陈毅回江南指挥部后立即进行紧张的准备，迎接皖南主力东移和布置江南主力继续北渡，此时江南江北都亟需增兵！
　　江北部队已站住了脚跟，开始抗日游击，并准备东进敌后。江南抗日的形势也令人振奋。敌我双方的战斗已越打越大。1939年11月8日，王必成率二团两个营和段焕竞率新六团一部，加上“四抗会”领导的樊玉琳、巫恒通、孔庆哲的地方武装，和日军在延陵附近的贺甲村展开了一场持续20几个小时的战斗。这是一场恶战，日军固守祠堂大屋，增援的日军又很快赶到，突入祠堂。新四军三餐未吃，淋雨受冻，但斗志坚强，进行艰苦的攻坚战，还与善于拚刺刀的日军进行了白刃格斗，终于将日军全部歼灭。这次被称为“延陵大捷”的战斗，歼灭了日军武村大队长以下170余名。这是一次与以前江南新四军所打的完全不同的战斗。过去新四军打的是游击战，这一次打的是正规战，是运动攻坚战。过去对抗的时间都很短，这一次却相持了整整的一天一夜。这标志着江南新四军的成长，也更响地给日本侵略者敲响了警钟，以致日军又向茅山腹地大规模增兵。与此同时，国共的矛盾也已越来越紧张。在三战区的怂恿下，国民党镇江县县长庄梅芳率常备队残杀了延陵大捷中的新四军伤病员，制造了又一次“镇江惨案”。新四军根据“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的自卫原则，镇压了这个反动县长。
　　三战区随即派一个正规团（团长钟钟山）楔入茅山，蓄意寻衅；三战区第二游击区副总指挥冷欣又率3师之众紧紧围逼。因此，除了将兵力作适当调整，以便顺利迎接皖南主力外，陈毅还派出一个由作战科长吴肃率领的侦察组，在军部东移的线路上从军事和政治角度进行详尽的调查和勘察，并制订出整套应付突然袭击的方案，务求军部东移万无一失。
　　决定了军部东移的意向后，开初项英对坐镇江南，指挥向北向东发展的兴趣也很大。陈毅回江南后，为了配合陈毅的行动，项英把三支队副司令谭震林也派到江南来，布置他到东路发展，以使东路和茅山、苏北成一有力的鼎足而立的局面。但是，随着全国第一次反共高潮被打退，反共高潮的重心逐渐南移，华中的反共风云日紧，江南形势更是紧张，军部东移江南的决心又动摇起来。军部有大机关，有电台，有医院，有工厂，有家属，有图书馆，有服务团，在搬动过程中如遭敌顽袭击，后果很难设想。1940年3月，军部派袁国平到苏南，借传达中共中央2月1日发布的《关于目前时局与党的任务的决定》之机，同时向陈毅进行解释。
　　军部突然改变主意以及决策的犹疑不定，使陈毅大为失望。中央2月1日的决定明确强调发展人民抗日力量以争取时局好转，克服时局逆转。军部东移，江南主力向北展开，正是十分有力的一着。中央军委根据中央2月1日决定的精神指示：八路军、新四军当前在敌后的战略任务，是将整个华北直至皖南、江南打成一片，使之成为民主的抗日根据地。并再次指示：“陈毅猛烈发展苏北。”军部改变主意，实在使陈毅焦急。
　　陈毅给袁国平解释：军部过来，这边去接，两头对开，最多一天半时间就可以会合。他认为，南边有顾祝同、冷欣，北边有李品仙、韩德勤，这4个摩擦专家硬要摩擦，新四军回避不了。待到顽固派“摩”上头来再考虑行动，无论北上东移都容易使自己陷于被动局面。目前军部东移，顾祝同来袭击，也并不可怕；军部过来，这边去接，两头对进，最多一天半时间就可以会合。
　　袁国平再没有理由可以说服陈毅。只好承认陈毅的看法和中央的指示是一致的。中央也已批评了军部，只是他们保留看法。
　　一听说中央批评了，军部却没有及时告诉他，陈毅非常恼火，作为中央军委新四军分会唯一的副主席，这么一个关系到新四军发展方向、生死成败的大问题都不能及时知道，确实太不应该了。
　　陈毅十分严肃地告诉袁国平，请他回皖南报告军分会和东南局，他的电台要和中央直接联系。
　　由于军部的态度突然变化，陈毅重新调整部署，准备在必要时以江南现有力量独立向北发展。
　　苏北情况发生了急剧的变化。韩德勤集中了以主力独六旅为骨干的8个团的部队向新四军淮南路东根据地的中心半塔集大举进攻。此时淮南路东的主力部队以及苏皖支队均在津浦路西，邓子恢及党政军机关在半塔集总共只有不足一个团的兵力，固守待援，压力沉重。在刘少奇的紧急要求下，陈毅急令叶飞亲率挺纵4个主力营驰援，江北的前进基地大桥、吴家桥地区只剩1个主力营了。
　　而两李方面，关系也告紧张。陈毅后来总结苏北统战工作经验时提及：由于“大作两李部下的争取??引起两李反感”，而新四军五支队又在湖西误伤了两李部下，于是“省韩即进行挑拨，甚至用武力。”陈毅知悉后急写密信给两李解释和作出保证，“结果，两李有谅解，又申明不受省韩利用，我们才能调叶飞西开增援”。但如果两李在韩德勤进一步挑拨下乘虚大举向吴家桥进攻，1个营无法守卫，“跳板”将跌落江心。
　　于是陈毅在惠浴宇陪同下三进泰州。此行是冒生命危险的，也确实发生了危险。他们进泰州时被韩德勤派驻的特务认出，急报韩方。陈毅与两李在筵席上晤谈时，韩德勤的参谋长已带卫士排从兴化赶到两李的司令部。陈毅请李明扬去应付，自己和惠浴宇、李长江匆匆终席，然后连夜出泰州回部。
　　这次晤谈由于陈毅不虑谋害，坦然亲访，使两李对新四军的怀疑大为减轻。
　　挺纵主力在淮南一个多月之久，两李对吴家桥根据地没有侵犯。
　　挺纵到半塔集外围时，淮南主力及苏皖支队亦从路西赶回，乃合力将韩军歼逐。此战以少量部队固守据点一星期，消耗围攻之顽军，待强大主力赶到，大量杀伤了顽军，如果预先有准备，可望将进攻的顽军基本歼灭。这就创造了一种固守预设阵地，消耗疲困顽军，并充分暴露顽方破坏团结罪行，然后以大部队迂回合围歼敌的战例，而为后来郭村、黄桥战斗所发展运用。
　　半塔集战斗大胜，但国共关系仍越来越紧张。3月28日，蒋介石发布“密令”，责成各军“剿办”苏、鲁、皖、豫边的八路军、新四军，内有着“韩（按：指韩德勤）兼副总司令??先肃清运河以东”的新四军各部，尔后与“李（按，指安徽省主席李品仙）兼总司令部队协力”将新四军“压迫大江以南或一举剿灭之”，“务截断南北”八路军、新四军之“联系”，蒋介石还密示机宜：“或将其向倭寇较多之地区压迫”。就是说，要造成与日军共同夹击新四军的态势。
　　此时，陈毅面临的最大问题就是在国民党军队多方面压迫袭击的形势下，向何处集中主力以求打开局面。国民党三战区向新四军军部施加压力，要求将叶飞、张道庸两部（即挺纵与苏支）以至新四军的四支队五支队全部调到江南，以实现蒋介石的截断八路军、新四军南北联系，使新四军陷于皖南苏南狭窄地区的意图。项英则向中央提出调叶飞部或叶、张二部回皖南。
　　中原局书记刘少奇亟望打开华中局面，亟需有强将强兵（此时中央已将长江以北的新四军部队划归中原局指挥，但叶、张等苏北部队暂时仍归项、陈指挥）。刘少奇在半塔集一战中看到叶飞部装备整齐、战斗骁勇，叶飞智勇兼备，就很想留叶飞部在淮南，受中原局节制。（张道庸部实际上已在淮南。）陈毅则认为应先集中主力打开苏南局面，猛烈扩大人枪，随后向苏北东部与浙西发展。因而他建议把叶飞部调回苏南，还建议新四军军部率皖南主力也向东移，和苏南联结，共同发展。究竟将主力集结到哪里，项英、刘少奇、陈毅和中共中央从4月初起一直到5月底，将近两个月一直在电报上讨论。
　　将四、五支队甫调，大家都反对；但是叶飞部调往何处就各有所见。
　　军部与皖南主力移向苏南的事，更为重要也更为复杂。陈毅在1月到6月的5个月中，先后对项英当面谏劝、发电催请、电请中央力促、派干部带信??做了许多工作。
　　4月9日，中央军委指示项英：如顽军大举进攻皖南、苏南，军部与皖南部队向陈毅靠拢为有利。4月10日，项英立即复电中央，表示：军部北上江北和东移苏南都困难，他决心还击顽军的进攻。在这段时间内，项英一方面和中央密切电报联系，要求把叶飞部或叶、张两部南调，另一方面和国民党三战区谈判。袁国平在与三战区谈判中试探提出新四军军部率部东移苏南的问题，三战区顾祝同竟表示同意。项英即在4月18日向中央表示：军部和皖南主力可移苏南郎溪一带与陈毅靠拢。但事后未见行动。
　　陈毅一直无法直接向中央表达自己的意见，他急切地盼望中央与军部同意他与中央直接通电报。
　　4月21日，电报通了，陈毅即与粟裕及江南指挥部参谋长罗忠毅、中共苏皖区委书记邓仲铭4人联名向中央直接发出第一份电报，建议：把皖南军部及主力移到苏南，“集中力量发展苏南”，向“淞、沪、杭”并“浙西”发展以及“渡江至海门、启东”。但同时，陈毅等也建议把叶、张二部调回苏南。
　　因中共中央和刘少奇坚持发展苏北，陈毅于4月24日又电中央表示完全同意中央坚持华中发展苏北的计划，叶飞部不调江南开回苏北。5月4日，中央发电表示同意。叶飞部乃于5月中旬回到大桥、吴家桥地区。
　　5月2日，陈、粟再次致电中央建议把皖南主力集中苏南，并指出；历史上多次长征损失均大，皖南部队不宜于顽军进攻时长征闽浙。
　　1940年5月4日是个重要的日子。这一天，中央同意陈毅意见令叶飞部开回苏北，还再次表示同意新四军军部及皖南主力东移苏南，指出一、二、三支队主力的发展方向应是在苏南苏北广大敌后，尤其是长江以北地区。这一天，毛泽东拟稿，由中央政治局向东南局、军分会、项英、陈毅，发出《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的极为重要的指示，即“五四指示”。（为区别于1938年的“五四指示”，或称第二个“五四指示”。）“五四指示”说：“在一切敌后地区和战争区域??我们均能够发展，均应该发展。这种发展的方针，中央曾多次给你们指出来了。所谓发展，就是不受国民党的限制，超越国民党所能允许的范围，不要别人委任，不靠上级发饷，独立自主地放手地扩大军队，坚决地建立根据地，在这种根据地上独立自主地发动群众，建立共产党领导的抗日统一战线的政权，向一切敌人占领区域发展。例如在江苏境内，应不顾顾祝同、冷欣、韩德勤等反共分子的批评、限制和压迫，西起南京，东至海边，南至杭州，北至徐州，尽可能迅速地并有步骤有计划地将一切可能控制的区域控制在我们手中??”“中央前要你们在今年一年内，在江浙两省敌后地区扩大抗日武装至10万人枪和迅速建立政权等项，不知你们具体布置如何？过去已经失去了时机，若再失去今年的时机，将来就会更困难了。”
　　“五四指示”批评了“江南特殊”和统一于国民党的政令军令的错误观点，也指出了以为一旦发生重大摩擦，则国共合作就不可能的想法是不对的。
　　“共产党在全国范围内愈发展，则克服投降危险争取时局好转的可能性愈增加，我党在全国的文章就愈好做。”中央并明确规定“此指示，在皖南由项英同志传达，在苏南由陈毅同志传达??对于全党全军的工作布置，则由项英同志按照中央方针统筹办理”。
　　陈毅在5月17日、19日、27日，又三次报中央和项英，促请军部及皖南主力速移苏南。中央也于5月26日致电项英、陈毅并刘少奇、张云逸，表示同意陈毅5月17日电所说的新部署，再次明确指示：“皖南军部以速移苏南为宜”。
　　在商讨皖南军部和主力速移苏南的同时，刘少奇主张八路军南下部队向东南和四、五支队及陈毅所部一同解决苏北问题。从1939年12月起他就致电中央明确华中“大有发展希望的地方是在江苏北部”，要以此为“我们的突击方向”。
　　中央支持刘少奇的主张。从1940年3月14日至3月31日，中央军委、中央书记处、毛泽东多次致电朱德、彭德怀、刘少奇、项英及华北、中原、东南等中央局、山东分局，指出国民党顽固派武装摩擦中心将移到华中，华中是敌、顽、我必争之地，华中发展方向是向东，催促八路军南下增援。4月1日，中央军委致电上述各负责人及各中央局，提出“八路军以4至5万人分三期南下华中的计划”，南下的最后一个目的地是“苏北扬州附近”。5月5日，毛泽东、王稼祥（中央军委委员、总政治部主任）致电彭雪枫、黄克诚、陈光、罗荣桓、彭德怀、刘少奇，指出“华中是我最重要的生命线”，整个苏北皖东淮北为我必争之地，统须在一年以内造成民主的抗日根据地。
　　要求黄克诚部和彭（雪枫）吴（芝圃）支队应趁目前时机南下。
　　陈毅认为，有了八路军南下部队的增援，苏北皖北的力量就足够了，陈毅所部8个团已有4个团在苏北，江南兵力薄弱，请求从苏北调两个团到江南以应付顽军压迫。5月26日，中央书记处电告陈毅：4个团的“主力仍应留在苏北发展但可酌抽一部加强苏南。”
　　然而“酌抽一部”也无法做到，彭、黄二部因陇海路一带斗争需要和日军阻拦，未能按中央计划及时南下。苏北兵力仍然单保刘少奇致电中央说：“叶飞部队甚力孤立，有被韩军消灭之危险”。
　　叶飞部队（即挺纵）在苏北抗日战绩卓著。1940年2月初，日伪军“扫荡”扬州、泰州地区，两李部队望风而逃。日军在阴历大年三十拂晓大雪中袭击挺纵一团，却被一团打得血染雪野，抢尸而逃。挺纵出击直追至扬州附近，一路缴获很多枪支弹药。如果不是韩德勤围攻半塔集，挺纵远道增援，抗日的战果一定更大。5月份挺纵回来，又遇日军“扫荡”，挺纵激战，毙伤日军200余人，日军烧尸一夜。但是，前有日军、后有韩军，与两李的关系也在恶化，挺纵处境的确险恶。八路军却一时来不了。
　　陈毅只能把加强苏南兵力的希望寄托在军部东移上。经过叶挺、袁国平与顾祝同的最后谈判，在取得顾祝同正式认可后，项英于5月28、29日连电向中央作了报告。两个电报均表示要东移郎溪地域与苏南打成一片，还具体说定军部率两个团移苏南，皖南留一个团及指挥机关一部。
　　此时，苏北情况已十分紧张，韩德勤正挑唆两李向叶飞部发动大举进攻，韩并答应以保安第三旅配合。战端一开，叶飞部孤军作战，而苏北国民党部队就将逐步形成韩德勤亟望的反共大联合。同时，江南冷欣的部队正向陈毅部步步进逼。而军部东移仍未见行动。6月4日，陈毅请中央再次电促项英。
　　6月12日，项英却报中央并告陈毅，说顽方正积极作军事准备，布置与增调军队，很可能在军部东移时借词进攻。东移路经地带在两河之间，作战极不利。所以目前只能待机移动。很明显，东移的事又“黄”了。
　　6月10日陈毅已向中央报告：冷欣部队对我江南指挥部形成大包围，苏南我力量不足不能突破，决心北移，到京沪线大举肃清敌伪势力，然后决定今后动向。接到项英12日电报后，陈毅终于明白了：八路军南下苏北既不是短期内能实现，军部东移苏南也十分渺茫。陈毅下决心了。6月15日，他向中央和项英、刘少奇发出电报：“目前只有集中苏北攻击韩或者集中苏南打冷欣两个途径。一切应付已到穷尽之时，再不决定必致苏北苏南两方受损。”既然陈毅在苏北的部队无法南调，“在你们未指示前我决心布置移往苏北。到苏北后，皖南军部方面宜速部署。”
　　陈毅的这一断然的抉择十分重要，它对此后打开苏北抗战局面，争取整个华中带有决定性的意义。
　　陈毅发此电的时候，北移的全部工作实际上都已准备就绪。为缓和一下紧张局势，也为了放松一下冷欣的警惕，以便各部能尽量在没有顽固派的纠缠下及时开动，陈毅专门派粟裕率战地服务团的演剧队前去冷欣的第二游击区副总指挥部作了一次慰问演出，并特地让新婚的妻子张茜也一起去，同时还派作战科长吴肃前去进行一次联络。茅山这儿的布置，留下了新三团和新四团两个团的主力，并成立了一个新的江南指挥部，留在江南的各后方机关和医院等，分批搬入茅山腹地，也都已经妥当。对根据地的群众，已分别作了说明。北移的路线已经勘定，并已派罗忠毅到江边准备渡江工具。6月15日电报发出，各部即已按指定路线开始行动了。
　　冷欣突然发现江南主力有渡江北上意图，大为惊惶。蒋介石曾亲自布置要把陈毅主力陷死在江南，冷欣怎敢怠慢。茅山腹地本已楔进了一个正规团，这时冷欣又命令连夜再调一个团，匆匆赶来堵截。
　　陈毅得报，命令新六团配合新四团坚决予以还击，肃清前进道路。6月18日，反顽战斗在茅山脚下的西塔山附近打响。
　　在此之前，段焕竞率领的新六团已于这个月的上旬遭到过冷欣派来的钟钟山团的暗算。团长钟钟山深悉蒋介石利用日军消灭新四军的奥秘，在六团的抗日游击活动中，他们秘密跟随，故意引诱日军发现目标，致使新六团被多路日军包围，损失严重，团长段焕竞也身负重伤。这一次，钟钟山又想故伎重演，战斗打响后，他故意往日军据点方向撤退，企图引动日军出击。新四军早已看透他的用心，紧迫不放，不让他们有抽身溜走的可能。结果，两个团被新四军歼灭了一部分，和日军“误会”了一场又伤亡了一大批，只好匆忙逃出茅山腹地，再也不敢向茅山附近来了。这一仗为此后的茅山根据地的坚持创造了有利的条件。
　　顽军一方面自己动手堵截，一方面还招引日军出动阻击。陈毅率部抵茅山北麓后，挥戈一转，东入水网地区，避开了正面日军的截击。
　　可是这时，江北来了急电，两李已派10倍于挺纵的兵力包围了挺纵驻地郭村，局势千钧一发。陈毅接报大惊。原先，陈毅认为尽管两李的态度有变，但还是可以争取的，“灭敌，联李，反韩”的方针还是适用的。能否争取两李严守中立，甚至争取到偏向新四军这边来，关系到争取苏北的大局。如今却突然逆转，马上要化友为仇。陈毅立即决定轻舟简从，星夜先行。