如果说宋明时期的重庆行政中心只能从遗址中一窥究竟，那么清代的重庆行政中心则一直存在于人们的生活中。它的最好见证，就是如今的巴县衙门。
　　袁东山说，现存的巴县衙门建筑有两百多年历史，也是重庆保留的最后一座衙门，在清明河郡张云轩绘制的《重庆府治全图》上，我可以一睹当年巴县衙门的全貌，当时的巴县衙门建在川东道和重庆府衙门之间，虽然是基层衙门，修有常规的大堂、二堂、三堂，同时还外修了一道仪门，用以发布告示，增加官府威严，在平面布局上，20多间房围成3个四合院，形成了巴县衙门的大堂、二堂、三堂。
　　其中大堂3间，中间的大房子足有200平方米，有六柱4根，是县太爷审案的地方；二堂同样是3间，是县太爷处理外事的地方，有两列厢房与二堂相连的是三堂，是县太爷的生活起居之所。现在看到的巴县衙门残存的3间房，就是以前的三堂，这10多米高的木结构建筑，飞檐和窗户都有精致雕花。
　　巴县衙门作为中国文史研究史上的一个名牌，它所保存的绝不仅仅是这些看似残破的建筑，而是那些保存的清代巴县档案，可以说，巴县档案才是巴蜀大地出产的真正“百年陈酿”，巴县档案记录了从乾隆十七年到宣统三年共159年间的内政、外交、财经、经济、军事、文化、司法等各方面的情况，是中国时间跨度长、数量最多，保存较完整的清代县属一级地方政权档案，被史学界美誉为“一座内容极其丰富的文献宝库”，国内外学者把清代巴县档案的发现与台湾地区蒋介石的大溪档案、浙江淡江档案相提并论为20世纪档案的重大发现。
　　现在，这些档案保存在四川省档案馆。

明代衙署有了啥新变化
衙署附近修了座监狱占地4000㎡
　　当年的巨大石墙，历经数百年岁月，如今只剩下残存在泥土里的一米余宽基座。石墙围起的4000余平方米范围内，偶尔可见被层叠其上的后代建筑挤压得变了形的青石板。在巴县衙门附近发现的这个明代建筑遗存究竟用来做过什么？
　　袁东山说，它就是明代重庆城衙署的监狱所在地。
　　为什么说这里是明代监狱？
　　袁东山说，这是三峡博物馆内绘于1888年的《重庆府治全图》复制品的“功劳”。“在这张地图上，老鼓楼旁就标注有‘监狱’二字，通过考古现场发掘的遗迹进行判断，图上所绘监狱的模样和考古现场发掘的地基走向完全相符。明清的衙署一脉相承，因此，我们可以判断，这个占地4000平方米的建筑，就是从明代开始就修建完成的监狱所在地。”
　　在木质构件已无迹可寻的情况下，袁东山依据目前发现的残存石质遗址作出推测：“我无法推断监狱的围墙有多高，但可以知道，监狱一共由两堵石墙围成，外墙厚约1.5米，内墙的厚度也达到了1米多，它们围起的面积大约有4000多平方米。”
　　在两堵石墙围起的遗址内，考古队员们还发现了四散分布的青石地板，根据测量，这些青石都被打磨成了80厘米长宽的正方形。袁东山说，这些青石就是明代监狱的地板，在建筑中央的4米余宽通廊两侧，就是狱室所在，“这些狱室中间应该是用木桩隔成了一个个单独的房间，我们目前只能根据史料推断，最大的房间应该有10余平方米，而且内墙之上应该只开有狭小的窗户以供空气流通。”

南宋衙署是个什么样子
川渝山城防御体系的指挥中心
　　人们如今经过巴县衙门，只能看到一座200多年历史的老建筑，可在它的地基之下，还埋藏着南宋时期重庆城的行政和军事中心。
　　作为老鼓楼遗址考古现场负责人，重庆文化遗产研究院副院长袁东山说，南宋淳佑二年（1242年）四川制置司移驻重庆无疑是重庆城市大发展的开端，重庆从普通州府成为西南地区的政治、军事中心。
　　而四川制置司移驻重庆之后的所在地，就在如今的巴县衙门附近。袁东山说，老鼓楼衙署遗址作为四川制置司衙署所在，也是南宋时期川渝地区山城防御体系的指挥中心，与钓鱼城、白帝城、成都云顶山城等共同组成的山城防御体系，成功粉碎了当时蒙军“顺江而下，直取临安”的战略意图，并导致了蒙哥汗败亡钓鱼城下。
　　经过勘察，考古专家们最终确定，该遗址不仅与抗蒙战争有关，而且正是抗蒙山城体系缔造者──余玠的帅府所在地。
　　建于1245年的余玠帅府，究竟是什么样子？经过考古专家们连续20多天的发掘，一座外面包裹着宋代巨石砖的8米余高夯土台展露在了世人面前。
　　整个建筑平面就像一个长宽24米的正方形，“800年前的建筑工人们，从地面一层层夯实建起了一座8米多高的夯土台，再在其上用木材修筑起了余玠的帅府。”
　　“在帅府倒塌之后，夯土台外的砖石直接被人们用作自己住宅的墙面。”袁东山说，正因如此，帅府之下的夯土台，终于逃过了历史车轮的碾压，基本完好地保存至今。
　　在考古发掘中，袁东山的考古队找到了南宋重庆城的轴线之一。“由于重庆是座山水之城，因此不可能像平原城市这样依一条中轴线建设，所以我们找到的这根轴线，只是南宋重庆城筑造中的轴线之一。”
　　顺着这根轴线放眼看去，这座南宋时期的重庆城，虽然仅仅只展露出了冰山一角──2000平方米，但其中街道、排水系统、衙署房基逐一可见。
　　“可以说，南宋时期的重庆城，就是以余玠的帅府为中心向四面八方发散建筑而成。高高矗立在城市中心的余玠帅府，可以俯瞰南宋时期的整个重庆城。”袁东山说。