陕甘宁边区的部队有一二○师的、有留守兵团的、还有边区保安司令部的，指挥、组织不统一，不适应保卫边区的需要，因此，贺龙上任后第一件事就是根据中共中央统一军事指挥的要求，对边区部队进行整编。他同副司令员徐向前、留守兵团司令员肖劲光商量以后，决定把留守兵团所属的各独立团及保安司令部所属的4个团统一编成两个警备旅，同三八五旅、三五九旅一道置于联防军的统一指挥之下。中央军委批准了这个方案，并于1942年10月间将留守兵团领导机关并入联防军机关，任命肖劲光为联防军副司令员。贺龙又根据保卫边区的需要，重新划分和调整了部队的防区，成立了军分区。他还建议，由地委书记兼任军分区政治委员，以实现各地区的一元化领导。经过整编，边区部队出现了一个新面貌。
　　不久，贺龙带着参谋人员深入各分区视察。走了一遍以后，他感到忧虑。
　　当时，国民党军在陕甘宁边区周围驻有50万大军，对边区实行封锁。眼下，国民党顽固派又在酝酿掀起第三次反共高潮。4个多旅的部队不仅要保卫河防，对付日寇，而且要对付众多的国民党军，兵力实在不足。在非主要方向的边境上，1个团要担负400公里正面的守备，显然很难应付国民党顽固派可能发动的进攻。贺龙有一个增加边区军事力量的想法，可是，现在是根据地最困难的年月，都在精兵简政，边区要扩兵显然是不行的，于是，他想到了晋西北。他考虑，晋西北新军决死二纵队、四纵队、暂一师、工卫旅经过整编和多次反“扫荡”的锻炼，战斗力提高很侠，已经可以胜任保卫晋西北的任务了。一二○师独一旅的1个团己于1941年调来陕北，旅部及另1个团仍在晋西北，可将其调来。他把这个想法报告了毛泽东，得到了毛泽东的批准。1942年11月26日，一二○师独一旅旅部及一个团调到陕北，全旅配置于绥德地区。三五九旅全部调往延安东南作为机动部队，以便随时应付国民党顽固派可能发动的突然进攻。1943年3月，蒋介石发表了《中国之命运》，鼓吹封建法西斯理论，反对共产主义。5月，国民党军把对付日军的一批部队从河防撤往边区周围，增加包围陕甘宁边区的兵力，并且向关中地区逼近，企图闪击延安。国民党第八战区副司令长官胡宗南亲赴耀县召开作战会议，又跑到洛川以北活动，扬言要让八路军交出边区。形势一下子紧张起来。虽然预有准备，但贺龙还是不很放心，又向毛泽东建议，再从晋西北调1个旅过来。毛泽东同意了。6月，中共中央军委根据贺龙的建议将三五八旅调到陕甘宁边区。贺龙随即命令三五八旅进驻鄜县（今富县）以西黑水寺、直罗镇一带葫芦河谷地区，同由康健民率领的骑兵旅一道，增强关中地区的纵深防御和准备实施机动。部署完毕以后，他又到关中分区亲自检查了一遍。
　　当他返回延安时，延安各界正在文化沟体育场召开纪念抗战6周年纪念会，进行反顽斗争紧急动员。人们知道贺龙刚从南线视察回来，用热烈的掌声欢迎他讲话。他走上讲台，感慨他说：“往年，我们在前方纪念‘七七’，周围都是敌人。今天，在我们家里纪念‘七七’也同样不安宁，昨天，关中已经听到了炮声。这炮声是从新自河防阵地撤到边区附近的部队发出的。他们不打日本了，开来打自己人，要消灭边区老百姓，消灭共产党，消灭边区政府。”他极为气愤地反问：“国民党政府不发一饷一弹，我们打了6年仗。
　　日寇侵华军队，我们打了一半，这样的军队不好吗？我们不敢言功，但我们何罪可伐？为什么要来打我们？对33个叛将①不讨伐，而对我们则当做敌人看待，这还有公理吗？”
　　蒋介石派驻延安的一位姓徐的联络参谋也参加了会议。他坐在台上说：“蒋委员长‘七七’广播中并没有说要打内战。”
　　贺龙听到后，带着讽刺的口吻说：“刚才联络参谋徐先生说。蒋委员长‘七七’广播没有提到内战，我说，这个消息很好，我们很拥护。但是河防大军六七个师和什么坦克、重炮纷纷西调，包围边区，部队都换上了新炮，连马鞍子也换了新的，对着我们如临大敌，而把日寇放到一边，这究竟是什么道理？还要请解释解释。”
　　联络参谋无言以对，显得尴尬。台下响起了一片掌声。
　　贺龙对着台下大声说：“现在边境上对方的枪已经响了，我们还没有还枪，因为我们一向是主张团结抗战的。人家如果不打我们，我们也决不去打人家，但是，如果一定要来打我们，我们就一定要自卫。我们的忍让是有限度的。我们边区的男女老幼都要准备好，随时还击对边区的进攻！”
　　贺龙的话激发了群众对顽固派的同仇敌汽，掌声、口号声响成一片。由于中共中央及时揭露了国民党顽固派企图进攻陕甘宁边区的阴谋，边区军民作了充分的准备，因而，在第三次反共高潮中，胡宗南始终不敢冒天下之大不韪。
　　国民党顽固派没有冒然发动进攻，却组织了一些土匪、特务潜入边区，进行破坏。清涧、绥德、米脂、西川一带接连出现阎锡军等8股土匪，到处窜扰，抢劫公营商店及单行军人的武器，刺杀地方工作人员，破坏地方政权。
　　土匪活动最猖狂时，平均每天要发生1次抢案，清（涧）绥（德）大道上黄昏时分没有武装护迭就不敢走路，严重地影响了当地的治安和交通。
　　贺龙决心剿灭这些政治土匪，保护边区政权和人民。1943年，他乘陕甘宁边区高级干部会议在延安召开的机会，召开了军政干部联席会，专门讨论剿匪工作。贺龙在会上指出：这些土匪已经作案30余起，干部和群众死伤23人，损失财物200万元，如果任其发展，边区将得不到安宁。贺龙严厉批评了某些干部由于存在和平麻痹思想，对土匪采取放纵和宽大过头的态度。
　　他提出，由各分区司令部和地方党政机关联合组成清剿委员会，统一领导剿匪工作，坚决消灭国民党派来的这些祸害。会后，贺龙连续两次签发剿匪命令，确定了“剿抚兼施，军民协力”的方针，拟定了清剿战术，制定了对土匪的处理办法和有关政策。贺龙强调：“要坚决肃清匪患”，但须“正确执行政策”，“注意分化和争取”，“慎重对待首要分子与胁从分子的区别，避免乱杀”。经过3个月的努力，8股土匪被全部肃清，进一步巩固了边区政权，安定了人民生活。
　　贺龙当了联防军司令员以后，常常下去视察。他发现边区部队由于以往领导不够统一，训练上存在不少问题，各有各的作法；学校、教导队的训练也有与部队实战需要脱节之处。这自然要影响部队战斗力的提高。他决心解决这个问题。第三次反共高潮一结束，贺龙就开始着手解决部队训练问题。
　　他对联防军参谋长张经武说：“现在要解决一下部队训练问题。要开一个会，①1938年12月，国民党副总裁汪精卫投降日本后，国民党政府军中的一些将领陆续投敌叛国，其人数高达33人。
　　把同志们的不同想法摆出来认真讨论一番，争取今年把陕甘宁和晋绥两个区的部队训练统一起来。”
　　1943年6月，联防军召开了陕甘宁边区和晋绥军区团以上参谋长会议，讨论部队军事训练问题。贺龙亲自领导了这次会议。他在会上提出的指导性意见，主要是：一，训练要为战争服务。他说：“过去学校和部队的教育与战争脱节的现象，应当纠正。”在训练中，“各级司令部对自己周围的敌人与顽军应有一定的想定①，作为训练的依据。西北地区要有两个想定：一个是对付日本军队的，一个是对付顽军的。今天，战斗经验中有许多战术、技术问题，要依据这个原则进行整理。”“要加强学校与部队的联系，部队供给学校材料，学校帮助部队整理；学校向部队提出训练及战术意见，使学校教育符合部队的需要。”二，部队训练的要求或者说目标，在于“能对付两倍到三倍的兵力（的敌人）”，“1个打3个”。贺龙指出：这是根据边区部队面临的实际情况提出的，是形势的需要。只有把兵练成这个样子，才能使我们立于不败之地。三，生产与训练这两大任务要统筹安排。当时边区部队正在普遍开展大生产运动，因此，有些部队在安排生产与训练上统筹兼顾不够，安排不尽合理。贺龙指出：“生产任务大体上已经解决，而学习任务还未解决。学习问题主要是抓紧，要挤时间。”他说：训练抓得不紧，“问题是首长和司令部抓得不紧”。他提出了一个负责制办法：“各级司令部把兵训练不好，我就找你们参谋长。你们应当多用脑筋想办法。”
　　贺龙还对会议的开法进行了改革。他打破以往坐在一起讨论来议论去的老一套办法，请参谋长们穿上草鞋，去当几天兵，到操场上做做动作，学些切实的具体的教育方法，以便回去统一部队的训练思想和章程。贺龙自己也穿着草鞋来往于操场烈日之下。这套办法，给会议注入了一股新鲜空气，会开活了。
　　这次会议，对部队的训练方针、组织领导、规章制度等展开了充分讨论，提出了明确的意见，特别强调“克服机械地认为生产第一、教育第二、忽视军事教育的倾向和军事训练与作战脱节的现象”，并对1943年下半年的训练提出了具体要求，从而，大大推动了两个根据地的军事训练。
　　3个月过去了，军事训练搞得怎样了呢？有什么经验教训？冬季练兵应当怎么搞法？为了解决这些问题，1943年10月，贺龙主持召开了陕甘宁边区部队高级干部会议。中共中央军委领导也很重视，毛泽东亲自参加了会议。毛泽东在会上说：“你们做得很好，希望你们今年冬季，在现有基础上，再进行一次很好的训练。”他还要求，在训练中要贯彻“首长负责、亲自动手，一般号召与个别指导相结合，领导骨干与广大群众相结合”的领导方法，并且对这一方法作了具体说明。
　　这次会议，在总结经验的基础上，确定了“以兵为主，人人皆兵，个个都练，土兵教育应以技术为主”的冬季练兵方针，侧重学习射击、投弹、刺杀三大技术。为了贯彻毛泽东的讲话精神，贺龙把与会的高级干部编成班、排，下到操场，首先学习三大技术，统一训练要求。贺龙说：“别人能做到的，高级干部一样能做到。毛大帅不是号召首长负责，亲自动手吗？我们自己先动动手，就有发言权了。”毛泽东也很高兴，兴趣盎然地来到操场，观看高级干部操练，对与会者的情绪鼓舞很大。贺龙主持的这次高级干部会议，①军语。按敌对双方基本特点结合实际地形拟订的一种情况设想。
　　成为边区部队冬季练兵的良好开端。毛泽东“官教兵、兵教兵、兵教官”的群众路线的练兵方法，普遍得到了贯彻执行。11月中旬，冬季练兵热潮便在部队中形成了。
　　在这次冬季练兵中，两个地区的部队普遍开展了争当“朱德射击手”、“贺龙投弹手”的竞赛。
　　这个竞赛是怎么来的呢？一年前，即1942年春，贺龙到陕甘宁边区不久，去三五九旅视察。师长来了，旅长王震十分高兴。他为贺龙组织了一次投弹、刺杀和射击表演。有个叫齐巨洲的战士一下子将手榴弹投了50米。贺龙看了，高兴地鼓起掌来。王震旅长兴奋地大喊：“好一个贺龙投弹手！”
　　表演完毕，王震请贺龙给部队讲话。贺龙说：“你们是保卫党中央的卫队，你们要保卫边区每一寸上地。你们练兵练得很好，投弹投得远。你们还要好好练习射击。每一颗子弹打死一个仇敌。一二○师是个大学校嘛！”王震接着说：“师长号召我们生产、学文化、练习武艺，特别是打手榴弹、射击。
　　我们旅要创造出无数的贺龙投弹手、贺龙射击手。敌人来了，就把他们消灭。”
　　旅政治部很会做工作，他们抓住王震的这一讲话，很快在三五九旅开展了争当“贺龙投弹手”的竞赛。在后来的冬季练兵中，这一竞赛从三五九旅推广开来，变成了全边区部队的群众性活动，并且发展为争当“朱德射击手”、“贺龙投弹手”的运动。
　　1943年冬季大练兵到1944年3月结束，成绩显著，收效巨大。例如，三五八旅考核的结果是：全旅步枪命中率由百分之四十八点五，提高到了百分之九十点三，重机枪命中率达到了百分之八十四，轻机枪命中率达到了百分之六十八，山炮命中率达百分之百，手榴弹投掷距离由平均25米，提高到了40.69米，并创造了72米的最高纪录，刺杀和超越障碍，也都比较熟练。经过一段时间的巩固和发展，1944年9月联防军司令部召开了模范学习者代表会议，检阅和总结大练兵成果。
　　贺龙在会上讲话说：“我们现在有了投掷72米的投弹手，（发射6发步枪子弹）打60环的神枪手，部队的战斗力大大提高了，但是，为了反攻，仅仅这样还是不够的，我们应当继续求进步。”他说，1944年冬季，我们还要练兵，我们的目标是：“巩固技术，提高战术，把技术与战术结合起来”。
　　“战斗员要提高自己的技术并掌握新技术，指挥员要提高战术指挥能力。”
　　9月25日，模范学习者代表大会在延安东关操场举行军事表演。贺龙、徐向前、肖劲光、谭政陪同毛泽东以及其他在延安的中央领导人前往观看。
　　军事表演一共7项：投弹、射击、刺杀、马术、越障碍、木马、单杠。
　　第一项表演投弹。表演者都投过了45米。
　　毛泽东看了很高兴，对贺龙说：“老总，你练兵练得不错哪！这些同志了不起，真是‘贺龙投弹手’。今后每个战斗员都练成这样的投弹手，那就无敌于天下了。”贺龙说：“我们已经计划普遍开展苦练三大技术的活动。”
　　这时，独一旅投弹手张兆信打了一个精彩的空中爆炸。会场上响起了一阵掌声。毛泽东更高兴了，对贺龙说：“这颗手榴弹打得很巧妙嘛！叫它在哪里炸，就在哪里炸，这很有用处，更能发挥手榴弹的威力了。”贺龙说：“是呀，本领是练出来的，只要苦练，就会越练越精！”毛泽东点头说：“是这样的。”
　　贺龙等领导的联防军大练兵运动，大大提高了部队的军事素质，为1945年在爷台山地区打退胡宗南的进攻以及对日反攻准备了良好的条件。