还在围歼黄维时的12月12日，军委来电指示：在黄维兵团歼灭后，开一次总前委会议，商讨战役结束后的休整计划，下一步作战计划及将来渡江作战计划。
　　因为此时徐州的杜聿明集团邱、李、孙3个兵团向西南突围被华野追击包围在永城之野，孙元良兵团已被歼，邱清泉、李弥两兵团疯狂突击未能破围，已成瓮中之鳖。蒋介石调白崇禧的部队救援，白迟迟不应。淮海全胜已成定局，下一步是渡江作战了。军委将渡江作战方针的初步意见提交总前委讨论。此电报机密度极高，只发刘、陈、邓，并责成小平在开会时给粟、谭一阅，阅后焚毁。中央的方针中最突出的一点是：华野、中野同时休整，同时举行渡江作战，“渡江以后，华野、中野协力经营东南，包括皖南、苏南，浙江、福建两省，江西一部”。12月15日，黄维兵团就歼。17日，军委电示：“拟请伯承、陈毅2同志偕来中央一商。”当日晚，刘、陈、邓驱车去华野指挥所。淮海总前委第一次举行全体会议，议题却是渡江。19日，刘、陈北上，到达中共中央所在地平山西柏村已是1948年底，刘、陈参加了1948年1月6日至8日的中央政治局会议。自此两会起，陈毅主要精力便集中用于渡江作战，尤其因为粟裕全力从事淮海实战指挥两个多月，积劳致病，陈毅经中央同意，返回华东。而且淮海全胜，中原大定，今后中野也将在华东作战，陈毅成为“主人”，更增忙碌。陈毅从中央南返，1月22日在徐州附近与粟裕会面，同去贾汪参加华野前委扩大会。25日陈毅为前委扩大会作了总结报告。26日即赶往商丘会见邓小平。陈、邓决定立即召开高干会议。
　　从1月29日（农历元旦）下午起，以3天时间由陈毅传达中央政治局会议精神与毛泽东主席指示，组织讨论，并作出决议上报中央。在此期间，根据中央军委命令，中野改编为第二野战军，下辖第三、第四、第五兵团共9个军和1个特种兵纵队。部队发展到28万。华野改编为第三野战军，陈毅仍为司令员兼政委，粟裕为副司令员兼第二副政委，谭震林为第一副政委，下辖第七、第八、第九、第十兵团，共15个军1个特种兵纵队，58万人。
　　陈、邓在高干会议后，又在2月8日召开总前委会议，中原局的负责人都参加，具体研究了渡江的问题、渡江的部署，拟采取5个兵团从江阴扬中、南京东西、芜湖东西、铜陵贵池、安庆东西，一线展开、同期渡江的战法。
　　中野的另两个兵团以1个军进至黄梅宿松望江段佯动，5个军作为总预备队紧随最先突破部队渡江钳制。这种一线展开同期渡江的部署后来没有很大变化，为以后《京沪杭战役实施纲要》奠定了基矗渡江时间初定3月底，雨季未来，春汛未发。但时间问题后来几经变化，颇有学问。
　　2月11日，中共中央决定刘伯承、邓小平、张际春、陈虚参加华东局为委员。此时，刘伯承由石家庄到了商邱，刘、陈、邓会商后，陈毅于13日赴徐州，再次召开三野前委扩大会。接着，按中央指示，华东局、华东军区机构也移驻徐州，和总前委、三野前委在一起布置南进渡江。刘、邓、饶、粟、谭等也来到徐州。
　　三野前委扩大会于2月18日开始。19日，陈毅作了党的新区政策的报告。当晚，他和谭震林召集了军以上干部会议，制订了第三野战军渡江作战预备命令。
　　3月5日，中共七届二中全会在西柏坡开幕。刘伯承因刚从中央回二野，便留在商丘主持渡江准备工作。粟裕因病在济南住院。陈毅便与邓、谭、饶等出席。毛泽东在大会上的报告，实际上是一部人民中国的建国大纲。其中特别是中国共产党的工作重心由乡村移到城市的论断，使陈毅感慨万端。讨论中他慨然表示：“我的意见自己准备搞城市。”而且选定了当时中国和亚州最大的城市──上海。其实，此时毛泽东主席已个别征求过他的意见，担任上海市市长如何？他还提出意见，主要的一条是希望中央象当年全党抢东北一样重视接管上海。
　　二中全会闭会的次日，中央召集了安排人事的座谈会。邓小平受中央委托，提出经过酝酿的华东人事安排。
　　中共中央华东局：以邓小平、刘伯承、饶漱石、陈毅、康生、张鼎丞、曾山、张云逸、谭震林、粟裕、张际春、宋任穷、陈赓、刘晓、刘长胜、曾镜冰、舒同等17人为委员。邓小平为第一书记，饶漱石为第二书记，陈毅为第三书记。
　　中共上海市委：由饶漱石、陈毅、刘晓、刘长胜、曾山、刘少文、陈赓、潘汉年、宋时轮、郭化若、李士英等11人为委员，饶为书记。
　　上海市政府：市长陈毅、副市长曾山、潘汉年及一位非党人士（后为盛丕华）。
　　华东军区：司令员刘伯承、陈毅、粟裕，政委邓小平、饶漱石、谭震林。
　　尽管作了种种组织安排，然而渡江作战以及陈毅曾在抗战胜利后一再提及的“收京入沪”，还是要由总前委这个无私无畏统一团结的班子来继续指挥。这一着毛泽东是看准了的。
　　固然根据各方面的情报判断，美国在解放军渡江时出大兵干涉的可能性不大，但也不能不防。二、三两大野战军并肩直插东南，就含有准备在必要时与头号帝国主义迎头冲撞之意。这就必须指挥者既有胆略又能把渡江战役组织指挥得周密灵活，使军队强渡天堑的损失尽可能小，而渡江后消灭的敌军尽可能多。越能如此，则南中国解放越快，人民遭害越少，美国出兵的可能性也就越校陈、邓、谭在西柏坡期间，毛泽东又专门同他们一起研究了渡江作战问题，定下了4月10日为发起时间。
　　3月21日起，三野前指、总前委、华东局和华东军区的人员便分批乘火车南下，进驻蚌埠南郊孙家圩子。总前委的《京沪杭战役实施纲要》便在这大半是土墙茅舍的西孙家圩诞生。
　　总前委在此召开了扩大会议。会议初步确定的基本内容是：第二、第三野战军全部于4月15日开始渡江。二野的第三、四、五兵团为西突击集团，由刘伯承、张际春、李达指挥，在湖口至枞阳之间渡江；三野之七、九兵团为中突击集团，由谭震林指挥，在枞阳以东至和县金河口之间渡江；三野之八、十兵团为东突击集团，由粟裕、张震指挥，在金河口至江阴之间渡江。
　　渡江成功后，中、东两路统归粟裕指挥。这次战役的关键在于中、东两路渡江后迅速东西对进，对南京、镇江、芜湖地区的大量守敌进行钳形合围。会议还强调，也要考虑到敌人固守江防，或在我渡江收缩集结兵力以攻击我一路的可能，作发生严重战斗的准备。渡江影响国际视听及动向，力求稳健是必要的。
　　参谋处将会议纪要整理成《京沪杭战役实施纲要》，经邓、陈审阅并由邓小平修改定稿，于4月1日送中央，4月3日被批准。
　　4月1日，邓、陈率新组成的精干指挥部去合肥东南瑶岗村。各突击集团指挥部也分赴桐城、无为、泰州。
　　但是，渡江的日期，以及对南京政府的态度却颇费斟酌，这些问题，在指挥中枢的陈毅是有责任多作考虑的。
　　不久之后，由于在北平举行的和平谈判有进展，国民党有签字的可能，如能签字，则战斗渡江可成为和平渡江，意义很大。但中央军委估计渡江时间必将因此而推迟半个月至一个月，即从总前委拟定的4月15日推迟到4月底至5月初。中央军委电询总前委：这样推迟，有何不利？
　　渡江时机，这正是陈毅着重要掌握好的主要环节之一。他立即搜集各方意见。并亲自作调查。意见都相当严峻：二野：长江水势4月末5月初将加速上涨，南风大起，雨多流急浪大。
　　目前粮食已成困难。
　　三野：4月下旬起开始雨季，江水日涨，现有船只三分之二为内河船，江中行驶困难，雨季稻田放水，部队展开不易。粮草困难。
　　总前委本身调查的结果是：5月的水比7、8月还大，两岸湖区均被淹，长江水面极宽，渡江将发生极大困难。现百万大军拥挤江边，过久推迟，将不得不后撤以就粮草。签字之事。亦应设想敌人翻脸。
　　于是，总前委建议先打过江，然后争取和平接收。
　　中央军委在坚持政治斗争必需，又充分考虑渡江客观情况之下，于4月15日电示总前委：“依谈判情况，我军须决定推迟一星期渡江，即由15日渡江推迟22日渡江。”“假定政治上有必要，还须准备再推迟7天时间”。
　　军委在电文中还提到：“你们下达推迟渡江的命令时，不要说是为了谈判，而要说是为了友军尚未完成渡江准备工作，以免松懈士气。”
　　邓、陈却有不同态度。他们以总前委名义给两个野战军和各兵团党委作了指示。完全不回避“为了谈判”，而是正面说清楚渡江与谈判的关系。这是一篇充分相信干部并致力提高觉悟的好文章。确是邓小平、陈毅的风格。
　　“此次我军推迟一星期渡江，完全是政治上和军事上所必须采取的步骤。但因此也容易产生松懈战斗意志和迷失方向的危险。因此你们必须在师以上干部中说明下列诸点：（一）和平谈判颇有进展，有可能在最近签订协定。此种协定实际上就是国民党的投降，故于全局和人民有利。
　　（二）我们渡江，应站在政治上最有利的地位的基础上进行渡江，就是说，如果谈判破裂，责在对方；如果协定签字对方不执行或拖延执行时间，其责任亦在对方。我们在谈判结束（破裂或成立协定）之后渡江，则是理直气壮的，而且当我们在政治上做到这一步时，敌人内部将更加瓦解，好战分子内部更加孤立混乱，不仅争取了主和派，还可能分化一部分主战派。全国人民必更拥护我们，届时无论和平渡江或者战斗渡江都更有利。
　　（三）要估计到现在国民党军队大部分还握在蒋介石死党手上，即使签了协定，他们都还有继续抵抗的可能，所以我们一切应从战斗渡江出发。而且因为敌人必然利用此时间加强其沿江军事准备，故我们亦应利用此时间更充分的进行军事准备。如果放松了自己的战斗准备，那不仅错误，而且是危险的。
　　（四）如果政治上需要时，还可能再一次推迟几天。所以在部队中要一面防止急性病，一面防止战斗意志的松懈。
　　（五）大家最担心季节和江水问题，中央对此亦极重视。计算时间。本（4）月底以前，江水尚不致有大变化。
　　（六）时间推迟的另一大问题是粮食、柴草、油、盐，各兵团必须具体计算，拟出办法，望告我们以凭解决。
　　（七）在延长渡江的时间内，中心工作仍应放在加强战斗准备，但亦可利用此时间传达二中全会决议。此点请各党委自行斟酌决定。”
　　这电文是4月12日下达并报军委的。军委于4月14日复示说：“总前委4月12日指示电甚好。请二野、三野照此指示向师以上干部着重说明推迟渡江时间的理由，加强战斗准备工作，并多筹粮草油盐。”
　　渡江时间，又经过多次反复商量，军委终于在4月18日9时作出了决定：“完全同意总前委的整个部署，即二野、三野各兵团于4月20日开始攻击，22日实行总攻，一气打到底。”
　　渡江战役的许多部队是在4月21日晚启渡的。那是在国民党于20日晚拒绝在协定上签字之后。但是，这里还有个陈毅经手的插曲。有些部队的任务是20日晚先开始攻击，21日才大举渡江。4月18日，陈毅接到九兵团政委郭化若给总前委的电报：“昨夜宋（时轮）到前方（临江坝附近之神塘河）和聂（凤智）成（钩）及各师研究后，拟于20日夜与打黑沙洲（按：是江心的敌前哨阵地）同时全部渡江，如此较有把握。因如果先一天打黑沙洲，则更引起敌之注意，次晚渡江更不易取得突然性。”
　　4小时后，邓、陈以总前委名义复示：“只要有可能就可以这样做。总之，整个战役从20日晚开始后就一直打下去，能先过江就该先过江，不必等齐。因为全长1000余公里的战线上完全等齐是不可能的。但你们仍应审慎考虑，防止下面轻敌。”
　　实事求是，积极而稳妥。总前委负责人机断同意，中突击集团七、九兵团的二十四军、二十七军（附九九师）、二十五军同于4月……