字又陵，属猴，出生在四川省新繁县龙桥乡『今属成都市的新都区的新繁镇』。1891年入成都尊经书院，戊戌政变后，转学西方的社会政治学说。1905年赴日本留学，入东京法政大学。1910年回国，先后在成都县中学、四川法政学堂任教。辛亥革命后任《西成报》总编辑、《公论日报》主笔、《四川政治公报》主编等职。1917年后任四川法政专门学校、外国语专门学校等校教师。“五四”运动期间，在《新青年》杂志上发表《家族制度为专制制度之根据论》、《儒家主张阶级制度之害》、《吃人与礼教》等文章，猛烈抨击封建专制制度和封建伦理道德，产生了极大的影响，被称为“只手打倒孔家店的老英雄”，成为新文化运动的代表人物之一。1921年起，先后受聘在北京大学、北京师范大学、中国大学、成都大学、四川大学任教。著述有《吴虞文录》、《秋水集》、《吴虞日记》、《吴虞文集》，编有《蜀十五家词》、《国文撰录》、《宋元学案粹语》等。

　　近日，四川师范大学校园内塑起了一座孔子雕像，据报载是国内最高的。这让我想起了我们四川与孔子相关的另一“之最”。20世纪初，老乡吴虞反孔最激烈，被新文化的领军人物胡适之誉为“四川只手打倒孔家店的老英雄”（《〈吴虞文录〉序》）。只所以说他“老”，是因那阵子，胡适之一帮搞新文化运动的朋友不过是二十多岁的青年，另一领军人物鲁迅也才三十出头。而吴虞已年过不惑。这“老”字是带着敬意的。
　　其实，吴虞对旧势力的反抗开始得很早。1892年，20岁的吴虞师从吴之英（王闿运的得意弟子）。他“澹于希世，不事科举”，时人戏称其为吴山人。1905年，带着堂弟吴君毅和所教家馆的弟兄三人赴日求学。1907年，从日本回国，继续在成都教书，并在报上发表文章，还一度主编《蜀报》。在课堂上发表反孔，尤其是非孝、非礼的言论，他曾在廖季平主持的国学院教书，廖坐在门外听。课后，廖对吴说：“你有多大本事，敢非孝非礼？”吴回答：“这都是古人早就说过的，又不是我的创见。”廖无言以对。吴虞后来在《家族制度为专制主义之根据论》、《说孝》、《道家法家均反对旧道德说》等著名文章中，常引道、法诸家之说以反儒，如引老子“大道废，有仁义。智慧出，有大伪。六亲不和，有孝慈。国家昏乱，有忠臣。”提出“然则六亲苟和，孝慈无用”之说，大胆声称：“虽蒙离经叛道之讥，所不恤矣。”
　　著名川籍历史学家唐振常先生说，吴虞“侧身新文化运动，功在反儒，他反儒的核心，在于非孝”（《为〈吴虞集〉的出版说几句话》）。这和他的家庭生活颇有关系。他与父亲感情早已不睦。1892年，母死，即被父亲赶到新繁乡下，到辛亥年，父子大打出手，涉讼法庭，经年不休。官司虽赢，但吴虞不为尊者讳、不为亲者讳的叛逆之举，受到卫道名流的攻击，成了“名教罪人”，被逐出四川教育界。但他有学问，尤其对先秦诸子颇有研究，加之在《新青年》等杂志陆续发表文章，已经名动海内。1921年夏，受蔡元培、胡适之邀请，到北京大学任教，历时四年。期间往来较密者有马幼渔、沈伊默、胡适之、钱玄同、周作人，后来还有郁达夫，与李大钊也有接触，并曾签名于李大钊主稿的《非宗教同盟第二次宣言》。吴虞在北大开诸子文及国文二门课，盛名之下，起初听课者甚众。因为他只重校勘注释，对思想学术的分析，发挥较少，后来便不受学生欢迎。加之不免旧文人习气，生活上搞得太荒唐，弄得满城风雨，学生亦加责问，二十年代中期只好打道回川。此后吴虞逐渐沉寂，礼佛日勤，三十年代后出世思想更浓，1940年代后，杜门不闻外事，几乎成了隐士，在四起的流言中抑郁而终。不过，吴虞至死未改反孔非经的初衷。

亲友
　　堂弟：吴君毅。