陈毅到达延安，受到毛泽东等中共中央领导人的热情欢迎。其中许多领导人，自1934年在中央根据地分别之后，已经将近10年不见了，而在10年之后的今天，革命事业已有很大发展，陈毅感触极深，作《延安宝塔歌》一首以抒怀。但他一见到毛泽东，除要系统汇报华中抗战形势外，还有满腹委曲，急需倾诉，那当然是“黄花塘事件”问题。
　　1954年2月16日，陈毅在关于饶漱石问题的座谈会上说：当时毛泽东却给他浇了浇冷水，对他说：“如果你谈三年游击战争的经验，谈华中抗战的经验，那很好，我可以召集一个会议，请你谈3天3夜。至于与小饶的问题，我看还是不要提，一句话也不要提。关于这件事，华中曾经有个电报发到中央来。这电报在，如果你要看，我可以给你看，但是我看还是暂时不要看为好。”
　　陈毅说：“那我就不看，华中的事也就不谈。”
　　毛泽东说：“我欢迎你这个态度。”
　　虽然如此，起初陈毅心中仍然扭着一个疙瘩，颇为沉闷。毛泽东又给他讲了许多党史问题。陈毅乃静下心来，开始给中共中央和中央军委写一份《1938年至1943年的华中工作总结报告》。一进入对敌斗争的回顾，陈毅立刻精神振奋，思潮汹涌，这总结报告于4月底完成。在《结束语》中，他自豪地写道：“在华中6年工作的结果，使我党在华中敌后广大农村中确立了普遍的巩固的军政优势。由零星分散的小块地区逐渐衔接几个大片，由零星的武装建立大的集团部队，经过了反顽、反‘扫荡’、反‘清乡’的艰苦锻炼，一般维持着向前发展的形势。”而日军是逐渐削弱，“配合国内外条件，这一削弱更是日益增长。”国民党虽有“正统”的优势，“但在敌后由于他们的反动政策自取溃灭。”所以陈毅充满信心“坚持抗战，过渡新时代，迎接胜利”。
　　在写作中，陈毅心情有所好转，对华中工作系念殊深。
　　善于知人的毛泽东自然心中有数，3月15日那天，他对陈毅说：“经过一个多礼拜的考虑，我以为你的基本态度是好的。你现在可以给华中发一个电报，向他们作一个自我批评。我也同时发一个电报去讲一讲，这个问题就打一个结，你看如何？”
　　陈毅诚恳他说：“这样好，我照办。”
　　于是，陈毅向饶漱石和华中局、军分委各同志发了个电报。电报在热忱地叙述了到延安后毛主席等对他的巨大教育帮助后，说：“我自己对于如何团结前进的问题上，我的某些认识上和处理方式常有不正确的地方。由于自己有遇事揣测，自己又常重感情，重细节，不正面解决问题，对人对事不够严正等等陈腐作风，这样于彼此协合工作以大的妨碍，??。我自惭最近一年来在华中的工作尚未能尽我最大的努力。这就是我到中央后所获得的教训。”结尾，他表示“七大后再回华中工作。”
　　毛泽东阅后，也起草了一份电稿，于3月15日一同发往华中。
　　毛泽东的电报说：“关于陈、饶二同志间的争论问题，仅属于工作关系性质。在陈动身前，两同志已当面谈清，现已不成问题。中央完全相信，在陈、饶二同志及华中局、军分委各同志的领导下，必能协和一致，执行中央路线争取战争胜利。关于内战时期在闽西区域的争论，属于若干个别问题的性质，并非总路线的争论，而且早已正确地解决了。关于抗战时期皖南、苏南的工作，陈毅同志是执行中央路线的，不能与项英同志一概而论。无论在内战时期与抗战时期，陈毅同志都是有功劳的，未犯路线错误的。如有同志对以上两点不明了时，请漱石同志加以解释。”
　　饶漱石收到电报后，在第二天上午以他个人的名义给毛泽东回电，整个电文所反映他的基本态度是“顶”。电文主要一段如下：“陈和我的争论，既非属于重大路线，也非简单属于工作关系性质，而是由于陈同志在思想意识、组织观念仍有个别毛玻他对统一战线，对文化干部，对某些组织原则，仍存有个别右的观点。对过去历史问题，存有若干成见，且有时运用很坏的旧作风，这些陈同志来电有隐约说到，所以我去电欢迎。但似乎尚欠清明，故详告与你，以便你给他帮助。”
　　他还告诉毛泽东，他另外给陈毅复电了。饶漱石对毛泽东的电报尚且如此“顶”，对陈毅电报的复电就可想而知了。
　　陈毅正患感冒，看到饶回复他的电文，顿时怒火中烧，提起笔来就给毛泽东写了封信，马上派人送去。
　　毛泽东看过陈毅的信，决定给他降降温，让他通通气，4月9日便回信一封，给予开导：“??来信已悉，并抄送少奇同志阅看。凡事忍耐，多想自己缺点，增益其所不能，照顾大局，只要不妨大的原则，多多原谅人家。忍耐最难，但作一个政治家，必须锻炼忍耐。这点意见，请你考虑。”
　　4月10日，毛泽东又找陈毅去面谈。对此，陈毅1954年还记得很清晰：陈毅如实地汇报了这两天的病情和心绪，毛泽东劝他说：你现在在延安，你又不能回去，横直搞不清楚。这个事情容易解决，将来你回去是可以解决的，主要是人家对你有误会，你有什么办法？越解释，误会越大。
　　陈毅表示：本来我的气很大，你这样一讲，我也没有什么意见了。
　　毛泽东愉快地笑了，问陈毅对于《学习和时局》那篇文章有什么意见。
　　陈毅说：“我曾提了一个意见，并对弼时的意思亦认为有考虑的必要。”
　　毛泽东说：“好，还有什么意见随时告诉我。”
　　陈毅知道这段时间毛泽东正忙于改定《学习与时局》这篇文章，便告辞退出。但毛泽东的劝导，使他又有茅塞顿开之感。他结合阅读毛泽东送来的向他征求意见的《学习与时局》来检查自己的思想路线等问题，经过一昼夜的反复思考，他又给毛泽东写信，在论述经验主义问题之后，写下了这么一段话：“我个人说来多年含茹于经验主义的原野之上，今后多从打开脑筋重新认识自己去着手，由己及人，变更过去及人而不由己的办法。”这大概是4月10日同毛泽东谈话之后的回声吧。就在这天，4月12日，毛泽东在高千会上作《学习与时局》的报告了。毛泽东提出：如果我们既放下了包袱，又开动了机器，既是轻装，又会思索，那我们就会胜利。陈毅听了很受鼓舞，更加自觉、自励。
　　中共中央为着进行“七大”的准备工作，于5月中旬在杨家岭召开六届七中全会第一次会议。在议定的各项准备工作中，陈毅被选定为军事报告的起草人。陈毅在愉快地领受了这项任务之后，积极收集材料，经常往返于他的住处杨家岭和军委总部所在地王家坪之间。
　　陈毅与毛泽东的接触越来越多了。毛泽东也经常找他商量一些工作。如8月10日要接见美军驻延安观察组的成员，通知陈毅参加，以后美国总统特使赫尔利来延安谈判，也让陈毅出些主意。9月间陈毅比较空。毛泽东批准他到医院割治他的“十年宿疾”；贺子珍的妹妹贺怡在延安养病，毛泽东特地要陈毅去看她；陈毅对于一些问题，也主动向毛泽东反映或提意见。如刘伯承秘密来到延安，有的大的活动未通知他参加，陈毅立即反映，毛泽东便马上批示解决；红七军的同志要想集中谈些问题，陈毅也向毛泽东提出，结果开了座谈会，大家心情舒畅。在这频繁的接触中，陈毅收获很大，思想上也产生了新的飞跃。
　　这年的11月，王震、王首道将带领三五九旅进军华南，毛泽东给他们讲话，陈毅听了启发很大。12月1日，他在给毛泽东的一封信中说：“在几年整风弄清路线原则之分歧后，作大度的自我批评，讲团结对外，这足以教育一切人，主张印发全党（指毛的讲话记录）。华中的团结亦只有走此道路。回想几年华中工作，被我打击屈服的高级干部，至少也在一打以上，只有自己批评去打通思想而团结对外才是于党于己的有益办法。去冬在华中，我不了解这点，所以满腔愤愤不平之气。赴延留别诗中说：‘知我二三子，情深更何言。去去莫复道，松柏耐岁寒。’这仍包袱很重，自以为残菊傲霜。春间到延，??你要我于华中近事取得教训，略略纾解愤懑。??近来与许多人谈话，广泛阅读文件，似乎更感觉以前所见不免皮相，才知道处理许多问题。疏虞之处甚多，别人的批评反对，其中事出有因，查实无据者有之，而自己过与不及两种毛病则所在多有，那种‘寡人之于国也尽心焉耳已’的自己条条做到的态度，实在要不得。”
　　这似乎是陈毅经过整风运动之后的一纸自我鉴定，他派人送给毛泽东主席之后，毛立即阅看，越看越高兴，看完便回信，鼓励与希望的火热的感情溢于言表：“陈毅同志：你的思想一通百通，无挂无碍，从此到处是坦途了。随时准备坚持真理，又随时准备修正错误，没有什么行不通的。每一个根据地及他处，只要有几十个领导骨干打通了这个关节，一切问题就可迎刃而解。整个党在政治上现在是日渐成熟了，看各地电报就可以明了。”
　　整个党在政治上日渐成熟，而陈毅也是成熟的党之中的成熟的一分子。
　　15年前，他在闽西同毛泽东等的交往和在上海同周恩来等的讨论中，曾获得了他思想上的一次飞跃。15年后在延安，他又在毛泽东为首的中共中央的帮助下，获得了第二次飞跃。一年以后，陈毅回到华东，有人问及他对毛泽东的印象，他说：毛泽东进步太大了，我是望尘莫及。