管轶团队：马来亚穿山甲中发现相关新冠病毒

龙泉山 · 发表于: 2011-7-23 04:07:32

　　管轶，1962年生于江西宁都，医学微生物学专家，英国皇家医学院外籍院士，香港大学于崇光基金教授席（病毒学）、新发病毒性疾病学讲座教授，香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任、香港大学流感研究中心主任，汕头大学·香港大学联合病毒学研究所所长、粤港新发传染病联合实验室主任。
　　管轶1983年毕业于江西医学院，获得学士学位；1989年获得中国协和医科大学硕士学位；1997年获得香港大学博士学位；2000年1月受聘返回香港大学医学院，历任研究助理教授、助理教授、副教授；2001年担任汕头大学医学院/香港大学医学院联合流感中心主任；2005年担任香港大学教授、新发传染性疾病国家重点实验室主任；2007年担任汕头大学微免教研室国际感染与免疫研究所主任；2012年就任香港大学于崇光基金教授席（病毒学）；2016年担任汕头大学·香港大学联合病毒学研究所所长、教育部病毒学与新发传染病国际合作联合实验室主任；2019年担任粤港新发传染病联合实验室主任。
　　管轶长期从事流感和其他新发呼吸道病毒的生态、演化和发病机制研究，是最早分离出SARS病毒并最先提出果子狸是SARS冠状病毒宿主的科学家之一。

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新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情 | 野生动物 | 穿山甲 | 华南海鲜市场

解解花语声 · 发表于: 2020-3-27 14:35:41

源自：健康时报

原文标题：管轶团队：马来亚穿山甲中发现相关新冠病毒

　　（人民日报健康客户端记者董颖钰）3月26日，汕头大学-香港大学联合病毒研究所著名病毒学家管轶教授团队在自然杂志上发表题为“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins”的研究，报道了团队在马来亚穿山甲中发现了相关新冠病毒。
　　研究团队在来自马来亚穿山甲的样品中发现了SARS-CoV-2的两个亚种，包括一个在受体结合域与SARS-CoV-2表现出很强的相似性（97.4%），这些结果表明穿山甲可能是新型冠状病毒转染给人的中间宿主。

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自然杂志官网截图
　　研究人员先对2017年8月至2018年1月来自广西的18只马来亚穿山甲的冷冻血液样本以及肺、肠样本进行了分析。通过RNA高通量测序，研究人员发现43个样本中有6个样本（两个肺，两个肠，一个肺肠混合，五只穿山甲的血液）存在冠状病毒。
　　通过序列数据并用扩增子测序填充间隙后，研究人员进行了系统发育分析，最终得到了六个属于SARS-CoV-2谱系的完整的或接近完整的基因组序列。其中一个序列（GX/P2V）的基因组序列与原样本的宏基因组测序得到的5个序列具有很高的相似性（99.83-99.92%），均具有与SARS-CoV-2相似的基因组框架。
　　除了来自广西的动物，研究人员还分析了广州海关技术中心在2019年3月反走私行动中获取的五份存档的穿山甲样本。高通量测序后，研究人员发现该样本包含冠状病毒序列。
　　更值得注意的是，研究人员通过对穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和人类SARS-CoV-2之间重组信号的观察发现，尽管在其他区域SARS-CoV-2与蝙蝠的冠状病毒RaTG13最接近，但是SARS-CoV-2与广东穿山甲冠状病毒的受体结合域有很高的序列相似性（氨基酸序列97.4%相似）。这些结果表明，穿山甲可能是这些病毒的重要宿主。
　　研究认为，冠状病毒包括新型冠状病毒，显然存在于亚洲的许多野生哺乳动物中。虽然流行病学、致病性、物种间的传染性数据显示，穿山甲的冠状病毒仍有待研究。但是作者强烈建议，处理这些动物需要相当谨慎，并应严格禁止在市场销售。作者呼吁需要进一步监测中国和东南亚自然环境中的穿山甲，我们需要了解他们在冠状病毒的出现和未来人畜共患病风险中的传输作用。

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　　管轶教授曾在非典期间，最早分离出SARS病毒，并最先提出果子狸是SARS冠状病毒中间宿主的科学家之一。1月21日~22日，管轶教授和团队来到武汉，希望可以帮助找到动物源和对防疫工作的合作。他曾在接受财新采访时表示，在武汉找寻动物源头的工作上“吃了不少闭门羹，愿意合作的科研机构并不多。”
　　离开武汉后，管轶和团队一直潜心于汕头大学和香港大学联合病毒研究所中，对新冠病毒及其引发的疾病进行系统研究。
　　2月18日，凤凰网“香港號”曾与他通电话，得知管轶没有被任何议论所干扰，专心于对这场他早就意识到其严重性的新冠肺炎的来龙去脉进行科学探究。
　　聚焦新型冠状病毒肺炎疫情全球多国爆发新冠肺炎疫情

和硕贝勒 · 发表于: 2020-3-27 07:35:58

源自：澎湃新闻

原文标题：管轶团队自然发文：穿山甲带新冠相关病毒，但未必是中间宿主

　　围绕新冠病毒起源的问题在科学界仍然是个迷。当地时间3月26日，顶级学术期刊《自然》（Nature）在线发表论文“Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins”。该项研究通讯作者为香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授。值得注意的是，该成果是以“加快评审文章”（Accelerated Article Preview）的形式上线，接收时间为当地时间3月17日。
　　管轶现为香港大学新发传染病国家重点实验室主任，以及流感研究中心主任。2003年“非典”时期，管轶团队率先分离出SARS病毒，并证实了果子狸是SARS的中间宿主，也是人类感染SARS的直接来源。基于中间宿主的清晰及管轶等人的上报，广东省随后清除市场上的果子狸，从而有效遏制了SARS疫情的扩散。

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　　在此次这项最新研究中，管轶等人报告了在中国南部反走私行动中查获的穿山甲（哺乳纲鳞甲目）中发现了新冠病毒相关的冠状病毒。他们发现，穿山甲相关的冠状病毒属于新冠病毒相关冠状病毒的两个亚型，其中一个亚型的受体结合域与新冠病毒非常接近。
　　作者们认为，研究发现的多种穿山甲冠状病毒谱系及其与新冠病毒的相似性表明，应该考虑将穿山甲视作这次新型冠状病毒的潜在中间宿主，并应将其从菜市场上清除，以防止人畜共患传播。
　　当然，根据目前的研究，研究团队认为尚不足以说明穿山甲是直接参与此次疫情暴发的中间宿主。但迄今为止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一发现被新冠病毒相关冠状病毒感染的哺乳动物。它们至少可能在冠状病毒群落生态学中发挥重要作用。
　　在此次新冠病毒引发的疫情中，最早对外表示穿山甲或扮演重要作用的是华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研人员联合中国人民解放军军事科学院及广州动物园科研部的团队，他们在2月7日公布了研究结果：穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。
　　值得一提的，穿山甲是所有哺乳动物中非法贩卖最为严重的，被用作食物来源，鳞片还被入药。因此，穿山甲近年来越来越受到关注，中华穿山甲等穿山甲物种现在已被世界自然保护联盟（IUCN）列为濒危物种红色名单上的极危物种。

多批次穿山甲样品检测呈冠状病毒阳性
　　本次新冠疫情的暴发暂时被认为与武汉华南海鲜市场有关，该市场出售的野生动物可能是人畜共患病感染的来源。尽管蝙蝠很可能是新冠病毒的宿主，但目前还不清楚转移病毒的中间宿主。
　　管轶等人此前在2017年8月至2018年1月期间收集到18只马来穿山甲的冷冻组织（肺、肠、血）样本。这些穿山甲是在广西海关缉私行动中获得。

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　　系统发育分析，描述了新冠病毒、本研究获得的穿山甲冠状病毒序列、其他冠状病毒之间的进化关系。
　　值得注意的是，这些样本的RNA高通量测序显示，43个样本中的6个（2个肺，2个肠，1个肺肠混合物，1份血液）存在冠状病毒。研究团队随后获得6个全长或近全长基因组序列，标记为GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E、GX/P5L。这些病毒也具有类似新冠病毒的基因组结构，有11个预测开放阅读框。研究团队还成功分离了病毒。
　　基于新的基因组序列，研究团队设计了qPCR检测引物，以确认原始样本对冠状病毒呈阳性。
　　接下来，研究团队对2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步qPCR检测。12只穿山甲的19个样本（9个肠组织，10个肺组织）中，3个肺组织样本呈冠状病毒阳性。
　　除了这些来自广西的穿山甲，此次疫情暴发后，广州海关技术中心也重新检测了他们在3月的反走私行动中查获的5份存档的穿山甲样品（2份皮肤组织，1份未知组织，1份鳞片），这些样本中同样发现了冠状病毒。
　　通过高通量测序，研究团队发现鳞片样品中包含冠状病毒序列，用这些数据组装了一个21505bp的部分基因组序列（标记为GD/P2S），可以代表新冠病毒基因组的72%。
　　值得注意的是，2019年在广东进行的另一项关于患病穿山甲的研究也从肺样本中发现了与新冠病毒相似的病毒重叠群。通过不同的组装方法和人工筛选，获得了约占全长病毒基因组86.3%的部分基因组序列（标记为GD/P1L）。
　　这些在穿山甲中发现的冠状病毒的基因组，与新冠病毒基因组相似率在85.5%～92.4%，并在系统进化树中代表了新冠病毒相关病毒的两个亚型，其中GD/P1L和GD/P2S在内的亚型与新冠病毒密切相关。

穿山甲可能冠状病毒长期宿主，但和新冠病毒并非最接近亲缘关系
　　新冠病毒属于β冠状病毒属的Sarbecovirus亚属，此前已有一些研究注意到，Sarbecovirus亚属的冠状病毒成员均经历了广泛的基因重组。
　　为了验证上述观点，研究团队进一步进行了重组分析重组，分析显示，蝙蝠冠状病毒ZC45和ZCS21可能是重组体，包含多个SARS-CoV相关谱系（基因组区域2、5、7）和新冠病毒相关谱系的基因组片段，包括来自此次穿山甲的基因组片段（区域1、3、4、6、8）。
　　然而，更值得注意的是，研究团队观察到穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13和新冠病毒之间推测的重组信号。特别是，尽管新冠病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13在病毒基因组的其余部分关系最为密切，但新冠病毒和广东穿山甲的受体结合域（RBD）氨基酸同源性为97.4%，而RaTG与新冠病毒的受体结合域的氨基酸同源性仅为89.2%
　　事实上，广东穿山甲冠状病毒和新冠病毒在RBD的5个关键残基上拥有相同的氨基酸，而RaTG13和新冠病毒只有一个氨基酸相同。然而，只针对RBD的同义位点系统发育分析显示，广东穿山甲冠状病毒并非新冠病毒的最接近亲缘关系。

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　　因此，研究团队推测，广东穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间RBD的氨基酸同源性可能是由于选择性介导的趋同进化，而不是重组引起的。当然，根据现有数据仍然很难判断。这种观察和人与穿山甲ACE2序列相似度（84.8%）高于人与蝙蝠ACE2序列相似度（80.8%～81.4%）是一致的。
　　论文提到，重组或趋同进化的发生进一步强调了中间动物宿主在人类病毒出现中的作用。然而，重要的是，迄今发现的所有穿山甲冠状病毒的刺突蛋白（S蛋白）都没有看到在S1/S2交界处有插入多碱基（类似弗林）酶切位点。这一插入特征目前可以将新冠病毒和β冠状病毒（包括RaTG13）区分开来，该特征也可能促进了新冠病毒在人群中的迅速传播。
　　迄今为止，穿山甲是除了蝙蝠之外，唯一被新冠病毒相关冠状病毒感染的哺乳动物。
　　在这项研究中，研究团队在穿山甲中发现了2个相关的冠状病毒谱系，它们都与新冠病毒相关。这表明穿山甲可能是这些病毒的长期宿主。

或从蝙蝠等其他动物宿主中获得新冠病毒相关病毒
　　但令人惊讶的是，穿山甲是独居动物，种群规模相对较小，且处于濒危状态。然而不能排除的是，穿山甲从蝙蝠或其他动物宿主中独立获得了新冠病毒相关病毒。因此，它们在新冠病毒出现中的作用仍不清楚。
　　值得注意的是，这两种穿山甲冠状病毒都是从走私而来的马来穿山甲中获得，很可能来自东南亚，而它们在本土地区所保持的病毒多样性目前未知。
　　研究团队认为，毫无疑问，穿山甲种群中冠状病毒的传播程度需进一步调查，但在广西和广东省的新冠病毒相关冠状病毒的反复感染表明，穿山甲可能在冠状病毒群落生态学中发挥重要作用。
　　研究团队提到，包括那些与新冠病毒相关病毒在内的冠状病毒，在亚洲的许多野生哺乳动物中明显存在。虽然穿山甲冠状病毒的流行病学、致病性、种间传染性和传播性仍有待研究，但此次研究提供的数据强烈表明，处理这些动物需要相当谨慎，应严格禁止在菜市场出售。
　　他们还提到，对中国和东南亚自然环境中穿山甲的进一步监测显然也是必要的，以了解它们在新冠病毒出现中的作用以及未来人畜共患病传播的风险。
　　聚焦新型冠状病毒肺炎疫情

丁丹 · 发表于: 2020-2-21 09:54:00

源自：环球科学

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马来穿山甲（图片来源：IUCN Red list）
　　两周前，华南农业大学的团队提出，穿山甲是新冠病毒的潜在中间宿主。但由于论文仍未发表，因此其依据尚不明确。现在，管轶团队领导的一项研究再次表明，穿山甲可能与此次病毒的暴发存在关系。在这篇预印本论文中，研究团队对反走私行动中缴获的马来穿山甲进行分析后发现，穿山甲携带与新冠病毒相似的冠状病毒。不过，穿山甲是否为中间宿主、其病毒来源是什么等问题还有待进一步确认。此外，这篇论文也再次用证据驳斥了新冠病毒“人工合成”的阴谋论。

⊙编译：吴非

　　上个月，多项研究已经指出，新冠病毒与蝙蝠体内的冠状病毒有着较高的基因组相似度与同源性，因此蝙蝠很可能是新冠病毒的天然宿主。但是，病毒是通过什么中间途径，从蝙蝠传至人体的？对于新冠病毒的中间宿主，仍没有最终结论。
　　两周前，华南农业大学的研究团队在新闻发布会上称，他们发现从穿山甲中分离的病毒株与感染人的新冠病毒毒株相似度达99%，因此提出穿山甲是新冠病毒的潜在中间宿主。不过由于相关论文尚未发布，因此我们暂时无法获知这项研究的细节与具体数据。
　　现在，另一项由管轶教授领衔的研究再次将穿山甲与新冠病毒联系在一起。2月19日，这项研究出现在生物预印本网站bioRxiv上。论文主要作者来自汕头大学-香港大学联合病毒学研究所。

发现病毒
　　由于在传统医学中穿山甲的鳞片被认为可以入药（尽管现代成分分析表明，其主要成分为角蛋白，与人的指甲成分相似），加上一些地区存在食用穿山甲的行为，穿山甲成为遭受非法盗猎最频繁的哺乳动物。目前，在中国大陆，中华穿山甲已经几乎在野外绝迹，而从非洲、东南亚地区走私穿山甲的犯罪行为仍屡禁不止。
　　这项研究重点研究的对象，正是2017年8月至2018年1月，广西海关在反走私行动中缴获而来的马来穿山甲（Manis javanica）。马来穿山甲又名爪哇穿山甲，分布于东南亚各国的森林。
　　这项研究对来自18只个体的43份冷冻组织（包括肺、肠、血液）样本进行了RNA高通量测序。结果，研究者从其中6份样本（两份肺部样本、两份肠样本、一份肺-肠混合样本，以及一份血液样本）中发现了冠状病毒。
　　获得6份样本中冠状病毒的基因组序列后，进一步的分析显示，这些冠状病毒与新冠病毒都属于同一谱系。这些病毒的基因组结构也与新冠病毒的相似。
　　研究者还对比检测了2018年5-7月缴获的另一批穿山甲的样本，从来自12只个体的19份样本中，他们在3份肺组织样本中再次检测出冠状病毒。
　　除了上述来自广西海关的样本，在COVID-19疫情暴发后，广州海关技术中心重新检测了5份之前缴获的穿山甲样本（包含两份皮肤拭子、一份鳞片及一份未知部位的组织样本），并从鳞片样本中检测出病毒。（作者表示，这些病毒可能来自其他组织的污染）
　　而2019年广东的另一项研究，也从穿山甲中检测出与新冠病毒相似的病毒重叠群（高通量测量产生的序列拼接而成的片段）。组装产生的基因组序列占病毒基因组全长的86.3%，为与其他病毒进行基因组比对提供了材料。

同一谱系
　　这些检测显示，冠状病毒在穿山甲中普遍存在。那么，这些穿山甲携带的冠状病毒，与新冠病毒的相似度究竟有多高，它们在演化上有着怎样的关系？
　　为了解答这些问题，研究者首先比较了来自穿山甲的冠状病毒与新冠病毒的基因组相似度。结果显示，其相似度在85.5%~92.4%之间。如果这组数据还不够直观，冠状病毒的系统进化树（见下图）则更加清晰地展现出这些病毒的关系。

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图中红色区域为新冠病毒所在谱系，其中红点表示来自穿山甲的冠状病毒
　　从图中可以看出，穿山甲携带的病毒均与新冠病毒位于同一谱系，而SARS病毒则属于另一谱系。具体看图中红色谱系，这些穿山甲的病毒分布在两个亚谱系上，其中一个（GD/P1L和GD/P2S）与新冠病毒非常接近，说明两者在演化上存在密切的关系。
　　来自不同穿山甲个体的冠状病毒都位于与新冠病毒相关的谱系上，因此研究人员猜想，马来穿山甲可能是这类病毒的长期天然宿主。考虑到穿山甲是独居动物，且种群规模也较小，这一点尤其令人惊讶。当然，研究人员也指出，这并不能排除它们通过蝙蝠或其他动物宿主独立感染新冠病毒相关病毒的可能性。

趋同演化？
　　为了追溯穿山甲的冠状病毒的来源，研究分析了广东的穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒RaTG13（正是此前石正丽团队发现的，与新型冠状病毒基因组相似性较高的病毒）和新冠病毒这3类冠状病毒中，刺突蛋白受体结合域（RBD）的氨基酸序列同源性。受体结合域是病毒用于结合细胞上受体的区域，其氨基酸序列同源性高低，可以反映病毒演化上的关系。
　　研究发现，新冠病毒与穿山甲冠状病毒RBD的氨基酸序列同源性高达97.4%，而新冠病毒与RaTG13的同源性只有89.2%。此外，新冠病毒与穿山甲冠状病毒的5个关键残基上，拥有相同的氨基酸；而新冠病毒与RaTG13只有一个。

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图中红框内为关键残基上的相同氨基酸
　　这两项结果说明，穿山甲的冠状病毒与新冠病毒的受体结合域高度相近。因此作者认为，这种相似性更可能源于自然选择导致的趋同演化，而不是基因重组。这一结果也再次驳斥了新冠病毒“人工合成”的阴谋论。
　　总体而言，这篇尚未经过同行评议正式发表的论文，证实了穿山甲携带的病毒与新冠病毒的密切关系，表明穿山甲有可能成为新冠病毒传染至人体的宿主。
　　作者也表示，考虑到走私穿山甲的路径，这些冠状病毒可能来自东南亚，但目前我们对当地的病毒多样性缺乏了解。接下来，对中国及东南亚自然环境中穿山甲的研究，将为理解新冠病毒起源，以及未来潜在的人畜共患疾病传染风险提供重要线索。
　　但不管怎样，无论是从人类自身健康还是生态与物种保护的角度考虑，对穿山甲等野生动物的非法捕猎与交易都应该停止了。
　　原始论文：
　　https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1

火星飞鱼 · 发表于: 2020-2-20 16:26:00

源自：新京报

原文标题：管轶新论文：穿山甲中发现冠状病毒，与新冠相似度约9成
⊙记者：李玉坤　编辑：樊一婧　校对：翟永军

　　基因组测序显示，这些在穿山甲身上新发现的冠状病毒与感染人的新冠病毒有大约85.5％至92.4％的相似性，分属2019-nCoV相关冠状病毒的两个子谱系。
　　新京报快讯（记者：李玉坤）医学论文预印本网站bioRxiv2月18日发表了香港大学医学院教授管轶、广西医科大学胡艳玲等人论文，论文提到，在广东、广西截获的从东南亚走私来的穿山甲中，发现了冠状病毒，并且与新冠病毒（2019-nCoV）的相似度在85.5%到92.4%之间。
　　这篇名为Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China（华南地区马来亚穿山甲中2019-nCoV相关冠状病毒的鉴定）的论文认为，尽管蝙蝠可能是2019-nCoV的原始宿主，但尚不清楚任何有助于转移给人类的中间宿主的身份。
　　论文报告了中国华南地区在反走私行动中查获的穿山甲中2019-nCoV相关冠状病毒的鉴定。基因组测序显示，这些在穿山甲身上新发现的冠状病毒与感染人的新冠病毒有大约85.5％至92.4％的相似性，分属2019-nCoV相关冠状病毒的两个子谱系。

华南市场被清理增加宿主动物寻找难度
　　论文提到，许多早期病例与湖北省武汉市的华南海鲜市场有关，推测可能是这次人畜共患病新冠肺炎的来源。目前，中国疾病预防控制中心仅报告了从市场上获取的环境样品2019-nCoV呈阳性。但是，由于类似的生鲜市场（wet market）已经被证明了与2002-2003年的SARS暴发有关，因此野生动物似乎也可能参与了2019-nCoV的出现。
　　暴发前，华南海鲜市场上有许多非水生哺乳动物可供购买。不幸的是，由于市场在疫情暴发后不久就被清理了，因此从市场确定野生动物中的源病毒具有挑战性。尽管现已鉴定出2013年从云南菊头蝙蝠中取样的冠状病毒与2019-nCoV密切相关，但尚未在其他野生动物物种中检测到紧密相关的病毒。
　　论文认为，穿山甲发现的冠状病毒的多个谱系与2019-nCoV极其相似，穿山甲应被视为新冠病毒可能的中间宿主，应严禁在生鲜市场中出售，以防止人畜共患病传播。

广西、广东查获的穿山甲都带有冠状病毒
　　研究人员调查了穿山甲的病毒组成。他们表示，这种动物是哺乳动物中最不合法贩运的动物：它们既被用作食物来源，其鳞片也被用作传统中药。在世界自然保护联盟濒危物种红色名录中，许多穿山甲种类被视为极度濒危。
　　论文研究者收到了从18只马来亚穿山甲收集的冷冻组织（肺、肠、血液）样品，这些穿山甲是2017年8月至2018年1月广西海关在反走私行动中获得的。这些组织中RNA的高通量测序显示，43个样本中的6个（两个肺、两个肠、一个肺肠混合物、一个血液）中存在冠状病毒。研究者对2018年5月至7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步的qPCR测试，12只动物中的19个样本（9个肠组织、10个肺组织）中，有3个肺组织样本呈冠状病毒阳性。
　　除了来自广西的动物外，在新冠疫情暴发后，广州海关技术中心重新检查了他们在以前的反走私活动中获得的5份存档的穿山甲样品（两张皮肤拭子、一个未知组织、一个鳞片）。经过高通量测序后，鳞片样本被发现含有冠状病毒读段，与2019-nCoV基因组相似度72％。实际上，鳞片上的病毒序列可能来自其他受感染穿山甲组织。另外，2019年广东患病穿山甲肺样本中检测出的病毒群也与2019-nCoV有关。
　　论文表示，这些穿山甲冠状病毒基因组与新冠病毒有85.5％至92.4％的相似性，在系统树中可以表示为2019-nCoV的两个亚系。

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观测到了冠状病毒重组的信号

　　先前已经注意到，β冠状病毒属的sarbecovirus亚型的成员经历了广泛的重组。重组分析显示，蝙蝠中发现的两个冠状病毒毒株可能是重组体，包含来自多个SARS病毒相关谱系和新冠病毒相关谱系（包括从穿山甲中发现的冠状病毒的谱系）的基因组片段。
　　更值得注意的是在穿山甲中发现的冠状病毒和在蝙蝠中发现的冠状病毒，以及人类新冠病毒之间观察到了重组信号。受体结合域方面，新冠病毒与广东穿山甲中发现的冠状病毒表现出非常高的序列相似性。
　　迄今为止，穿山甲是除蝙蝠以外唯一被2019-nCoV相关冠状病毒感染的哺乳动物。在穿山甲中发现了两个相关的冠状谱系，它们都与2019-nCoV相关。这表明这种动物可能是这些病毒的长期宿主。
　　穿山甲是相对较小种群数量的动物，状态濒危，但不能排除穿山甲是从蝙蝠或其他动物宿主中独立获得2019-nCoV相关病毒。值得注意的是，这些病毒可能从来自东南亚的被贩运的马来亚穿山甲中获得，人们对这种动物在其本土地区所携带的病毒多样性认识十分缺乏。
　　论文表示，穿山甲群中病毒传播的程度尚需进一步调查，但广西和广东在穿山甲中反复检测出2019-nCoV相关冠状病毒表明，穿山甲可能是新型冠状病毒的潜在重要宿主。冠状病毒，包括与2019-nCoV相关的冠状病毒，显然存在于亚洲的许多野生哺乳动物中。尽管穿山甲中冠状病毒的流行病学、致病性、种间传染性和可传播性尚待研究，但处理这些动物需要相当谨慎，应严格禁止在生鲜市场中出售它们。为了了解穿山甲在新冠病毒出现中的作用以及未来人畜共患病传播的风险，显然需要对中国和东南亚自然环境中的穿山甲进行进一步监测。

追问1
论文中的这几批穿山甲哪里来的？
　　论文提出，广西和广东检测的几批马来亚穿山甲，可能都是来自东南亚走私。
　　近年来，广东、广西海关多次查获从东南亚走私的穿山甲及其鳞片。2016年5月，东兴海关破获一起重大涉嫌走私穿山甲案，查获走私入境的国家二级保护动物活体穿山甲15只。2018年，广西东兴海关共查获走私穿山甲活体90只，还查获了200公斤穿山甲鳞片。
　　2017年8月17日，钦州海警向广西自治区林业厅移交其查获的走私入境马来亚穿山甲34只，其中32只活体，2只死体。广西陆生野生动物救护研究与疫源疫病监测防控中心（简称“广西野生动物救护中心”）接收了这批穿山甲，2个月后陆续发病和衰竭死亡。
　　2019年3月23日，海关总署缉私局统一部署和广东分署缉私局直接指挥开展的“守护者2019”打击濒危物种走私专项行动，查获103只活体穿山甲，其中68只活体被送往广西野生动物救护中心进行紧急抢救。中国生物多样性保护与绿色发展基金会（简称绿发会）志愿者参与了这批穿山甲的救治。记者从绿发会了解到，送往广西野生动物救护中心的68只穿山甲，截至2019年4月11日存活36只。送往广东野生动物救护中心的穿山甲截止到2019年5月23日，存活3只。

追问2
这些穿山甲当时感染什么病毒？
　　2017年8月，广西野生动物救护中心接收34只马来亚穿山甲，2个月内全部死亡。这件事一度引发质疑。
　　2018年8月6日，有媒体报道这批穿山甲冻体仍存放于冻库中。救护中心称，在该批次穿山甲中，有33只穿山甲携带高致病病毒。当时，中心主任廖河康表示，相关样本已由中国军事科学院微生物流行病研究所检测。
　　绿发会2月20日告诉记者，他们一直申请公开病毒的名称，但是从国家林草局2次行政复议，到东城区法院、北京二中院，一直到北京高院去年的受理，都没有公开，“我们补充了2次证据材料，都没有回复”。
　　近日，广西野生动物救护中心就“2017年8·17批次马来亚穿山甲全部死亡作出回应”。回应称，该批次穿山甲移送到中心进行救护时已携带有疾病，经救护中心采样送国内相关机构检测，检测出感染了犬型细小病毒，在救护期间疾病发作等多种原因导致死亡，相关信息已全部向社会公开，并对检测机构名称的失误做了更正。
　　广西野生动物救护中心同时表示，基于“8·17”批次34只马来亚穿山甲全部感染了犬型细小病毒，并导致全部死亡，从动物疫病防控角度出发，中心将该病毒列为对马来亚穿山甲产生疾病危害的高致性病毒，属于动物间高致病性病毒，并不是公众所理解的导致人兽共患的高致病性病毒。细小病毒是DNA病毒，属于细小病毒科细小病毒属的病毒；新型冠状病毒是RNA病毒，属于冠状病毒科冠状病毒属的病毒，两者毫不相干。虽然华南农大等单位发布了穿山甲携带的病毒与新型冠状病毒99%相似，并明确穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主，但并不能说明中心收容救护的穿山甲就携带有新型冠状病毒，也与救护中心对“8·17”批次马来亚穿山甲检测出高致病性病毒──犬型细小病毒是完全不同的两个结果，更与当前全国暴发的新型冠状病毒感染肺炎疫情完全扯不上关系。

追问3
武汉有没有出售穿山甲？
　　目前已知的穿山甲有中华穿山甲、印度穿山甲、马来亚穿山甲、菲律宾穿山甲、大穿山甲、树穿山甲、南非穿山甲和长尾穿山甲8个品种，分布在亚洲和非洲南部的热带和亚热带地区。其中，中华穿山甲主要分布在中国长江以南地区。
　　但是，2019年6月，绿发会结合穿山甲保护项目合作伙伴、志愿者的红外相机野外记录和走访情况，近3年内，仅有效记录并查证到11只中华穿山甲，且在中国大陆地区长期未监测到中华穿山甲野外种群的存在，宣布中华穿山甲在大陆功能性灭绝。
　　2018年10月，长江日报报道称，在武汉一只穿山甲因四只脚被“草绳”缠住，困在马路中间动弹不得。东西湖常青花园派出所110值班民警接警后，立即赶到事发地点了解情况。民警将缚在穿山甲脚上的草绳解开，随后，与6村小区物业工作人员及陈先生一道，将这只穿山甲送至常青花园社区附近的林地放生。有人用随身携带的弹簧秤称了一下，发现这只穿山甲重约4公斤。
　　这件事的后续很有趣，就在绿发会要到当地调查的时候，当地派出所答复称，他们没有放生过穿山甲，并强调如果是穿山甲的话，他们肯定会联系森林公安等，不能自己随意放生。据派出所民警表示，他们当时放生的是一只刺猬。但是，长江日报的相关报道至今没有删除。
　　这只“穿山甲”被发现的位置，距离华南海鲜市场三公里左右。
　　新京报记者曾在1月下旬探访武汉华南海鲜市场，一家商铺的李姓老板告诉记者，市场售卖野生动物的摊位集中在西区中部一条长廊，“偷着卖那多少是有的”。另有媒体拍到市场西区六街尽头遗弃的动物尸体和内脏。

讲述
“穿山甲女孩”记录到穿山甲咳嗽、气喘
　　2019年3月底，海关总署缉私局统一部署、广东分署缉私局直接指挥开展了一次名为“守护者2019”的打击濒危物种走私专项行动，抢救了103只穿山甲活体，其中部分穿山甲被移交至广东省野生动物救护中心。
　　绿发会工作人员“穿山甲女孩”志愿参与照顾这些穿山甲。
　　“进入去年5月，广州一连几天下大雨，穿山甲寄居的笼舍温度很低，估计是受凉的原因，剩下的三只穿山甲分别出现流鼻涕、鼻塞、气喘。”穿山甲女孩2月20日告诉记者，专家称穿山甲的这些感冒症状是第一次被人记录到。
　　“守护至5月中旬时，我身上开始奇痒无比，胳膊上、腿上出现成片的红点。”“穿山甲女孩”说，“我每天几乎24小时的陪护，可能是被什么虫子咬了。但我还是坚持观察记录，给穿山甲拔蜱虫，为感染眼疾的一只穿山甲滴眼药、处理尾部化脓。当时的防护很简单，就是戴口罩、手套、白大褂，自己并不曾感冒或被病毒感染，现在想想很幸运。”

化妆品嚎 · 发表于: 2020-2-20 16:14:00

源自：雷锋网

原文标题：管轶新证据再次指向穿山甲！与新冠病毒氨基酸相似度达 97.4%

　　新冠病毒潜在中间宿主的矛头已经不是第一次指向穿山甲了！
　　2020年 2月 7日，华南农业大学针对新型冠状病毒肺炎疫情研究攻关情况举行了新闻发布会。华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室教授沈永义、肖立华等科研人员会上表示，穿山甲可能为新冠肺炎的潜在中间宿主。
　　而近日顶尖病毒学家管轶领衔的研究，成为穿山甲是中间宿主的又一力证──2020年 2月 18日，香港大学管轶团队与广西医科大学胡艳玲团队的名为《中国南方马来亚穿山甲中 2019-Ncov 相关冠状病毒的鉴定》（Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China）的论文在预印本网站 bioRxiv 上发表。

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【图片来源：bioRxiv 所有者：bioRxiv】
三批穿山甲样本的分析与研究　　那么回到这篇论文本身，首先要明确──在所有哺乳动物中，穿山甲的非法贩运次数是最多的。它们既被用作食物来源，也被用于中医药。在世界自然保护联盟的濒危物种红色名录上，许多穿山甲物种现在被认定为是极度濒危的。因此，管轶团队从被走私的穿山甲中着手调查。
　　具体来讲，研究团队对三批穿山甲样本进行了分析与研究（样本中还包括穿山甲“药材”）。

首先，团队收集了 2017年 8月～2018年 1月广西海关在反走私行动中查获的 18 个冷冻穿山甲的（肺，肠，血液）等 43 个组织样品。
　　RNA 高通量测序显示，43个样本中有 6 个存在冠状病毒：2 个在肺，2 个在肠，1 个是肺肠混合物中，1 个是血液中。
　　据悉，使用肠-肺混合样本，能够使用 Vero-E6 细胞系分离出一种新的乙型冠状病毒属。
　　同时，利用序列读取数据，并通过用扩增子测序填补缺口，团队在系统发育分析中获得了 6 个完整或接近完整的基因组序列──表示为 GX/P1E、GX/P2V、GX/P3B、GX/P4L、GX/P5E 和 GX/P5L──它们属于 2019-Ncov 谱系（图 A）。这些病毒具有与 2019-Ncov 相似的基因组组织，具有 9 个预测的开放阅读框（图 B）。

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接着，研究团队对 2018年 5-7月间的一批穿山甲样品进行了进一步 qPCR 检测，发现 12 只穿山甲的 19 个样本（9 个肠组织，10 个肺组织）中，3 个肺组织样本呈冠状病毒阳性。因此，两批穿山甲样本中的冠状病毒一致。

最后，管轶团队联系了广州海关技术中心，中心重新检测了他们在 2019年 3月反走私行动中查获的 5 个归档穿山甲样品（包含 2 个皮肤拭子，1 个不明组织，1 个鳞片），这些样本中同样发现了冠状病毒。
样本中的冠状病毒属新冠病毒的两个亚型　　基于此，研究团队生成了占全长病毒基因组 86.3% 的部分基因组序列，今儿发现：在穿山甲样本中发现的冠状病毒基因组，与本次的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组相似率为 85.5％-92.4％，属于此次新冠病毒的两个亚型，其中一个受体结合域（GD/P1L 和 GD/P2S）与新冠病毒密切相关。

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雷锋网了解到，新型冠状病毒属于 β 冠状病毒属的 Sarbecovirus 亚属，而早前 Sarbecovirus 亚属的冠状病毒成员经历了广泛的基因重组。
　　管轶团队的进一步分析结果显示，蝠冠状病毒 ZC45 和 ZCS21 包含多个 SARS-CoV 相关谱系（基因组区域 2、5、7）和新冠病毒相关谱系（包括此次穿山甲中发现的病毒谱系）的基因组片段（区域 1、3、4、6、8）。
　　而更重要的是，团队在穿山甲冠状病毒、蝙蝠冠状病毒 RaTG13 和新冠病毒之间观察到了推测的重组信号，特别是新冠病毒与广东穿山甲冠状病毒的受体结合域的氨基酸序列相似性高达 97.4%。尽管新冠病毒在病毒基因组的其余部分与蝙蝠冠状病毒最相关，但蝙蝠冠状病毒 RaTG 与其受体结合域的氨基酸相似度仅 89.2％。
　　同时，在共享氨基酸方面，广东穿山甲冠状病毒和新冠病毒在病毒受体区域的 5 个关键残基（如下图红框部分）上共享氨基酸，而蝙蝠冠状病毒只与新冠病毒共享一个氨基酸。

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另外，系统发育分析表明，广东穿山甲冠状病毒并非新冠病毒的最接近亲缘关系。
　　因此，虽然当前无法给出确切结论，但研究团队推测，广东穿山甲冠状病毒与新冠病毒之间的氨基酸相似性可能是由于趋同进化，并非由重组引起，同时这也进一步证明了中间动物宿主对人类病毒出现所起的作用（这也破解了此前的“人造病毒”阴谋论）。

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除蝙蝠外唯一被新冠病毒感染的哺乳动物
　　雷锋网了解到，穿山甲是截至目前除蝙蝠外唯一被新冠病毒感染的哺乳动物。而在穿山甲中发现了 2 个冠状病毒谱系，且冠状病毒谱系都与新冠病毒有关，自然就表明穿山甲很可能是新冠病毒的长期宿主。
　　但论文也提到了另一种可能性──穿山甲独立于蝙蝠或其他动物宿主，获得了新冠病毒相关的病毒。而这个推论在很大程度上也与穿山甲的来源有关──上述穿山甲样本大多来自东南亚，穿山甲所携带的病毒多样性可以说是神秘莫测。
　　实际上，正如研究团队所强调：
　　冠状病毒，包括与新冠病毒有关的病毒，在亚洲的许多野生哺乳动物中都明显存在。
　　因此，对于穿山甲传播病毒的流行病学、致病性、种间传染性和传播性等，还需进一步研究和调查。但不可否认的是，这项研究再次为新冠病毒中间宿主的研究指出了方向。
关于管轶　　这篇论文的通讯作者之一便是管轶。

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【雷锋网（公众号：雷锋网）注：管轶及其团队，图源百度百科】
　　实际上，管轶是一名医学微生物学专家，英国皇家医学院外籍院士，香港大学于崇光基金教授席（病毒学）、新发病毒性疾病学讲座教授，香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任、香港大学流感研究中心主任，汕头大学·香港大学联合病毒学研究所所长、粤港新发传染病联合实验室主任。
　　2003年，管轶团队率先分离出 SARS 病毒，并证实了果子狸是 SARS 的中间宿主，也是人类感染 SARS 的直接来源，之后他和钟南山院士一起上报，广东开始清除市场上的果子狸，有效遏制了 SARS 疫情。
　　2017年，因“以防控人感染 H7N9 禽流感为代表的新发传染病防治体系长大创新和技术突破”，管轶与李兰娟院士、高福院士、袁国勇教授等人一起荣获年度国家科学技术进步特等奖。
　　2020年这场肆虐的疫情开始之际（1月 15日），管轶接受采访时表示：
　　冠状病毒最长潜伏期是 15 天，而自 1月 3日后，内地无新增传染病例，可以判断此次疫情已经得到控制。从目前看，病患症状不重，即使有人传人，也非常有限。传染源清楚了，疫情也控制住了，我们已经可以看到胜利的曙光，相信民众可以过个好年。
　　不过，在 2020年 1月 23日，管轶接受财新网采访时又说：
　　保守估计，此次感染规模最终可能会是 SARS 的 10 倍起跳。我经历过这么多，从没有感到害怕过，大部分可控制，但这次我怕了。
　　此言一出，抨击管轶的声音铺天盖地──从批评指责，到人身攻击与谩骂。
　　不过，管轶领衔的论文一出，似乎也证明：这次我并没有怕。

§　参考文献
　　https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1.full.pdf

土狗蛋蛋 · 发表于: 2020-2-20 13:14:00

源自：机器之心

　　机器之心报道
　　参与：泽南、张倩、蛋酱
　　管轶教授团队刚刚提交的论文指出，在广西、广东等地走私的多个穿山甲体内发现的冠状病毒与新冠病毒基因序列高度相似。

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2月 18日，来自香港大学管轶课题组与广西医科大学胡艳玲课题组合作的研究被提交到生物学预印版论文平台 BiorXiv 上。研究人员对广西和广东反走私行动中查获的多个穿山甲样本进行了检测，并在穿山甲样本中发现了冠状病毒，属于此次新冠病毒的两个亚型，其中一个受体结合域与新冠病毒密切相关。
　　研究显示，穿山甲体内发现的冠状病毒与新冠病毒全序列相似性为 85.5-92.4%，低于蝙蝠 RaTG13 的 96.2%。但穿山甲病毒的受体结合域（RBD）与新冠病毒更相似，达 97.4%，5 个关键位点完全相同。相比之下，蝙蝠 RBD 与新冠病毒的相似性只有 89.2%，5 个位点只有 1 个相同。此外，新冠病毒 RBD 以外序列与蝙蝠序列更相似，提示存在趋同进化或病毒重组。
　　在此前华南农业大学的研究报告后，管轶等人的新论文为穿山甲作为新冠病毒中间宿主的思路提供了进一步的证据（目前华南农大的研究结果尚未发表，具体研究细节我们还无从知晓）。

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论文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.13.945485v1
　　研究者表示，此次发现的多种穿山甲冠状病毒谱系及其与 2019-nCoV 的相似性表明，应该考虑将穿山甲作为人类新型冠状病毒的可能中间宿主，并将其从市场中清除，以防止人畜共患传播。
　　穿山甲在中国属于国家二级保护动物，禁止捕杀和食用，非法捕杀、走私或贩卖。但据不完全统计，20 世纪 60年代至今，我国野生穿山甲的数量已经下降了 88.88% 至 94.12%。我国华南地区原有的穿山甲分布区，至少有 50% 以上已成为罕见或濒危绝迹的地区。
　　有专家介绍，目前国内的穿山甲种群已商业性灭绝，国际上非法贩卖的穿山甲，大部分是为了满足亚洲消费者的食用和药用需求。
　　国内中华穿山甲陷入灭绝的同时，也危及到全球穿山甲种类，世界上非法交易量最大的野生动物正是穿山甲。据公开资料显示，平均每五分钟就有一只穿山甲在野外被抓捕，大多数最终销往目的地多是中国，其次为越南和缅甸。
　　穿山甲是蝙蝠之外，第二种被认为携带新冠病毒的哺乳动物。此前在 1月 23日，中科院武汉病毒研究所石正丽团队在 bioRxiv 提交的论文表示蝙蝠很可能是新冠病毒的宿主。管轶等人发现穿山甲冠状病毒与新冠病毒相似性的研究，再次强调了应禁止在菜市场等地交易野生动物的行为。

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作为该论文的通讯作者之一，管轶教授现任香港大学微生物学系教授，是最先提出果子狸是 SARS 冠状病毒主要载体的科学家之一。他还是香港大学新发传染性疾病国家重点实验室主任以及香港大学流感研究中心主任，是当今禽流感病毒国际权威之一。
　　论文细节
　　论文中的研究者在 2017年 8月至 2018年 1月期间收集了 18 只马来穿山甲的冷冻组织（肺、肠、血）样本。这些穿山甲是在广西海关缉私行动中获得的。引人注目的是，这些样本的 RNA 高通量测序显示，有 6 个样本（两个肺、两个肠、一份肺肠混合物、一份血液）中存在冠状病毒。
　　通过扩增子测序等技术，研究者获得了 6 份完整或接近完整的病毒基因组序列，在系统发育分析中，这些都属于新冠肺炎（2019-nCoV）病毒的同族（见图 1A）。

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图1A
　　这些病毒的基因组结构也与 2019-nCoV 相似（图 1b）。此外，研究者还能利用 Vero E6 细胞系成功分离出病毒。

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图1B
　　基于这些新的基因序列，研究者设计了用于 qPCR（Quantitative PCR，核酸扩增荧光定量）检测的引物，以确定这些原始样品在冠状病毒检测中呈阳性。此外，他们还对 2018年 5月至 7月之间收集的另一批穿山甲样品进行了进一步的 qPCR 测试，在 12 只动物接受检测的 19 份样品（9 份肠组织，10 份肺组织）中，3 份肺组织呈冠状病毒阳性。
　　在这次新冠疫情爆发后，广州海关技术中心也重新检查了本单位在 2019年 3月的反走私行动中缴获的五份穿山甲样品存档，包括两张皮肤拭子、一份未知组织、一份鳞片。测序之后发现，鳞片包含冠状病毒读取片段，从这些数据中可组装 21505bp 的部分基因组序列（表示为 GD/P2S），与新型冠状病毒的基因组有 72% 的相似度。
　　这种存在于鳞片上的病毒序列也可能来自其他受感染的穿山甲身体组织。值得注意的是，之前另一项针对患病穿山甲的研究也提到，从肺部样本中检测到了病毒重叠群（viral contig），与新型冠状病毒相似。
　　这些穿山甲所携带的冠状病毒基因组与本次引发疫情的新型冠状病毒有 85.5% 到 92.4% 的相似性，在系谱树上属于新型冠状病毒的两个亚型，其中一个与新型冠状病毒密切相关（见图 1A）。
　　此前人们曾注意到，Sarbecovirus 亚属的成员经历了大范围的重组。其中一个证据是，重组分析显示蝙蝠冠状病毒 ZC45 和 ZCS21 可能是重组体，包含来自多个 SARS-CoV 相关谱系和新型冠状病毒相关谱系的基因组片段。
　　更加值得注意的是，研究者还观察到了穿山甲病毒、蝙蝠冠状病毒与人类新型冠状病毒之间的重组迹象（图 1C）。2019-nCoV 与广东穿山甲冠状病毒在受体结合域上表现出了非常高的序列相似性（氨基酸相似度 97.4%，见图 1C 和图 2A），尽管它的其余部分与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 在病毒基因组方面的关系最为密切。相比之下，蝙蝠冠状病毒 RaTG 和人类 2019-nCoV 在受体结合域上只有 89.2% 的氨基酸相似度。事实上，广东穿山甲冠状病毒和 2019-nCoV 在受体结合域的 5 个关键残基上拥有相同的氨基酸，而蝙蝠 RaTG13 只与 2019-nCoV 有一个氨基酸相同。

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图 1 C。
　　有趣的是，对受体结合域中同义位点的系统发育分析表明，广东穿山甲的系统发育位置与病毒基因组的其余部分一致，而不是最接近 2019-nCoV（图 2B）。因此，广东穿山甲冠状病毒受体结合域与 2019-nCoV 之间的氨基酸相似性可能是由于选择性介导的趋同进化造成的（而非重组），尽管根据现有数据很难在这些可能性中做出选择。虽然任何趋同进化的驱动因素都是未知的，但它的发生可能性以及重组的发生可能性都将进一步突出中间动物宿主在人类病毒出现中的作用。

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图2A、B。
　　迄今为止，只有穿山甲和蝙蝠两种哺乳动物被发现感染了与 2019-nCov 相关的冠状病毒。此次在穿山甲身上发现了两种相关的 CoVs 谱系，而且都与 2019-nCov 有关，这点令人惊讶。这一发现表明，二者可能是这些病毒的长期宿主，这点令人意外，因为穿山甲是独居动物，种群数量较少。
　　不能排除穿山甲是从蝙蝠或其他动物宿主中独自获得了 2019-nCoV 相关的病毒。而且值得注意的是，这些病毒都是从走私的马来穿山甲中发现的，可能起源于东南亚，其起源地的病毒多样性我们还知之甚少。
　　毫无疑问，穿山甲群体中的病毒传播程度还需要进一步调查，但 2019-nCoV 相关病毒感染在广西和广东省的频繁出现表明，穿山甲可能是冠状病毒的潜在重要宿主。

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包括新型冠状病毒在内的冠状病毒，广泛存在于亚洲地区的许多哺乳动物体内。关于穿山甲体内冠状病毒的流行病学、致病性、物种间传染性、可传播性尚待进一步研究，但数据表明，处理这些动物时需要提高警惕，应严格禁止在潮湿的市场中售卖这些动物。

外茂家 · 发表于: 2011-7-24 10:30:59

　　管轶很聪明，在香港是很出名的一位微生物学家，也是禽流感方面的研究专家，一直在用心探索。（中国工程院院士钟南山评）
　　管轶为中国及周边地区新发传染病的研究和控制作出了卓越的贡献。他在新发传染病研究领域的成就得到同行一致认可。（何梁何利基金评）
　　管轶教授是禽流感病毒国际权威之一，在病毒学研究和中国乃至全世界控制新发传染病方面作出了杰出贡献，在揭示SARS病原体的真正来源中发挥了非常重要的作用。（《科学》杂志评）

大小姐 · 发表于: 2011-7-24 05:34:55

时间	担任职务
2000年5月	世界卫生组织动物流感控制网络成员
2004年	香港特别行政区政府卫生防护中心新发现及动物传染病科学委员会成员
2007年9月～2010年9月	世界卫生组织流感参比实验室联席主任
2012年2月	《国家科技计划专家库》香港专家
2019年1月	广东省实验动物重点实验室第三届学术委员会主任委员
2019年7月	汕头检验检测学会首席科学顾问
	美国病毒学会会员
	美国微生物学会会员
	美国流感快速诊断和发展筹划指导委员会主席
	美国新型VLP流感疫苗发展委员会科学顾问
	中国科学院海外评审专家

午夜思 · 发表于: 2011-7-24 01:47:31

一：科研成就
　　管轶在流感方面的研究成果包括：（1）确定了在东南亚、欧洲和非洲地区传播的H5N1流感病毒的所有主要前体和传播途径，提供了世界卫生组织提出的大多数大流行前期H5N1疫苗株；（2）开展了H9N2病毒的系统研究，该病毒与H5病毒被视为最可能导致流行病的新流感亚型；（3）确定了家鸭在携带和传播流感病毒中的关键作用；（4）为识别2009年H1N1流行性病毒的出现、演化史和发展作出重要贡献；（5）揭示了H7N9流感病毒的发生、传染源、演化过程和可能的传播途径。
　　管轶确定了SARS冠状病毒及其活禽畜市场的传染源，帮助中国内地政府成功避免了2004年年初SARS的再次爆发。

　　1. 学术论著
　　据2020年1月香港大学公共卫生学院官网显示，管轶已发表同行评审论文300余篇，论文引用次数超过36000次，H指数达92。
　　管轶曾连续五年被Thomson Reuters评为“高被引科学家”及全球最具影响力科学家（2014-2018）。
　　代表性著作
　　Lam TT-Y, Wang J, Shen Y, Zhou B, Duan L, Cheung C-L, Ma C, Lycett SJ, Leung CYH, Chen X, Li F, Hong W, Chai Y, Zhou L, Liang H, Ou Z, Liu Y, Farooqui, Kelvin DJ, Poon LLM, Smith DK, Pybus OG, Leung GM, Shu Y, Webster RG, Webby RJ, Peiris JSM, Rambaut A, Zhu H*,Guan Y*（2013）The genesis and source of the H7N9 influenza viruses causing human infections in China.Nature.502（7470）：241-4.
　　Zhu H, Wang D, Kelvin DJ, Li L, Zheng Z, Yoon SW, Wong SS, Farooqui A, Wang J, Banner D, Chen R, Zheng R, Zhou J, Zhang Y, Hong W, Dong W, Cai Q, Roehrl MH, Huang SS, Kelvin AA, Yao T, Zhou B, Chen X, Leung GM, Poon LL, Webster RG, Webby RJ, Peiris JS,Guan Y*, Shu Y* （2013） Infectivity, transmission, and pathology of human-isolated H7N9 influenza virus in ferrets and pigs.Science.341（6142）：183-186.
　　Vijaykrishna D, Smith GDJ, Pybus OG, Zhu H, Bhatt S, Poon LLM, Riley S, Bahl J, Ma SK, Cheung CL, Perera RAPM, Chen H, Shortridge KF, Webby RJ, Webster RG,Guan Y*, Peiris JSM*（2011） Long-term evolution and transmission dynamics of swine influenza A virus.Nature.473（7348）：519-522.
　　Vijaykrishna D, Poon LLM, Zhu HC, Ma SK, Li OTW, Cheung CL, Smith GJD, Peiris JSM*,Guan Y*（2010） Reassortment of Pandemic H1N1/2009 Influenza A Virus in Swine.Science.328: 1529-1529.
　　Smith GJD, Bahl J, Vijaykrishna D, Zhang JX, Poon LLM, Chen H, Webster RG, Peiris JSM,Guan Y*（2009） Dating the emergence of pandemic influenza viruses.Proc Natl Acad Sci U S A.106: 11709-11712.
　　Smith GJ, Vijaykrishna D, Bahl J, Lycett SJ, Worobey M, Pybus OG, Ma SK, Cheung CL, Raghwani J, Bhatt S, Peiris JS,Guan Y*, Rambaut A*（2009） Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic.Nature.459: 1122-1125.
　　Zhou BP, Zhong NS,Guan Y*（2007） Treatment with convalescent plasma for influenza A （H5N1） infection.N Engl J Med.357: 1450-1451.
　　Chen H, Smith GJD, Zhang SY, Qin K, Wang J, Li KS, Webster RG, Peiris JSM,Guan Y*（2005） Avian flu:H5N1 virus outbreak in migratory waterfowl.Nature.436: 191-192.
　　Guan Y, Peiris JS, Zheng B, Poon LL, Chan KH, Zeng FY, Chan CW, Chan MN, Chen JD, Chow KY, Hon CC, Hui KH, Li J, Li VY, Wang Y, Leung SW, Yuen KY, Leung FC （2004） Molecular epidemiology of the novel coronavirus that causes severe acute respiratory syndrome.Lancet.363: 99-104.
　　Li KS,Guan Y*, Wang J, Smith GJ, Xu KM, Duan L, Rahardjo AP, Puthavathana P, Buranathai C, Nguyen TD, Estoepangestie AT, Chaisingh A, Auewarakul P, Long HT, Hanh NT, Webby RJ, Poon LL, Chen H, Shortridge KF, Yuen KY, Webster RG, Peiris JS（2004） Genesis of a highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia.Nature.430: 209-213.

　　2. 承担项目
　　管轶曾担任国家科技重大专项“SARS病毒动物宿主研究”的首席科学家，主持世界卫生组织（WHO）和美国国立卫生研究院（NIH）项目“全球大流感的预备”、香港卓越学科领域计划（AoE）、深圳市海外高层次人才创新创业专项资金（“孔雀计划”新发传染病创新团队项目）等多项流感、新发传染性疾病防控的重大国际性课题。

　　3. 科研成果奖励

时间	项目名称	奖励名称
2004年	SARS攻关项目	广东省科技进步二等奖
2004年	广东省传染性非典型肺炎（SARS）防治研究	国家科技进步二等奖
2005年	广东省传染性非典型肺炎（SARS）防治研究	广东省科学技术奖励特等奖
2005年	东亚H5、H9禽流感病毒起源及演化研究	汕头市科学技术进步奖一等奖
2009年	禽类甲型流感病毒的发生、演变及传播规律研究	教育部自然科学奖一等奖
2009年	丽珠牌抗病毒颗粒抗禽流感和新型甲型流感的实验研究	珠海市科学技术进步奖二等奖
2009年	治疗禽流感的中药组合物、制备方法及其用途	珠海市专利金奖
2011年	治疗禽流感的中药组合物、制备方法及其用途	广东专利金奖
2015年	人感染新型H7N9禽流感病毒的发现及其病原学研究	中华医学科技奖一等奖
2015年	人感染新型H7N9禽流感病毒的发现及其病原学研究	中华预防医学会科学技术奖一等奖
2017年	以防控人感染H7N9禽流感为代表的新发传染病防治体系重大创新和技术突破	国家科学技术进步奖特等奖

二：人才培养
　　讲座报告
　　2009年6月7日，管轶在汕头大学商学院作了题为“新发传染病发生过程中的经济因素”的专题讲座。
　　2016年6月22日，管轶在江南大学医学院作了题为“新发和再现病毒性传染病全球研究现状”的学术讲座。
　　2018年11月5日，管轶在广西医科大学作了题为“Zoonotic influenza viruses from China, major pandemic threats to the world”的学术讲座。

三：荣誉表彰

时间	荣誉表彰
2005年	《时代》杂志“全球卫生英雄”
2006年	《时代》杂志“亚洲英雄”
2009年	美国国立卫生研究院（NIH）特别贡献奖
2010年	香港特别行政区政府食物及卫生局杰出研究奖
2013年	何梁何利基金科学与技术进步奖
2014年	香港特别行政区政府食物及卫生局优异研究奖
	英国皇家医学院外籍院士

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[科学家] 管轶团队：马来亚穿山甲中发现相关新冠病毒

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人物评价

社会任职

主要成就