就是在全国军事系统党的高干会议时，1953年12月，陈毅的人生旅途发生了重大的变化──10多年来一直在明里暗里“整”陈毅，破坏他和华东同志、中央同志关系的饶漱石，其野心家、阴谋家、伪君子的真面目终于被揭露了。陈毅与中共中央主要领导人之间的人为障碍排除了。
　　陈毅到达北京的第四天，就被毛泽东找到西郊玉泉山新建的别墅去谈话。
　　陈毅与毛泽东的来往，相对来说是比较随便的。陈毅常向熟人谈起1949年中华人民共和国成立前夕的一件事。那次他到北京参加全国新政治协商会议，当晚去看望毛泽东。毛泽东见面就说：“对不起啊，我没来接你。”陈毅很感意外，他从来没有过要毛泽东亲自去接他的念头，便问“怎会有这么个问题呀？”
　　毛泽东说明，他亲自到火车站去迎接过宋庆龄、张澜、李济琚程潜，没有顾得上去接党内的一些老同志。
　　陈毅哈哈大笑。毛泽东也笑了。
　　不过这次玉泉山谈话，一向直爽的陈毅却没有一开始就说真话。因为毛泽东在询问了华东执行总路线的情况，谈了农业互助合作运动和国家领导体制以后，忽然向陈毅问起他所了解的饶漱石的情况来。饶漱石长期与陈毅对立，近年来陈毅更发现他的许多问题；但是此人当时已调来中共中央组织部任部长，他和中央主要负责人之间当前的关系如何陈毅全不知情。延安时毛泽东为维护团结制止他谈饶漱石的情景犹在眼前，因而陈毅觉得不宜直捅出来，便按在一般情况下尽量说同级干部优点的习惯，说了几句。却见毛泽东表情淡漠。陈毅告辞出来，遇到中央机关的一位主要负责人。陈毅因为心有疑问，便对他说起此事。那位负责人说：“主席问你，是为了听你说真实情况！”陈毅深有触动，当即回到毛泽东房里，向他说明自己的思想过程。据陈毅的《流水日记》载，他把自己所接触所怀疑的饶漱石的言行和盘托出。
　　从后来陈毅在华东局扩大会上揭发的许多事实来看，最使陈毅反感的是饶漱石近年来常在陈毅耳边说刘少奇的坏话，说他自己很早就拥护毛主席。
　　他看到刘少奇不行了，就想表明他不是刘少奇培养的。陈毅当然清楚，刘少奇离开新四军回中央，由饶漱石接替刘少奇代理了华中局书记、新四军政治委员，使他从此掌了华东大权。现在他竟把矛头对准刘少奇，实在使陈毅寒心！
　　陈毅倾吐真情以后，毛泽东点头欣赏，并把已经掌握了的高岗、饶漱石阴谋活动的情况告诉了陈毅。高、饶先后在中央财经会议和组织会议上发难，攻击刘少奇、周恩来，分裂中央，直至通过私下活动要由高岗任中共中央的总书记或副主席，并改换总理人眩几天后的一个晚上，毛泽东又找陈毅去谈话。这次专谈高、饶问题。其中主要的是华东军政委员会主席的任命问题。1949年10月，各大区都由大军区的司令员担任大区军政委员会主席，毛泽东两次说华东军政委员会主席由陈毅担任，陈毅觉得自己是大军区司令员又是上海市市长，够忙了，推辞说让饶漱石当。毛主席吩咐让华东局同志们讨论，饶漱石得知此事后对陈毅说，你不担任我担任。根本没有提到华东局会议上讨论，就用华东局名义报中央以他为军政委员会主席。饶漱石到北京，毛主席问起此事，饶漱石撒谎说：华东局几个同志都不同意陈毅担任，只好由我来担任。这样才骗取毛主席的批准。他又是华东局书记，又是军政委员会主席，就显得比所有的大区司令员、政治委员高一头了。
　　毛泽东风趣而深刻地告诫陈毅：“不要伤风”，不要失去灵敏的嗅觉，要警惕非法活动。毛泽东还说：“你推让，是不对的。谦逊并非在任何情况下都是好的。野心家就不让。让给他就使党受损失。”
　　后来，陈毅又和彭德怀、刘伯承、贺龙、叶剑英等一起，应召到毛泽东处专门讨论高、饶问题；并列席1月12日的中央政治局会议，讨论通过了《增强党内团结的决定》。
　　毛泽东把对高、饶的斗争布置妥当，便出京休养去了。2月6日，中共七届四中全会开幕，刘少奇受中央和毛泽东主席委托向全会作了政治报告。
　　陈毅也经过认真准备作了题为《为增强党的团结和巩固与提高党中央的威信而斗争》的发言。他谈了对围绕高饶事件展开的这场党内斗争的认识，提出不仅仅处分几个人，而要达到弄清思想的目的。同时，也坦诚磊落地作了自我解剖。
　　刘少奇亲自到陈毅住处，诚挚地向陈毅道歉：过去我看错了人，信任了饶漱石，使你受委屈了。这使陈毅十分感动和振奋。据宋时轮、张爱萍等回忆，陈毅当时在同华东将领一起用餐时报告了这个动人的消息。
　　中央书记处分别召开了高岗、饶漱石问题的座谈会。饶漱石问题的座谈会由邓小平、陈毅、谭震林主持。66位中央及大区的领导人发了言。
　　3月4日，陈毅又与周恩来一起，在中南海怀仁堂，向2000余高级、中级干部传达了七届四中全会的精神。
　　饶漱石整陈毅，是借陈毅在红四军时两次接替毛泽东为前委书记的历史事实作为口实的。陈毅在揭发饶漱石时，联系到红军、新四军、华东野战军以及华东军政委员会时期的实际，揭露饶漱石一贯来造谣作假、挑拨离间、玩弄阴谋诡计的种种事实；同时，也诚恳地作自我批评。陈毅的报告长达7小时，生动坦白，留给大家深刻的印象。
　　至此，压抑、纠缠陈毅10多年的公案大白于全党了。
　　1954年3月14日，毛泽东南巡中将路过太湖之滨的无锡。当时，陈毅正在济南出席山东分局的会议，闻讯即赶赴无锡迎候。当日，把毛泽东迎至太湖疗养院。次日，毛泽东即邀陈毅去谈话。此次谈话，气氛格外融和。他们聊到阶级斗争，生产关系与生产力，假象与本质等等。据陈毅日记载，有一句话特别触动陈毅，这是毛泽东说的：“伸手岂止高饶”。毛泽东说，只是目前不必如此提出，以免有扩大化的嫌疑。
　　陈毅自己是不向党不向人民“伸手”的。他调动工作，从不带自己的“亲信”；党分配他工作，他从不讨价还价；华东军政委员会主席，他还推辞，结果被饶漱石“伸手”抢了去。但是陈毅仍然觉得应该警惕，特别是自己现在出头翻身的时候。从毛泽东的这句话看来，党内斗争的风浪，今后还将大有起伏呢！
　　因而，陈毅在“仲春”和张茜回到南京故居“旧筑”的时候，其心情既感奋又审慎。他写了4首“感事书怀”的诗，其中到处可见自我反省自我约束的句子：“慎之又再慎，谦逊以自束。后车善择途，前车一再覆。”“心情承见问，春来冬尽，克奏肤功。向大泽深山，擒伏蛇龙。回溯廿年纠葛，知早有伏迹藏踪。须牢记，无情历史，利己必凶终。”“幸得长期培育，每愧过失多。晚节自珍惜，日月走如梭。”特别是第4首七古，标题直接就是《手莫伸》，其辞句涵义更为显豁，可说完全是对毛泽东“伸手岂止高饶”的回答和信誓，其政治态度十分明朗。
　　在这时期，陈毅还做了一件大有利于坚持正确政治方向的事。解放军全军在学习苏军经验时，有些人认为不必再强调中国共产党对军队的绝对领导，可以取消政治委员，实行单一首长制。在强调正规化时，表现出削弱军队政治工作的倾向。于是，1953年12月召开的军事系统高干会议上展开了讨论，会后，中共中央决定修改中国人民解放军政治工作条例，以加强党的领导和政治工作。毛泽东指定由陈毅、谭政与罗荣桓一道主持修改工作。陈毅从1927年开始就是工农革命军的政治工作建设者之一，参加过古田会议决议的制订，对这些问题体会至深。当时，在东交民巷开会讨论，陈毅作了内容丰富的讲话，特别是对党委统一领导下的首长分工负责制的由来和发展，讲得尤为深透。后由姜恩毅等先起草了“总则”。“总则”由陈毅、谭政审定，由罗荣桓上送毛泽东主席。毛主席交给陈伯达修改，陈伯达却出了错，把“中国共产党在中国人民解放军中的政治工作是我军的生命线”给划掉了。
　　毛主席又亲笔改了回来。在陈、罗、谭主持下，《中国人民解放军政治工作条例（草案）》的修改很快完成。1954年4月15日经中共中央和中央军委批准，正式颁布实行。
　　4月1日，华东局扩大会议开幕。谭震林主持会议，首先由陈毅传达四中全会的精神。陈毅的发言一上来就很有特色：首先传达的真是四中全会的“精神”。他密切联系阶级斗争和思想改造的实际来讲党内斗争的规律，以便同志们正确地深刻地理解四中全会的内容。
　　陈毅发言的第一个题目就是“要运用阶级斗争一定会反映和影响到党内的原理来学习与传达四中全会的内容。”他说：“按照事物相互斗争、相互渗透、相互转化为其对立物的原理，我们可以从资产阶级队伍中分化出一部分人来，同样的，资产阶级也可以从我们队伍中分化出一些人来作为他们的代理人。”
　　在这个题目之下，他联系思想认识回答了一系列的问题：“历史久、功劳大，为什么会反党？”“与帝国主义、资产阶级有无组织联系？是不是他们派进来的？”“斗争是不是过火？”“高、饶都集中反对中央某几个领导人，这些领导同志是否也有缺点？”“高、饶问题是一种社会现象的反映，他们是代表一部分人的，因此他们的反党思想是有其一定的市场和基础的。”
　　“联系本身进行检讨，要有分析，要正确掌握界限，”“‘知人不易、知己亦难’，不要迷信别人，也不要迷信自己。”对这些问题，陈毅都作了辩证的、实事求是的分析，并指出主导的方面。陈毅发言的第二个内容是“根据四中全会精神，来谈一谈我自己的问题”。而后，4月10日、11日，他才作对高、饶反党联盟揭发批判的长篇报告。这样的传达报告，给大家的启发就更大了。
　　4月26日，毛泽东在中南海颐年堂召开的会议上谈到三反、五反、高饶联盟，从马克思主义理论的高度来分析了这些运动和事件，指出都属于社会主义改造过程中阶级力量的重新组合和改造；新旧社会制度交替，必有一部分人拥护旧制度，反对新制度。毛泽东这次又在较大的范围内提出“伸手岂止高饶”。这些谈话对陈毅的触动颇大，引起他的思考：自己在七届四中全会上的发言，在华东局扩大会议上的发言，与毛泽东的讲话对照起来，就显得肤浅，不敢说已从理论上说明了问题。
　　毛泽东深谋远虑、精细过人，对于他要任甩的人尤其注意。他不但看了陈毅在中央全会上的发言，而且认真地阅读了陈毅在华东局扩大会议上的发言。
　　在6月8日夜颐年堂的中央会议上，毛泽东当着众多的党中央委员和政治局委员说到陈毅的发言和报告，大加赞许。他说华东局扩大会陈毅的发言，已能概括，有点理论了，只是其中有一点尚须与他谈一谈。又说四中全会的陈毅发言他也看了，认为很好。
　　陈毅有志于学习和运用革命理论，为时久矣。早在留法勤工俭学时期便已开始接触和研究马克思主义的基本原理。20多岁在北京的时候便已开始在报上与资产阶级文艺思想论战。三年游击战争那么艰险的环境，他还在研读列宁的书《社会民主党在民主革命中的两个策略》，因而在民主革命的领导权问题上有充分的自觉。
　　1929年他代表中共中央起草的给红四军前委的指示信，更是自觉地探讨中国革命的理论问题。他在华东局扩大会上的发言中说自己“对理论有兴趣，也可作些理论研究工作，但钻得不深。”现在听了毛泽东的评价，更觉于心不安，在日记上写道：“入党31年矣，进步仅此，有何可以自负之处。”
　　6月22日，毛泽东邀请陈毅到玉泉山别墅，共进晚餐，谈论工作。毛泽东谈到山东、福建问题，反党阴谋案件问题，同意陈毅在山东检查工作的方针。这一次谈话气氛亲切，话题广泛，《聊斋志异》中《席方平》、《公孙大娘》的妙处也谈到了。行前毛泽东说了两句具有总结意义的谚语：“路遥知马力，事久见人心。”在高饶联盟彻底查清后向陈毅说这两句话，含义当然是深长的。陈毅说他近日内要回华东。毛泽东约他离京前再谈谈。
　　6月26日中午，毛泽东电邀陈毅同他一起去玉泉山别墅。刚刚落坐，毛泽东便兴致很好地拿出4月1日陈毅在华东局扩大会上发言的记录稿来，称赞此文言之有据，概括正确，有理论味，同时也指点几处欠妥贴之处。毛泽东说全文赞成，只提个别意见，希望今后多搞理论工作。
　　陈毅当即表示接受毛泽东的修改建议，并说学理论多年有志于此，当勉力去做。陈毅琢磨着毛泽东的话，试探着要求最好派他去马列学院工作。
　　毛泽东显然早已胸有成竹，直截了当地说：“不，不要去搞学院工作，希望今冬与震林同来中央工作。”
　　6月27日，陈毅离京南下，心情很是激动。整整24年了。1930年，古田会议后不久，陈毅便离开毛泽东、朱德领导的红四军，此后一直在“下面”，在省区、在大区工作。如今要到中央，要回到毛泽东身边工作了。陈毅眼前展开一片广阔的前景。