统治，并准备在适当的时机，配合红军主力部队，在有利条件下进行反击，恢复中央革命根据地。
　　陈毅听了项英的传达，直率他说了自己的意见。
　　在对待形势的看法上：陈毅认为蒋介石不会因红军主力撤出而丢下中央苏区不管，不会让苏维埃政权继续存在。反革命大风暴很快要袭来，必须迅速作好打游击的准备。陈毅认为第五次反“围剿”失败是不容否认的事实。
　　“失败就是失败，承认失败还可以不失败或少失败些。失败了硬是不承认，那是十分危险的。”“承认失败并不是悲观失望，而是政治上坚强的表现。”
　　在保卫中央革命根据地的战略战术上：陈毅认为蒋介石的兵力远远超过红军。蒋用一部分兵力去追堵主力红军，而以另一部分兵力留下来专力对付留在中央苏区的红军和游击队，仍是占绝对优势。留在中央苏区的部队不能依赖红军主力，应当独立自主坚持斗争。因此陈毅提出在完成掩护红军主力撤出中央苏区的任务之后，要迅速把领导干部分散、把部队分散，开展广泛灵活的游击战争。“红军二十四师和独立团，应立即分散到中央革命根据地各个游击区去，作为游击战争的骨干。这样可以保存一批相当可观的革命力量。”“瞿秋白、何叔衡，以及陈正人、周以栗等高级干部，身体有病，年大体弱，还有一些不能走的知识分子和妇女，最好让他们穿上便衣，到白区去隐蔽起来。坚持打游击，他们是吃不消的。”①项英是中共中央政治局委员、中央分局书记，又是原中共中央局成员、中革军委副主席、中央政府副主席。他是留下来坚持斗争的党政军总负责人，他当然不能轻易改变中共中央原来确定了的方针。
　　10月14日，中央分局和中央政府办事处在瑞金梅坑的马道口召开原中共中央和中央政府各部门留在苏区的主要负责人会议，宣布成立中央分局和中央政府办事处，但因中央规定在红军主力到达湖南之前不能公开突围转移的情况，故分局和办事处对外暂保密，行文和报纸，仍用原来的名称。
　　这次会议上，项英阐述了中共中央交给中央分局的主要任务和今后斗争方针。陈毅只作了简短的讲话。
　　10月22日，在转移途中的中革军委，给项英来电，指示“中央军区应从22日起即宣布成立”，项英任司令员兼政委，龚楚任参谋长，贺昌任政治部主任。当时不少高级干部对这任命迷惑不解。他们知道在留下的领导人中，真正懂得战争的是陈毅，不给他军职，他怎么指挥部队打仗？陈毅感触尤深，中央原说定叫他“负责军事”，现在却不给他军职。
　　在红军主力离开中央革命根据地1个月之后，蒋介石才真正弄清了红军主力的动向。他在南昌召开了南北将领会议，调动了20多个师几十万大军包围中央革命根据地，叫嚷要“掘地三尺”、“斩草除根”，不让苏维埃政权“死灰复燃”。在这之前，国民党军基本上按照第五次“围剿”的原定部署推进。从10月初开始，红军主力的阵地已先后由红二十四师及独立团接防，军力减弱；10月14日国民党周浑元纵队占领兴国县城，26日又占领宁都县城；北路国民党军虽已于10月底发觉红军主力转移，但因在过去几次“围剿”中被红军打怕了，担心又是共产党设下的圈套，因此，他们仍然采取堡垒战术，小心翼翼地推进。这时，本是中央革命根据地开始实行大转变的极有利时机，但是为了执行中央方针，仍然集中兵力去四面防堵，命令红二十四师、各独立团和江西军区部队，分别去汀州、广昌、兴国、石城等地正面阻挡国①陈毅：《三年游击战争回忆》。瞿秋白和周以栗当时正患肺玻何叔衡是中国共产党第一次代表大会代表，当时已58岁。
　　民党军队的进攻。这些红军当然无力和敌人拼消耗，阻挡不住，反而遭受很大的伤亡。11月7日，国民党李延年纵队占领汀州县城，10日占领瑞金，17日又占领于都县城。
　　国民党军每占领一地，就进行灭绝人性的烧杀奸抢。卷土重来的土豪劣绅，流氓恶棍，组织“还乡团”、“铲共团”，肆无忌惮地进行阶级报复。
　　中共地方组织和游击队却不知红军主力已走，缺乏足够的思想准备、组织准备和武装准备。无数共产党员和革命群众被活埋、挖心、肢解、碎割！到处是“国破家亡”的惨痛景象！据后来的粗略统计，在白军侵占中央苏区的最初几个月内，瑞金被杀1.8万多人，于都被杀3600多人，宁都被杀4700多人，兴国被杀2100多人，会昌被杀972人，长汀被杀3237人。被完全毁坏的村庄145个，房屋近3.5万间。在近3年的时间里，整个中央苏区被反动派杀害的革命干部和群众达70多万人，占人口的五分之一！
　　10月底，中央分局和中央政府办事处从瑞金梅坑迁到于都境内。中央分局驻龙泉村，陈毅和中央政府办事处住在石含村的祠堂里。陈毅是抬着去的，住厢房里间。为了消肿，右脚吊高地躺着。项英对陈毅的伤情是关心的，一再交代医护人员好好照顾，用好药。可是陈毅面对着越来越严重的形势，怎能“安心养伤”！
　　他只能尽力地做职权内的工作。他躺在病床上，草拟了中华苏维埃共和国中央政府办事处第一号布告，和办事处副主任梁柏台一起斟酌写定。布告以六言韵文的传统形式，生动晓畅地揭露国民党反动派不抗日、专反共、欺压士兵、残杀人民的罪行。布告由《红色中华》报社印刷厂铅樱日期是“十月革命”的纪念日──十一月七日。陈毅布置办事处人员，尽力争取到敌占区和国民党军驻地广为张贴散发。当时中央苏区和闽西、闽北、赣南、闽浙赣等根据地的联系还没有完全中断，布告随《红色中华》报一起送到了这些地方。一时国民党军官视布告为“最危险的宣传品”，在驻地和军中大肆搜抄和焚毁。
　　陈毅能够下床时，便拄着拐棍四处走动，找领导干部谈话。他到《红色中华》报社找编委会主任翟秋白，商量在报纸上增加动员群众坚壁清野的内容。见翟秋白脸黄浮肿，不停地干咳，陈毅十分焦急真想赶快让他转移到白区大城市去。
　　陈毅走遍政府各部门，看到留下的机关为了保守中央和主力转移的机密，到11月中旬还保持着党和政府各部门原有的名称和系统，各谋其政，既分散力量又不适应游击战争环境。此时红军早已进入湖南。陈毅便多次召集中央政府办事处所属各机构负责人会议，研究确定压缩合并部局，精简人员。
　　如将粮食部、财政部、国民经济部、军事工业局和红军供给部，合并为财政经济委员会。机构大大缩小，裁减下来的人员分到部队和游击队。
　　机关中的女同志和领导干部亲属，被批准随中共中央机关长征的只有蔡畅、邓颖超、贺子珍、康克清等31人，绝大多数留在了中央革命根据地，其中有毛泽东与贺子珍的3岁儿子小毛，贺子珍的父母贺焕文、温吐秀，毛泽覃的妻子贺怡，陆定一的妻子唐义贞，傅连璋的妻子刘赐福。至于项英、陈毅、梁柏台等人的妻子，当然都留了下来。10月下旬，根据反革命大风暴即将到来的清醒估计，陈毅考虑瑞金是赤色首都，目标最大，敌人搜剿严，亲属留在瑞金一带是不合适的。他就布置办事处动员安排她们疏散到瑞金以外的地区去。但她们大多数不愿离开机关部队，“死也要和大家死在一起”。
　　于是，一到宽田，陈毅首先动员自己的妻子赖月明回她的老家兴国县去做地下工作。
　　陈毅是1932年5月与赖月明结婚的。婚后陈毅大部分时间在前线，两个人很少在一起生活，没有子女。陈毅到瑞金休养，组织上才把她从江西省少共儿童局调来照顾丈夫。陈毅忍痛动员她离开自己，并安排女干部万香跟她一起走。挥泪一别，再未重逢。
　　陈毅送走了赖月明，就动员疏散。他亲自布置可靠关系安排毛泽覃的妻子贺怡、毛泽东与贺子珍的儿子小毛、贺子珍的父母等乘3条装载钨砂和粮食的船，到赣州郊区隐蔽和工作。当时较早疏散的人员，在三年游击战争中大部分保存了下来。
　　在形势越加紧张的时候，陈毅还坐担架亲自到兵工厂、被服厂、卫生材料厂、印刷厂和矿山去了解情况，并布置干部、职工们把各种暂时不用的机器拆开装箱，埋到山中，还把盘古、铁山城矿的几十吨钨砂，埋到于都河的沙滩下。他还去找项英，要他尽早部署分散游击，争取主动。
　　项英对国民党的暴行极感痛愤，对苏维埃国土日益丧失极感焦急。在国民党军向中央苏区最后一个县城会昌进攻时，他为了“兴奋中央革命根据地群众，提高他们的信心”，将红二十四师以及瑞金、会昌县的两个独立营，集结在会昌谢坊左侧的弯塘岗，伏击敌人。11月22日，一战歼灭了敌人半个旅，击渍了另半个旅。这是红军主力长征后中央苏区唯一的大胜仗，给了群众一时的鼓舞，震惊了敌人。但是红军伤亡也不小，并且暴露了主力二十四师的目标，敌人集中4个师的兵力，跟踪围击二十四师，并于11月23日占领会昌。
　　随着局势的更趋严重，项英开始向游击战争转变和加强地方军事建设。
　　中央军区在宽田开办了游击训练班，组织各县地方武装骨干学习游击战术。
　　贺昌、陈毅也去授课。中央分局和中央军区还在赣南成立了杨（殷）赣（县）特委和杨赣军分区。但这仅仅是开始。而形势越来越恶化，进入12月，国民党军便开始有计划的封锁和分割。中央革命根据地已被分割成几小块，国民党军至少部署了12个师将其围困。这预示着“清剿”的大风暴即将来临。
　　中共中央分局于12月中旬在宽日召开了一次分局会议，对粉碎敌人的分区“清剿”、加强地方游击战的领导作出一些决定和部署，任命和调整了许多领导干部，其中有对后来的游击战争起了很大作用的若干决策。如：决定成立中共信康赣雄临时特委和军分区（后改为中共赣粤边特委和军分区），李乐天任特委书记兼司令员，杨尚奎任副书记；派张鼎丞到福建领导闽西游击战争；从红二十四师抽调一些军事干部到地方武装加强领导，并作出进一步扩大地方武装的决定。
　　中央分局的这些决定和部署，在战略指导上只是局部的转变，还没有把主力红二十四师和几个骨干独立团从“三角地区”分散到敌后各地去开展游击战争以主动打击和牵制敌人。
　　在12月，陈毅作为苏区的政府首脑，承受着种种“亡国之痛”。奸商地主富农，哄抬物价，拒用中华苏维埃共和国钞票。投机革命的人，投降国民党军，为其带路指认，惨杀干部群众，或者替国民党作欺骗宣传，诱胁群众入民团、办守望队，更严酷地压迫群众。陈毅、梁柏台先后于1日、20日联名签发了中央政府办事处第三号布告和紧急命令。布告规定：“凡中华苏维埃共和国国家银行纸票、银角、铜元等国币在苏区内应一律照常通用。”“如有奸商富农反革命分子拒用国币，或鼓惑群众拒用国币者，各级政府应具体捉拿严办”。紧急命令作了8条规定：对革命叛徒、反动分子“概处死刑”，“本人及家中的财产全部没收”。对受敌人欺骗的工农群众，“只要不积极帮助白军团匪等进攻苏区，不参加反革命的工作，就概不加以追究”，“均仍然得为自由的苏维埃公民”。
　　这两个告示在群众中产生了较大的影响，对安定人心、巩固内部，促进储粮筹款，迟滞国民党军的进攻，都起了一定的作用。宽田周围的瑞西县在发布第三号布告后的半个月中，不仅使苏维埃国币在全县通用，群众还主动捐献3000多块银元支援红军反“清剿”。胜利县也在12月份没收奸商、地主、富家6800多元。紧急命令动员群众扑杀叛徒和镇压反革命成绩也颇大，于都县梓山、漂头和会昌县白鹅一带，10来天内就扑杀了反动地主和铲共团分子140多人，使敌人在占领这些地方后，有很长一段时间建立不起反共民团组织。
　　但是，当时中央革命根据地仅剩下瑞金、会昌、于都、宁都四县交界处，南北长百里、东西宽六七十里的小小的“三角地区”了。陈毅作出的努力，只是杯水车薪。国民党军从四面八方向内压缩，企图南北夹击，拉网合围。
　　12月底，分局、办事处和军区机关与部队转移到“三角地区”中心地带的黄龙井塘村。
　　1月份，由于多次电报请示，一直得不到中共中央新的指示，中央军区还未能根本改变战略方针，下属各军区也还没有充分的分散游击的准备。于是，赣南军区指挥独立第六团与粤军优势兵力激战；中共江西省委、省苏、省军区机关部队2000余人在宁都小布地区被敌4个师围困，省苏主席刘启照、省军区司令员李赐凡等牺牲，仅省委代理书记曾山率两个团先行突围；红二十四师在地方武装配合下进攻宁都瑞金边境敌军1个团，激战两天一夜失利，红二十四师伤亡400余人；红二十四师与独立三团、独立十一团及赣南地方武装共5000多人在牛岭伏击粤军一两个营，由于指挥失当，红军损失甚重，退兵休整。这时，项英下了决心。他要陈毅写一个全面转入游击战争的指示，以中央分局的名义发到各省委和特委。可是晚了，中央革命根据地已被敌人分割包围，交通断绝；和湘赣、湘鄂赣、赣东北、闽北等苏区的电台也叫不通了。“指示”无法下达。
　　1935年1月下旬，反革命大风暴终于阴云四合，国民党军四面围困，还沿贡水的于都、会昌段两头挺进，企图压缩红军于贡水东北狭小地区一鼓歼灭。此时是突围疏散的最后时机，早一天就能多突围一些人，项英连电中央、中革军委，请示行动方针及突围方向。直至2月5日，中央书记处才发来“万万火急”的回电，明确指示“分局应在中央苏区及其邻近苏区坚持游击战争”，“要立即改变??组织方式与斗争方式，使与游击战争的环境相适合”；同时决定“成立中央革命军事委员会中区分会，以项英、陈毅、贺昌及其他2人组织之，项为主席。”电报称“决议详情续告”。
　　2月4日是阴历元旦。2月7日，大年初四，苏维埃共和国演出了最后的一幕。由翟秋白主持，中央工农剧社“火星”、“战号”、“红旗”3个剧团在井塘村举行了文艺会演。8日，翟秋白还向优胜者颁发了奖品。
　　陈毅这时已对军事有了参予决策和指挥之权。他和项英等人考虑敌情紧张，不宜再等“续告”，急需提前行动。于是决定由项英、陈毅、贺昌等率领机关、部队迅速由井塘村经会昌白鹅，向贡水之南于都南部禾丰地区转移。
　　同时，安排翟秋白、何叔衡、邓子恢以及周月林（梁柏台妻子）、张亮（项英妻子）由一个警卫排护送向福建长汀地区转移。①到禾丰后，2月13日，陈毅看到了中央书记处发来的“决议详情”电报：“??放在你们及中央区全党面前的任务是坚持游击战争??应当承认中区目前环境的严重性，但应该认识中区的斗争对于全国仍然有极大的意义。”
　　对于在游击战争中应采取的组织方式和斗争方式，决议指示：“1连人左右的游击队，应是基干队的普通方式，这种基干队在中区及其附近，应有数百支。较大地区设置精干的独立营，仅在几个更好的地区设置更精干的独立团。
　　依此部署之后，把那些多余的独立团营，都以小游击队的形式有计划地分散行动。环境有利时则集中起来，不利时又分散下去??同时普遍发展群众的游击组，把多余弹药分给群众，最好的干部到游击队去。”“在边境及敌后有计划地部署游击战争。上犹、崇义、南山、北山、油山、兴、龙、饶、和、浦等处要加派精干部队及好的领导去。”要“加强秘密工作，使与游击战争联系起来。占领山地，灵机活动，伏击袭击，出奇制胜是游击战争的基本原则。蛮打硬干，过分损伤自己是错误的。分兵抵御是没有结果的。”必须“极大的给以地方党及游击部队以独立领导权，并培养他们这种能力。”“庞大的机关立即缩小或取消，负责人随游击队行动，得力干部分配到地方去。分局手里应有一独立团，利用蒋粤接邻，在赣南、闽西一带活动，最忌胶着一地。”
　　27年后，陈毅回忆：当时他反复看了中央这份电报，心情振奋。它为中央苏区今后斗争指明了方向和方法。这样的决议，博古、李德是写不出的。
　　他估计毛泽东可能已回到中央领导岗位。
　　当晚，中央分局召开紧急会议（禾丰会议），传达讨论中央指示，决定分九路向闽赣、闽西、东江、赣甫、湘南、湘赣等地突围。
　　在2月中旬才下这决心，在中旬未才陆续出发，为时已晚。9路突围中，有3路是较顺利地突出去了：陈潭秋、谭震林率二十四师4个连到闽西；龚楚、石衡中、史犹生率二十四师七十一团去湘南；毛泽覃率1个连去闽西。
　　其他6路却都遭受堵击袭击，或被打散，或遭重大杀伤，许多重要领导人英勇牺牲、被俘遭害，或从此失踪。其中有中央分局委员贺昌、梁柏台以及阮啸仙、刘伯坚、周以粟、廖昔昆、杨英、李翔梧等。
　　项英、陈毅、贺昌的一路是最后离开的。当时，还有2000多名重伤员留在禾丰、上坪山区，陈毅负责疏散安置。红军主力撤离后，留下的重伤员有6000多人分散在七八个医院中，这些医院大都驻在山区的民房、祠堂里，陈毅先已坐着担架到各处和负责同志们一起安排处理，陆续动员疏散了4000多人。这次，陈毅拄着拐棍亲自去向伤员作了恳切坦诚的动员，并动员组织了山区的干部和群众，要求群众分头收容伤员，带回家去，做儿子也好，做女婿也好，伤好了，多一个劳动力，也多一个报仇人。就这样，在苏区军民深厚的感情基础上，迅速地安置了这批伤员。
　　2月28日，项英、陈毅接到中央书记处传达遵义会议决议精神的电报，表示坚决拥护。
　　项英、陈毅、贺昌率中央军区直属队和红二十四师的第七十团，共编为①他们在2月24日于水口村被敌包围，何叔衡牺牲，瞿秋白被俘，仅邓子恢等数人突出重围到达永定，与张鼎丞、谭震林会合。
　　4个大队，准备向福建长汀地区突围。
　　3月9日下午1时，贺昌与第二十四师师长周建屏把队伍集合在上坪村，项英决定向中央发个电报，得到批准后再走。可是，直到3时，电台还联系不上。这时四面是敌，到处枪声，情况危急。贺昌决定带两个大队先走，抢在天黑前渡过梅村江（今濂江），冲出包围圈。
　　可是他们渡过了濂江不久就遭敌伏击，部队被打散，10日凌晨，贺昌收拢部队，行至会昌归庄，又被预伏的敌军包围，又一次被打散。贺昌身负重伤，高呼“红军万岁！”用最后一颗子弹结束了自己29岁的生命。
　　一直守在电台旁边的项英、陈毅，终于和党中央联系上了。他们把突围的部署作了报告。下午5时，收到了中央的回电。可惜，由于中央改用了他们所没有的另一套密码，电文无法翻译。回电内容无法知晓。项英只得命令埋掉电台，烧毁密码。此后便和中央失去联系。
　　他们突围刚起步就遇上倾盆大雨，天黑路滑，项英近视，陈毅腿伤，好容易下了山，立即和敌人遭遇，部队被打散，陈毅和项英也失散了。直到第二天早晨，他们才又会合，部队还剩200多人。他们东奔西走，和敌人周旋；到晚上又遇敌人，突围不出，只得退回上坪。
　　敌人却把一个叛徒的口供印成传单用飞机满山遍地散发，分别悬赏5万银元活捉项英、陈毅。为了减轻部队负担，项英、陈毅决定部队由大队长带领去赣粤边。他们自己带少数警卫人员另行突围。
　　他们穿行在深山密林正需要熟悉道路地形的可靠群众带路的时候，忽遇头带破钢盔、面黄肌瘦的赤脚“叫花子”曾纪才。1930年7月陈毅在赣粤边组建红二十二军时，曾纪才在牛颈区当中共区委书记。许多青壮年在他带领下参加了红二十二军，受到陈毅的赞扬。后来他被调回地方，在担任代英县委书记期间，被打成“右倾机会主义分子”，撤职到红军抬担架。红军主力撤走时，他听说陈毅未走，已退到于都南部山区，就冒着生命危险，一路讨饭找了来。曾纪才熟悉去赣粤边的路，项英、陈毅由他带路，绕到王母渡渡过敌人把守很严的桃江。在中共地下组织的安排下，几经辗转，于3月底抵达赣粤边根据地的中心──油山，和李乐天、杨尚奎等见了面。3天后，赣南军区司令员蔡会文和赣南省少共书记陈丕显带领突围的余部也来到油山。陈毅听说赣南省委书记阮啸仙壮烈牺牲，又想到贺昌英勇殉国，心情万分激动，写下了《哭阮啸仙、贺昌同志》的诗篇。