回到茅山，陈毅立即着手部署东进北上。
　　此时，江南斗争局面也在不断发展变化。正如项英1939年4月12日给中央的报告所说：“随一支队对东湾据点的进攻和延陵据点攻击的胜利，使敌梅花桩据点动摇??一些小据点陆续放弃，集中大兵力到必要的据点去”，而加紧了对新四军各部的多路机动的跟踪“扫荡”。一支队二团一部在袭击日军后，被日军跟踪包围，在上下会发生激战，二团的政治主任肖国生壮烈牺牲。在东路，由于梅光迪所辖的一些大刀会等地方势力在顽固派进逼的形势下发生动摇，领导江抗的一支队参谋长胡发坚，到处奔波处理，在一次处理紧急情况时被走火的流弹击中牺牲，致使江抗的工作更加困难。陈毅与支队其他领导人研究后，决定先分兵“向东作战”。
　　此时江南的一、二支队有二、四、六3个主力团。初进江南时一支队有一、二两团，二支队有三、四两团，共4个主力团。由于多方面的原因，主要为了加强皖南，军部从1938年10月开始就将一、三两团陆续调回皖南，将三支队的第六团（缺一个营）开赴茅山，归陈毅领导。从1939年深秋开始，六团已在茅山活动半年时间，多次打击日军。陈毅决定让六团打过京沪铁路，以江抗二路的番号到东路去抗日。同时，组建一个新六团。
　　1939年5月下旬，老六团已进行了动员教育和短期整训，以段焕竞为团长的新六团也同时组建完毕，报告军部后，只待军部回电同意。但是，就在预定出发的前夕，军部发来了停止东进的电令。
　　停止东进，主要是担心六团到日军顽军众多的东路去会被消灭；其次是越出了原定新四军游击的范围，可能刺激三战区，影响统一战线。
　　的确，东路完全是平原水网地区，河宽水深；公路、铁路、航道交叉连接，主要交通线都控制在日军和忠义救国军手里，在那儿开展游击活动十分困难。新四军去到那里，稍有不慎就会吃大亏。再者，周恩来来皖南后，蒋介石急忙派陈诚和白崇禧赶到三战区，与顾祝同得出了“叶项乃瓮中之鳖。
　　手到擒来；陈粟如海滨之鱼，稍纵即逝”的结论，决定进一步限制江南，对付陈毅、粟裕。六团东进抗日可能使三战区恼火。
　　同样敏感到整个局势的变化，陈毅却更感到必须坚定地抓紧执行“向南巩固、向东作战、向北发展”的方针。接到军部的电报后，他经过反复思考，把六团团长叶飞找来当面商量。
　　叶飞也同意东进的主意，向陈毅表示，军事上他可以保证：部队不会被消灭。叶飞的态度进一步坚定陈毅的决心，在十分慎重地考虑后，决定六团按时于翌日拂晓东进。一面电告军部请予追认。
　　六团东进后，在叶飞的率领下，放手发展，打击日军，很快打出了声威，并收缴了大量武器弹药，其中轻机枪特别多，既调拨给军部，还补充给六团加强了部队的战斗力。三战区很快就发现江抗已经不是原来的江抗，可能是陈毅把茅山的主力派过去了，便让冷欣几次向陈毅追查。但冷欣并没有抓到确凿的证据，乃提出请陈毅派人去东路联系。陈毅提出：派人可以，但必须带电台；人少了还不行，起码得去一个营，等等。冷欣生怕新四军打着合法的旗号进一步“越界”，连忙拒绝。六团东进的事也便只好不了了之。
　　六团东进后不到3个月，人枪就翻了好几倍，由东进时的不到500人发展到了5000人，枪支弹药和经费还源源不断地往茅山和军部输送。在苏州到上海的敌寇心腹地区，六团不断打击日军，进行了攻占浒墅关，截断京沪铁路，火烧上海虹桥飞机场等惊动中外舆论的胜利战斗。分兵东进北上的第一个大步骤完全成功了。
　　派遣六团东进之后，陈毅匆匆赶到挺纵，在管文蔚等陪同下，视察了长江北岸，研究了向北发展的方针。
　　当时的苏北，除了日军和伪军任援道的江浙绥靖军一部占据各水陆要冲外，国民党系统的军队主要是江苏省代理主席、鲁苏战区副总司令（总司令于学忠，驻山东）兼二十四集团军总司令韩德勤的7万人，和苏鲁皖边区游击总指挥部正副总指挥李明扬、李长江的3万人。韩德勤（人称省韩）的主力是李守维的第八十九军和翁达的独立第六旅；以及何克谦、张少华等的10个保安旅。李明扬、李长江（人称两李）辖下主要是10来个游击纵队。此外，孔祥熙、宋子文系统的税警总团，也有4个团的武装。苏北的这些国民党武装，名义上都归韩德勤指挥，实际上因为地盘、税收、供应等问题互相间意见纷纷，更因为有大鱼吃小鱼的争斗，两李和税警总团与韩德勤的矛盾都很深。他们当中，韩德勤是国民党内的实权派，是苏北的主要反共顽固势力。
　　韩德勤既不积极抗日，日军一般也不向他们进攻，韩德勤乃以主要精力收刮民财和摧残抗日的民主力量。1939年，韩德勤先后出动正规军包围突袭东海抗日武装──八路军独立第三团，杀伤该团团长以下数百人；围攻高邮湖北的抗日游击队，惨杀游击队领导人陶容以下数百人。韩德勤连不是共产党的游击队也并吞残杀。敢于抗击日军的陈文部队发展到3000多人，被韩德勤派主力八十九军突然包围，狠打一个星期，全部缴械或杀害，团长陈文也遭谋杀。显然，韩德勤是在苏北发展抗日进步力量的绊脚石。两李的几个纵队中，有比较反动的，也有比较倾向于抗日和进步的，一方面他们不愿事事受制于韩德勤，一方面，目前表现出对“挺纵”北渡长江的部队尚能容纳。因此，两李可算作是苏北的中间力量。这样一分析，陈毅感到“向北发展”的具体方针清晰起来。他给挺纵领导提出的发展苏北的方针是：灭敌、联李、反韩。（一作“抗日、联李、孤韩”）新四军在长江下游的战略是江南、江北部队都沿江在敌占区向东推进，控制华中日军的咽喉。两李的部队分驻在泰州一线，正处在新四军到江北向东发展的大路旁。同两李的关系搞好了，还可以使两李成为挺纵和由兴化一线南进的韩德勤部队的缓冲。因此，陈毅决定亲赴泰州会见两李。1939年7月中旬，陈毅一进泰州。
　　两李中，决策的是李明扬。李明扬并非蒋介石嫡系，但在北伐时期就担任第三军的副军长，在国民党内是有较深资历的人物。韩德勤排斥他，但又不可能随心所欲地指挥他，李明扬老谋深算，对新四军的态度基本上是既不得罪也不靠近。挺纵在扬中消灭贾长富团他并不反对。他暗地希望能借新四军的力量多少为自己扫除一些荆棘，牵制一下韩德勤的力量。但他自己又不愿意得罪韩德勤。新四军支持挺纵北渡的意图，他是清楚的。他的手下有个别纵队司令倾向新四军、个别支队司令可能是共产党员，他也略知一二，但是他装做不知，让他们与新四军暗中来往。总的来说，李明扬当时是企图两不得罪而从新四军与韩德勤的矛盾中得些好处。
　　基于这样一种立场，两李对陈毅的首次拜访，礼仪上做得还体面，李长江出迎，李明扬主宴；对实际问题却是避而不谈。对李明扬这样的人物，陈毅是深所了解的。事实上，也不可能希望他经过一次晤谈就和新四军携起手来共同发展苏北抗战事业。对两李来说，韩德勤兵力雄厚，而且曾任国民政府军事委员会办公厅主任，是蒋介石、顾祝同的亲信，可以直接“告御状”。
　　触怒了省韩，吃亏的首先就是自己。陈毅并不强求两李。初访两李，目的就是建立高层的联系，以便继续争龋此时，全国局势正急速地变化着。国民党张荫梧部袭击冀中八路军后方机关，惨杀八路军干部战士400人。杨森部包围新四军湖南平江通讯处，残杀了新四军干部涂正坤等制造了“平江惨案”。全国反共高潮的端倪已经越来越明显。这使陈毅更急于打开苏北抗战局面。
　　陈毅准备“二进泰州”，进一步联络两李。恰于此时，出现了一个争取和团结两李的良机，李明扬致函陈毅，请新四军帮助从三战区运送一大批弹药到江北。
　　李明扬请陈毅帮助运输子弹，既是与韩德勤矛盾的结果，也是陈毅“一进泰州”的结果。这批子弹，来之不易，是李明扬通过私人关系要来的。李明扬无力运输，韩德勤曾帮助运输过一小批。但是，不知被谁中途掉包，运到的子弹全都不能用，李明扬只好通过辖下的那个共产党员支队司令陈玉生转求陈毅。从位在浙皖交界的三战区弹药库运到江北，要穿过整个苏南地区，要通过公路、运河、铁路、长江等多道日军封锁线，除了新四军是办不好这件事的。陈毅接信，十分高兴，立即找二支队负责人、副司令员粟裕商议。
　　为了打击日军的需要，1939年8月，一二支队开始合并指挥（于这年的11月7日正式成立了江南指挥部，以陈毅、粟裕为正副指挥）。陈、粟商量后，决定派四团副团长张道庸（后改名陶勇）和政治处主任卢胜率四团的一个加强营，负责与陈玉生支队一部一同押送子弹并趁机渡江北上。为了遮掩三战区的耳目，部队到江北与管文蔚挺进纵队的梅嘉生支队合编，改名为苏皖支队。
　　11月中旬，帮助两李押送弹药的任务顺利完成了。李明扬大力欣喜，觉得新四军既有能力，又有诚意（既然帮运子弹，决不会来攻打），与新四军的关系立即亲近起来。这自然是统战两李最好的机会，陈毅准备抓紧时间“二进泰州”。可是就在这时，江抗在东路出现了亟待解决的问题：从事“曲线救国”的国民党忠义救国军已经和他们摆开了决战的架势。
　　江抗在东路所遇到的紧张局面，自然是由于江抗的发展直接影响到了忠救搜刮民财的地盘，而忠救的阻挠破坏又直接影响到了江抗抗日活动。在忠救偷袭中，六团副团长、英勇善战的吴馄不幸牺牲。因此矛盾愈来愈尖锐；更重要的，还是来自重庆的策劝。
　　对新四军的东进北上，蒋介石早已十分重视。很清楚，八路军南下，新四军北上，一旦携起手来，发展苏北，那对他来说后果将是不可想象的。苏北是打开华中抗日局面的关键所在。新四军占领扬中，跨江北上已是大患；江抗如果也来个掉头向北，由江阴北渡进入靖江、泰兴、南通地区，那就更危险了。因此，这年9月间，他把韩德勤急急召去重庆述职，面授机宜，饬令他务必严密注意新四军的动向，并正式任命他为江苏省政府主席，授予军政全权，便于处理苏北事务。同时，饬令顾祝同，务必将江抗等部堵截在江南。顾祝同则把忠救一部集结在长江沿岸，务求堵住江抗，不使渡江北上；另一部配合六十三师积极寻衅，企图在决战中危害江抗。陈毅接到叶飞的电报之时，忠救已多次和江抗交火，在无锡和江阴的交界处西胶山一带摆开了决战阵势，一触即发。
　　就当时江抗的战斗力说，和忠救摩擦一下也不致失利。但是，一、这一来势必进一步恶化本来就已十分紧张了的江南统战关系，有可能被反共顽固派用力借口，扩大事端，有损于国共合作大局；二、江抗处于孤立无援的境地，大规模摩擦必然要严重消耗自己的力量；三、现在国民党既已注意到新四军的北上意图，则冲破国民党的封锁、堵截、限制，向江北发展，已时不我待。而“向北发展”，争取华中，是大方向，是关系整个抗战前途的大局，为局部摩擦影响这个大局更不可龋因此，陈毅连电叶飞，要避免和忠救决战。
　　老六团东进之初，陈毅交给他们的任务就是：发展人、枪、款，开辟抗日游击根据地。半年间，人、枪、款已大大发展，东路抗日游击根据地也已初步开创出来。如今，为了向北发展争取华中，陈毅决定实行战略转兵；把江抗的主力撤出江南的东路，转用到苏北去，这是争取苏北、争取华中的战略性措施。
　　为此，陈毅赶到江抗，和叶飞等作了详谈，给干部们作了动员。11月下旬，江抗经江阴安全撤至扬中，与管文蔚部合编为新四军挺进纵队，开始整训，准备北渡。这就在东进北上的斗争中又一次争得了主动。
　　江抗到了扬中，苏皖支队（简称苏支）已在长江北岸的大桥、吴家桥一带集结。两只向北发展的有力的拳头都准备好了。陈毅于是“二进泰州”，会见两李。
　　这一次和两李会晤，“所谈甚好”。项英报中央说：通过秘密晤谈，陈毅和两李商定，“以第四团张道庸部北进与罗支周团取联系”，以江抗二路即叶飞部和管文蔚部一个团“与两李部队配合，向启东、海门、如皋、东台挺进”。罗支周团即罗炳辉第五支队的周骏鸣第八团，此时正活动在淮南，沿长江北岸逐步向东发展。取得“两李”谅解后，张道庸（陶勇）就率苏支西入扬州、天长、六合、仪征地区活动，与罗炳辉支队呼应，管文蔚、叶飞则率主力进入江北的大桥、吴家桥一线，准备与两李部队配合向东发展。同时，派一个团回到东路坚持。到此，“向北发展”已形成十分有利的战略展开了。
　　此时，国民党顽固派的反共投降活动正在紧锣密鼓地展开。国民党五届六中全会确定从政治限共为主的方针，进而实行军事限共为主的方针。不久，国民党甘肃省主席朱绍良策划了袭击八路军的“陇东事件”；山西省主席阎锡山制造了以6个军的兵力进攻抗日决死队、杀害共产党员和革命群众5000多人的“晋西事件”；国民党九十七军朱怀冰等部进攻八路军总部所在地太行山区等；掀起了第一次全国性的反共高潮。与此相呼应，在新四军活动的地区，继“平江惨案”之后，8月，顽固派又制造了“竹沟惨案”；11月，在茅山制造了杀害新四军二团独立营营长马烽、吞并独立营300多人枪的“镇江惨案”。一时间，乌云翻滚，山雨欲来。
　　为了应付全国性的突然事变，12月19日，陈毅亲自主持，在茅山地区的建昌圩召开了中共苏皖区第一次代表大会，进一步健全了党组织的建设。
　　会议后成立了苏皖区党委，以吴仲超、谭启龙为正副书记，下面分设苏皖特委、苏南特委和苏北特委，从党的建设上开辟了一个与军事布置一致的足跨大江南北的局面。
　　对新四军的处境，中共中央十分关切。12月26日，中央在对时局的指示中强调指出：顾、韩兵力在冬季反攻名义下，从江南、江北两面包围新四军，各地必须在一切地方准备对付突然事变。为此1940年1月，项英主持召开了东南局和军分会的联席会议。
　　联席会议决定：南方在发生突然事变时应有一支军队坚持作核心来团结与领导南方各省武装与群众的斗争。同意江南大力争取和发展苏北，但要求在不影响争取苏北的条件下，由江南加强皖南力量。这样，在国民党大举进攻皖南军部时，项英主张先打破其进攻，随即向浙闽发展。项英以此报告中央。
　　对于争取和发展苏北，陈毅当然同意。苏北的重要性已越来越明显。
　　1939年11月刘少奇从延安赶回中原局。与中原局其他领导干部研究后，刘少奇指出：“应集中最大的力量”向江苏北部发展，应把苏北作为“突击方向”，并于12月19日电中央提出正式建议。刘少奇的建议为中央所接受，使陈毅的目标更为明确。然而从后来陈毅发给中央及项英的电报看，陈毅对于“长征闽浙”和由苏南加强皖南，都是有异议的，相反，他的主张是皖南军部率主力到苏南，迅速增强苏南力量，而后向苏北及浙西发展。
　　中央书记处接到项英1月14日的报告后，于1月19日复电指示项英：新四军向北发展的方针六中全会早已共同商定，后来周恩来到新四军又商得向南巩固、向东作战、向北发展的一致意见，华中是目前在我国最好发展的区域，我们主张大大的发展华中力量。“今后全国形势的发展，即使全国发生大事变后新四军能否向南发展，向皖浙赣大活动，抑或应过江向北，要看今后的形势来决定”。“江南陈毅同志应努力向苏北发展”。
　　中央的指示鼓舞了陈毅。他凭借着自己和项英个人关系亲密，到军部必同室而卧的有利条件，力劝项英将军部和皖南主力移到江南敌后去。
　　摆在项英面前的局势是现实的。向南发展的时机确实还没有到来，中央的意向基本上还是向北发展；皖南军部周围有国民党的7师之众，泾县云岭确实在虎狼窝内。从这一点看，江南敌后的条件就不同。在那儿，国民党军队不敢去，即便去了，也是少量的，摩擦起来，新四军完全有把握取胜。而发展苏北，项英和陈毅一致，认为两李确是中间派，大可联合，苏支、挺纵又已巩固好了前进阵地，今后也大有发展前途，陈毅还说苏南力量壮大了可以向浙西和苏北东部发展，这对项英也有触动，如果能在苏浙皖打开局面，当然是一个大事业。经过陈的再三动员之后，项英答应：军部和皖南主力可以东移，与江南部队连成一片。