自华中新四军、八路军总指挥部和中共中央中原局进驻以后，盐城已成为中共领导华中敌后抗战的“司令台”。1941年元旦期间，陈毅在文庙大成殿下回顾3年来的斗争历程，展望未来，以洋洋洒洒的两万余字，著文向社会各方回答了“现在苏北应该做些什么？”的问题。元旦这天，他检阅了总指挥部直属队的队列，接着出席了盐城县参议会的成立大会，晚上他作为“兼校长”又出席了抗日军政大学第五分校的开学典礼。这时他所专心考虑的，是如何使华中抗日队伍和根据地的建设进一步适应新形势的需要，因为总指挥部及其所属部队均处在日、伪军和国民党反共顽固派的夹击之中；自从两个月前国民党发出“何白皓电”开始，第二次反共高潮便正式掀起。蒋介石已经派遣李仙洲、汤恩伯、李品仙率部向华中、山东的新四军、八路军进逼。中共中央除令江南新四军部队迅速北移，并从华北派遣八路军一部南下以加强华中兵力外，号召所有华中与山东的党与军队必须动员起来，为坚持抗日根据地，打破顽固派的进攻而奋斗。中共中央特别强调：“军事指挥在总指挥（叶挺）未到江北以前，统一于副总指挥陈毅、政治委员刘少奇的指挥之下??各部须完全服从他们的命令，不得违误。山东分局划归中原局管辖，中原局统一领导山东与华中??”。
　　陈毅与刘少奇政委等重任在肩，夜以继日地部署工作，并且商定在1月12日开始举行一次旅级以上干部会议。数日后，发现日军在盐城附近据点大量增兵。敌、顽夹击的形势已在眼前。陈毅为落实东北方向的防务，于1月7日前往八路军第五纵队第一支队。
　　但当他于11日下午返回总指挥部时，盐城已遭日本飞机轰炸，文庙、抗大宿舍及仓库等多处中弹。其时，“皖南事变”已经发生，国民党军正在皖南围攻奉命转移途中的新四军。陈毅等深为日、蒋双方反共的配合默契而气愤。
　　机要科收到叶挺军长的电报，内中说：
　　“本军5昼夜不停与五、六倍之敌激战于重围，计划又告失望。现将士疲劳过度，只好固守一拼，惟士气尚高。??今事已至此，只好拼一死以赎其过。”
　　陈毅与刘少奇等紧急商定对皖南军部的救援之策。其中主要意见是：“??请求朱（瑞）陈（光）罗（荣桓）准备包围沈鸿烈（国民党山东省政府主席），我们准备包围韩德勤，以与国民党交换。”
　　3天后，中共中央复示同意：“限10天内准备完毕，待命攻击。山东由朱、陈、罗负责，苏北由刘、陈负责，以答复蒋介石对我皖南1万人之聚歼计划。如皖南部队被蒋介石消灭，我应坚决彻底干净全部地消灭韩德勤、沈鸿烈，彻底解决华中问题。”
　　高干会议如期在城郊举行，大家对皖南情况至为关切。13日皖南电讯中断，军部下落不明，与会者无不万分焦急。15日传闻皖南已经失败，叶挺军长等已被国民党扣押，许多人听了失声痛哭。陈毅也有揪心的痛苦，但在局势发生重大变故的时候，如何驾驭形势，高级领导人亟须作理智的思考。
　　刘少奇认为，在抗日的前提下，中共方面的基本指导方针应该是在政治上取攻势，而在军事上则宜取守势。陈毅表示赞同。他认为，现在是蒋介石已经下手了，但还要看发展，现在必须加紧准备力量以应付更大的事变，还须解决好部队人员中的急躁冲动和悲观失望情绪。
　　高干会议于15日结束后，又分别做了些工作，17日各返原防。总指挥部则陆续由文庙迁至盐城南郊的熊氏宗祠。陈、刘电报中共中央：“军部问题发生后，我们已开过干部会，注意悲观泄气情绪之克服。”拟“在苏北成立新四军军部，并以陈毅代军长。”
　　其时，国民党已于17日发布了反革命命令，诬蔑新四军为“叛军”，取消番号，并将军长叶挺交付军事法庭审判。这就把第二次反共高潮推向顶峰。
　　中共中央军委针锋相对，于1月20日与22日先后发布命令和发言人谈话，任命陈毅为新四军代理军长，张云逸为副军长，刘少奇为政治委员，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。并强烈谴责了中国亲日派的罪行。
　　总指挥部和中共中央中原局经过了几天紧张的准备，于1月25日下午在盐城“游艺园”举行了庆祝新军部成立大会，发布了新军部领导人就职通电。
　　①陈毅随即发表《论皖南事变及新四军的态度》的长文。
　　陈毅已一再在失败的条件下临危受命，力挽狂澜，收拾残局，重整旗鼓。
　　1927年秋冬和朱德把南昌起义军带出危境是第一次；1934年到1937年和项英坚持南方游击战争是第二次。现在他和刘少奇一起力挽危局是第三次了。
　　陈毅记得在本月上旬，中央曾经给他和刘少奇发来一个很秘密的电报，明确指出：应把这次反共高潮看作我们奠定华中基础的机会，如同上次反共高潮奠定了华北基矗虽然华中的斗争是长时间的斗争，不到蒋介石遇到了更多更大困难，他是决不放手的，但我们奠定基础的可能性是存在的。陈毅十分赞同在国民党反共顽固派大举进攻时采取这种进攻战略和相应的步骤。
　　新军部成立后，最重要的工作之一便是整编部队，布阵华中，统一指挥。
　　1月26日是庚辰年除夕，当夜陈毅与刘少奇向中央军委报告了新四军部队整编方案。对此，中央军委同刘、陈作了多次商议、调整，最后决定新四军编为7个师和1个独立旅，军部直属抗日军政大学第五分校及特务团共约9万人。
　　陈毅与刘少奇等遵照中央军委的指示和华中地区的实际需要，提出了新四军今后的任务是坚持华中敌后抗战，阻止反共军的进攻，迅速加强根据地各项建设，积聚力量，准备与敌伪军和反共军进行长期斗争。一俟条件成熟即向西向南发展。各师的具体任务是：第一、第三师坚持苏北，建设巩固的根据地，建立强大的地方武装，以便主力机动作战；第二、第四师分别在淮河南北，巩固津浦路东，坚持津浦路西，加强对西防御，随时准备迎击反共军的进攻；第五师独立坚持鄂豫皖阵地，并以一部沿江而下，打通与第七师的联系；第七师发展皖中，坚持皖南敌后游击战争，积极打通与第二、第五、第六师的联系；第六师坚持苏南，阻止反共军北渡。这样便统一形成了新四军在华中的战略布局。
　　中共中央书记处于是年3月27日通过：中原局（5月，改为华中局）由①中共中央已于1月23日在延安代新四军领导人起草并发表了一则《新四军将领就职通电》，次日，又发表了《新四军将领声讨亲日派通电》，但这通电盐城25日尚未收到，故陈毅等又发了一则通电。
　　刘少奇、饶漱石、曾山、陈毅4人组织；军事委员会新四军分会由刘少奇、陈毅、邓子恢、赖传珠、饶漱石5人组织。
　　新四军创建已3年多，此时从组织上、指挥上完全统一起来。以后，陈毅总结皖南军部失败的教训，认为端正建军路线是根本任务，要求把新四军由游击兵团建设成为中国共产党所领导的正规兵团而斗争。